数据管理

• 以各种格式读取数据
• 重新编码和排序文件
• 合并两个或多个文件
• 提取子集（SNP或个体）
• SNP的反向链
• 以二进制文件格式压缩数据

质量控制汇总统计

• 等位基因、基因型频率、HWE测试
• 基因型缺失率
• 个体和成对个体的近交、IBS和IBD统计
• 家族数据中的非孟德尔传播
• 基于X染色体SNP的性别检查
• 非随机基因分型失败试验

种群分层检测

• 完全链接层次聚类
• 处理几乎无限数量的SNP
• 可视化子结构的多维尺度分析
• 两个个体是否属于同一群体的显著性检验
• 通过表型、集群大小和/或外部匹配标准约束集群解决方案
• 根据群集解决方案执行后续关联分析

基本关联测试

• 案例/控制
  • 标准等位基因测试
  • 费希尔精确测试
  • Cochran-Armitage趋势测试
  • 分层样品的Mantel-Haenszel和Breslow-Day试验
  • 显性/隐性和一般模型
  • 模型比较测试（例如，通用与乘法）
• 基于家庭的关联（TDT，同胞测试）
• 数量性状、关联和相互作用
• 基于一个或多个SNP的关联
• 渐近p值和经验p值
• 灵活的簇置换方案
• 基因型概率数据和分数等位基因数分析（后插补）

多标记预测因子，单倍型试验

• 一套灵活的条件单倍型测试
• 概率单倍型阶段的病例/对照和TDT关联
• 研究局部单倍型背景下单个SNP关联的一组代理关联方法
• 插补启发式，用于测试给定参考面板的非类型SNP

拷贝数变量分析

• 常见拷贝数变体的SNP和CNV联合测试
• 分段（罕见）CNV数据的筛选和汇总程序
• 全球CNV特性的病例/对照比较试验
• 用于识别特定位点的基于排列的关联程序

其他测试

• 基于基因的关联测试
• 上位性筛查
• 基因-环境与连续和二分环境的相互作用

荟萃分析

• 自动组合几个通用格式的摘要文件，用于数百万个SNP
• 固定和随机效应模型

结果注释和报告

• 结果文件的后分析注释
• 多个研究中基于LD和基于区域的结果分组

其他功能

• 可通过R功能插件进行扩展
• 基于Web的SNP和基因注释查找功能
• 简单SNP模拟功能
• ID辅助工具，用于跟踪和处理项目数据
• 有关功能的完整列表，请参阅主要文档