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伊莎贝尔·克里斯蒂娜·佩雷兹·维罗纳；米尔科·特里巴斯通；安德烈·范丁

对生物模型库中定量模型的精确集中进行的大规模评估。 （英语） Zbl 1518.92067号

西奥。计算。科学。 893, 41-59 (2021).
摘要：化学反应网络是一种用于模拟生物过程的流行形式，它分别支持基于常微分方程和连续时间马尔可夫链的确定性和随机性解释。在大多数情况下，这些模型不喜欢解析解，因此通常需要基于数值求解器或随机模拟的昂贵计算方法。精确的模型简化技术可以通过提供简化的网络来帮助降低分析成本，从而保持建模者感兴趣的动态，而不会产生任何近似误差。我们在此考虑一系列基于网络中物种的等价关系的确定性网络和随机网络技术，导致粗粒化，从而为每个等价类提供准确的聚合时间进程演化。我们通过测量579个模型的压缩能力，对BioModels存储库进行了大规模的实证评估。通过一些选定的案例研究，我们还显示了它们产生物理上可解释的还原的能力，这些还原可以揭示所考虑的生物分子过程的动力学模式，而与模型中使用的动力学参数的值无关。

引用于2文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92立方厘米 系统生物学、网络
60华氏30 随机分析的应用（PDE等）

关键词：

模型简化；化学反应网络；等价关系

软件：

MetaCyc公司；CLUE公司；JSBML公司；侵蚀；KEGG公司；UniProt公司；z3（零3）
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{I.C.Perez-Verona}等人，Theor。计算。科学。893，41-59（2021；Zbl 1518.92067）
全文： 内政部 链接

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