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生成等边随机多边形集合的快速遍历算法。 (英语) Zbl 1158.92019年9月

摘要:环状DNA和某些蛋白质的主链上常见结状结构。为了正确估计这些三维结构的特性,通常需要生成边长相等的模拟闭合链(即多边形)的大集合(此类多边形称为等边随机多边形)。然而,找到对等边随机多边形空间进行适当采样的有效算法是一个困难的问题。目前还没有经过验证的算法可以生成具有理论分布的等边随机多边形。
我们提出了一种以“逐步均匀”的方式生成等边随机多边形的方法。我们证明了该方法在任何给定的等边随机多边形都可以由该方法生成的意义上是遍历的,并且证明了生成长度为(n)的等边任意多边形所需的时间与(n)成线性关系。这两个特性使该算法比现有的生成方法有了很大的改进。给出了我们的算法与其他广泛使用的算法的详细数值比较。

MSC公司:

92C40型 生物化学、分子生物学
57平方米 球体中的结和链接(MSC2010)
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