关于生存工具包

生存工具包主要用于填补动物繁殖者可用软件中的空白，他们通常倾向于使用超大数据集，并希望估计随机影响。生存分析方法主要是在临床生物特征识别领域发展起来的，该领域的数据集和影响程度通常较小。虽然是由动物繁殖者为动物繁殖者开发的，但生存工具包的程序对于其他地区遇到大型模型和随机效应类似问题的人来说可能很有趣。为了使Survival Kit用户友好，参数文件中使用的命令模仿SAS命令语言。生存工具包支持的模型属于具有单一响应时间的单变量比例风险模型组。分析中可能包括固定和随机协变量（离散和连续）以及地层。这两种类型的协变量都可能与时间有关。特征包括完整模型和任何子模型的似然比测试，预测（例如）任何给定协变量组合的中位数生存时间，以及复杂模型和大型数据集的各种钟声。在版本6中，可以使用无导数算法同时估计两个随机效应的方差。从Survival Kit v6.1开始，可以包括相关随机效应。当假设两个随机效应在某种程度上相互依赖时，这是有用的。在这种情况下，这两个随机效果应该具有相同的级别数。可以假设相关系数已知（例如，根据之前的分析）或在运行时估计。生存工具包包括三个程序，准备（用于数据准备），考克斯（用于Cox模型下的分析）和韦布尔（用于在具有威布尔基线风险函数的模型下进行分析）。提供了Windows和Linux的编译可执行文件以及源代码。生存工具包附带了一套支持计划：

  • 迪伽马-将伽玛值转换为三角值的程序
  • 模拟-生存工具包的数据库模拟
  • 排序SKit-用于排序已记录数据文件的独立R函数
  • SurvKit4R软件-具有图形功能的Survival Kit v6.12的R接口包

R（R Core Team，2012）开发了一个接口包，提供绘制生存曲线的图形功能。接口函数执行所有步骤(准备和考克斯或韦布尔根据用户规范），包括必要的数据排序。R接口的手册可通过R help命令获得。开放获取出版物Mészáros等人（2013）描述了相关的随机效应和R界面，这是生存工具包的建议引用形式。

系统要求

这些程序是用Fortran 90编写的，并在PC（使用Lahey的Fortran编译器）和多个UNIX平台上进行了测试。除了一个定时子程序（UNIX平台的“second（）”）之外，没有使用任何系统例程，它可以被替换或关闭而不会产生任何后果。

程序的大小可能会因参数的变化而变化，这些参数会影响待估计的最大记录数和最大影响级别数。可以使用参数文本文件中的相应关键字设置这些参数（请参阅手册）。默认值在名为预包括。（f）对于准备和巴黎。（f）对于考克斯/威布尔.

如何获得生存工具包

程序、文档和示例以压缩文件的形式提供生存_套件_v6.12（约5.3 MB）。只需单击文件名即可按照下载说明进行操作。压缩文件包含生存工具包、支持程序、手册文件和带有示例的目录。压缩文件夹包含源代码、Makefiles、R接口包、编译的Linux/UNIX和编译的Windows可执行文件。生存工具包可以自由使用和分发，前提是其使用得到了Mészáros等人（2013年）的认可。使用它的风险自负。

更新

当前版本是V6.12，由V.Ducrocq（vincent.Ducrocq（at）jouy.inra.fr）、J.Sölkner（johann.soelkner（at）boku.ac.at）和G.Mészáros（gabor.meszaros（at）poku.ac.at.）编写，2010年。请向三位作者中的任何一位报告错误。

工具书类

Ducrocq，V.和J.Sölkner（1994）：生存工具包——用于分析生存数据的Fortran包。程序。第五届世界家畜生产遗传学大会，22 51-52。Ducrocq，V.（1997）：生存分析，长寿数据的统计工具。1997年8月25日至28日在维也纳举行的欧洲动物生产协会第48届年会上提交的论文。Ducrocq，V.和J.Sölkner（1998）：使用生存分析技术对奶牛进行常规育种价值评估。程序。第六届世界家畜生产遗传学大会，23359-362。Ducrocq，V.和J.Sölkner（1998）：生存工具包——用于分析生存数据的Fortran包。程序。第六届世界家畜生产遗传学大会，27447-448。Sölkner，J.和V.Ducrocq（1999）：生存工具包：一种分析生存数据的工具。1999年5月9日至11日在法国Jouy-en-Josas举行的牛功能性状遗传改良研讨会-长寿。Ducrocq，V.、Sölkner，J.、Mészáros，G.（2010）：生存工具包v6——生存分析软件包。2010年8月1日至6日在德国莱比锡举行的第九届世界家畜生产遗传学大会。Mészáros，G.，Sölkner，J.，Ducrocq，V.（2013）：生存工具包：分析生存数据的软件，包括可能相关的随机效应。生物医学中的计算机方法和程序，110（3）：503-510。DOI:10.1016/j.cmpb.2013.01.010