保罗·巴尔丹；尼科莱塔·科科；安德烈亚·马林；玛尔塔·西蒙 用于建模代谢途径的Petri网：一项调查。 （英语） Zbl 1206.68209号 自然计算。 9，第4期，955-989（2010）. 摘要：在过去15年中，一些研究工作致力于利用Petri网表示和分析代谢途径。本文的目的是双重的。首先，我们讨论了如何用Petri网表示有关代谢途径的知识。我们指出了在构建代谢途径的Petri网模型时出现的主要问题，并概述了文献中提出的一些解决方案。其次，我们对这一主题的最新研究进行了全面回顾，以评估该领域的成熟度以及通过相应的Petri网建模代谢途径的方法的可用性。 引用于9文件 MSC公司： 68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等） 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：Petri网；代谢途径；定性和定量分析；工具 软件：布伦达；TRANSPATH（传输路径）；MetaCyc公司；反应途径；KEGG公司；设计/CPN；清爽；PNML公司；网论 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Baldan}等人，《自然计算》。9，第4号，955--989（2010；Zbl 1206.68209） 全文： 内政部 参考文献： [1] Agerwala T（1974）表示异步过程协调的完整模型。霍普金斯计算机研究报告32。約翰霍普金斯大學 [2] Ajmone Marsan M，Balbo G，Conte G，Donatelli S，Franceschinis G（1995）用广义随机Petri网建模。并行计算中的威利级数。纽约威利·Zbl 0843.68080号 [3] Atkin P，de Paula J（2006），阿特金斯的物理化学。牛津大学出版社 [4] Balbo G（2007）广义随机Petri网简介。收录于：Bernardo M和Hillston J（eds）《绩效评估的形式方法》，LNCS第4486卷。柏林施普林格，第83–131页·Zbl 1323.68400号 [5] Beasley JE，Planes FJ（2007）《通过优化恢复代谢途径》。生物信息学23（1）：92–98·兹伯利05325385 ·doi:10.1093/bioinformatics/btl554 [6] 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