BMRB沉积系统
用于存放核磁共振数据(不是结构)至BMRB:
BMRB接受以下类型的数据:
(单击上面的链接查看完整列表。)
注释在之前的ADIT-NMR沉积系统上开始的未完成沉积通常可以是BMRB员工手动迁移到BMRBdep。请联系help@bmrb.io使用您的ADIT-NMR重启ID获得支持。
SMS步骤:小分子结构沉积系统
只有那些对PDB来说太小而无法接受的结构物才能存放在这里。请阅读PDB进入要求精确的页面SMSDep系统的目的和标准。
核磁共振数据文件的首选文件格式是NMR-STAR,一种自定义文本存档和检索格式(STAR)。淀粉是一种可以转换数据的软件工具各种格式的文件,包括PIPP、XEASY和由将通用电子表格转换为NMR-STAR格式。
个人数据文件以及您输入的有关研究的信息将被整理成单个NMR-STAR文件。NMR-STAR文件具有多种数据类型的一个很好的示例是条目4267:Apo-HNGAL人中性粒细胞明胶酶相关利多卡因。
时域数据(原始光谱数据)现在可以作为标准沉积的一部分上传。
要提交现有BMRB条目的附加或更正数据,请将文件作为电子邮件附件发送至BMRB注释器:annotators@bmrb.io,或到BMRB帮助别名:help@bmrb.io。可以使用FTP上传大型数据集与时域数据的过程相同。
注释上述内容也适用于通过OneDep系统提交的核磁共振结构沉积。一旦您将NMR结构存放到OneDep并收到BMRB ID,请使用上述方法向我们发送OneDep系统未收集的其他数据。
格式转换工具
STARch文件转换器:将各种格式的数据文件转换为NMR-STAR 3.1,以便上传到ADIT-NMR。
输入格式包括NMRView、PIPP、Sparky、XEASY以及制表符和逗号分隔的格式。
NMR-STAR模板生成器:为NMR数据生成NMR-STAR 3.1格式的表格。
(使用这些作为NMR-STAR数据文件的示例。)
歧义代码分配界面:简化了化学移位模糊码的分配。
格式转换器来自PDBe:一组Python脚本可以读取NMR数据文件并将其输出为多种不同格式。这里有一个介绍其用途和下载第页。
NMR-STAR转换为其他格式:将NMR-STAR 3.1化学位移表转换为Sparky,NMRPipe/TALOS、XEASY或NMR-STAR 2.1。
NMR社区捐赠的转换工具
PIPP至NMR-STAR:用于转换的软件PIPP化学转换文件为NMR-STAR格式。
NMR-STAR至TALOS+:用于将BMRB条目中的化学位移表转换为TALOS+输入文件的脚本。
CYANA至XPLOR:用于转换的脚本CYANA格式的文件转换为XPLOR/CNS/PDB文件。
参考关于原子命名法、标准化学位移、间接的信息化学位移参考等。
提交脉冲程序。
包含脉冲序列的ASCII文本文件、描述实验的文本文件和其他辅助文件可以是提交给BMRB。请通过电子邮件与我们联系(help@bmrb.io)以获取说明。
- 必需:
- 脉冲序列的简要标题。
- 库中脉冲序列的建议位置。
- 简要描述脉冲序列的目的。
- 已知脉冲序列运行的光谱仪制造商和型号。
- 相位循环为ASCII文本文件的脉冲序列。
- 参考文献(如适用)。
- 作者姓名。
此信息可以作为注释包含在包含脉冲序列的文件中。
- 可选:
- 包含描述脉冲序列的图形的文件。请指明文件的格式(postscript、GIF、MPEG等)。
- 包含用于执行脉冲序列的参数列表的文件(成形脉冲、梯度节目、频率列表、延迟列表等)。
最少提交示例
花式提交示例
提交软件和宏。
包含软件宏的ASCII文本文件可以提交给BMRB。请通过电子邮件联系我们(help@bmrb.io)以获取说明。
- 必需:
- 处理宏的简短标题。
- 库中宏的建议位置或类别。
- 数据处理宏要提供的内容的简要描述。
- 与宏兼容的软件供应商、软件产品和软件版本号。
- 参考文献(如适用)。
- 宏作者的姓名。
上述信息可以作为注释包含在包含宏的文件中。
- 可选:
- 如果辅助文件中包含宏运行所需的控制参数或其他信息,请提供示例这些文件中。
- 如果您愿意提供帮助,请提供电子邮件地址、电话号码或其他联系信息。