HyDe公司 swMATH ID: 29663 软件作者： 保罗·D·布利沙克。；朱莉娅·奇夫曼（Julia Chifman）；安德烈亚·沃尔夫（Andrea D.Wolfe）。；劳拉·库巴特科（Laura S.Kubatko）。 描述： HyDe：用于基因组规模杂交检测的Python软件包。分析紧密相关类群之间的杂交和基因流动是研究物种形成和系统地理学的研究人员的共同目标。许多杂交检测方法使用观察到的基因组数据中的简单位点模式频率，并将其与预测基因流缺失的零模型进行比较。利用这些位点模式概率检测杂交的理论利用了种群树中基因树的合并过程和基因树分支的突变过程之间的关系。对于某些模型，预测位点模式以相同的频率出现（即，它们的差异为0），从而产生一组称为系统发育不变量的函数。在这篇文章中，我们介绍了HyDe，这是一个用于检测杂交的软件包，它使用了在与杂交结合的模型下产生的系统发育不变量。HyDe是用Python编写的，可以交互使用，也可以使用预先打包的脚本通过命令行使用。我们在模拟数据以及文献中的两个经验数据集上演示了HyDe的使用。我们特别关注种群样本中个体杂种的识别，以及杂交物种形成和基因流之间的区别。HyDe在两个GitHub上都可以作为GNU GPL v3下的开源Python包免费获得(https://github.com/pblischak/HyDe网站)和Python包索引（PyPI:https://pypi.python.org/pypi/phyde). 主页： https://pypi.org/project/phyde网站/ 源代码： https://github.com/pblischak/HyDe网站 依赖项： 蟒蛇 关键词： ABBA-BABA公司;聚结;基因流动;杂交;系统发育不变量 相关软件： 阿尔法;蟒蛇;MSC夸脱;三重MaxCut;气体;ProCAR项目;角度;NINJA公司;SVD请求;午睡;快速RFS;四重奏MaxCut;接收-I-DCM3;DACTAL公司;NJMerge公司;iGLASS系统;默帕;ASTRID公司;巴克;姆特雷米克斯 引用于： 4文件 标准条款 1出版物描述软件 年份 HybDe：用于基因组尺度杂交检测的Python包链接Paul D.Blischak。；朱莉娅·奇夫曼（Julia Chifman）；安德烈亚·沃尔夫（Andrea D.Wolfe）。；劳拉·库巴特科（Laura S.Kubatko）。 2018 全部的 前5名11位作者引用 1 查布里埃尔·艾伦 1 Elizabeth S.奥尔曼。 1 赫克托·巴尼奥斯 1 特拉维斯·本尼迪克特 1 詹姆斯·德南（James H.Degnan）。 1 彼得·德沃思 1 莱恩·利奥·埃尔沃思（Ryan A.Leo Elworth） 1 乔纳森·米切尔。 1 卢艾州纳赫勒 1 约翰·安东尼·罗德斯 1 Tandy J.沃诺。 3篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 理论种群生物学 1 计算生物学 全部的 前5名在6个字段中引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 统计学（62-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 按年份列出的引文