阿拉法特·塔耶布；奥雷利·拉布；亚历山大局；香塔尔·梅雷特 通过识别复杂疾病的子类型解决大家族的遗传异质性。 （英语） Zbl 1304.65080号 计算。斯达。 26，第3期，539-560（2011）. 摘要：研究疾病的遗传特性需要收集一组家谱中受试者的信息。这项研究的主要重点是检测易感基因。然而，即使有较大的家系，复杂疾病（如精神分裂症、双相情感障碍和自闭症）的表型异质性也使得检测易感基因变得困难。这主要是由于遗传异质性：疾病涉及许多基因现象。为了减少这种异质性，我们的想法包括对疾病进行分型，并将人群划分为更相似的亚组。我们开发了一个基于潜在类别分析（LCA）的概率模型，该模型考虑了一个谱系内的家族依赖性，即使是大谱系。它还考虑了测量缺失和部分缺失的个人。模型参数的估计由EM算法完成，系谱内E步长的计算由系谱剥离算法完成。当拟合多个模型时，我们使用模型选择策略，如交叉验证或/和BIC方法，从一组候选模型中选择合适的模型。此外，我们提出了一个基于遗传疾病类别模型的模拟，并表明我们的模型比假设受试者之间独立的模型能够更好地进行个体分类。我们还将模型应用于魁北克东部的精神分裂症双相情感障碍家系数据集。 MSC公司： 62-08 统计学相关问题的计算方法 关键词：家族依赖；血统剥离；三重传输概率；潜在类模型 软件：SIMLA公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛A.Tayeb｝等人，计算机。Stat.26，No.3，539-560（2011；Zbl 1304.65080） 全文： 内政部 参考文献： [1] Allman ES，Matias C，Rhodes JA（2009）具有许多观测变量的潜在类模型的可识别性。Ann Stat 37（6A）：3099–3132·Zbl 1191.62003号 ·doi:10.1214/09-AOS689 [2] Bishop YM、Fienberg SE、Holland PW（1975）《离散多元分析：理论与实践》。麻省理工学院出版社，剑桥 [3] Bureau A、Labbe A、Croteau J、Merette C（2008）《利用疾病症状改善遗传异质性下的连锁检测》。Genet Epid基因32（5）：476–486·doi:10.1002/epi.20320网址 [4] Celedon JC、Soto-Quiros ME、Avila L、Lake SL、Liang C、Fournier E、Spesny M、Hersh CP、Sylvia JS、Hudson TJ、Verner A、Klanderman BJ、Freimer NB、Silverman EK、Weiss ST（2007），哥斯达黎加哮喘儿童家庭12q24号染色体上气道反应性的显著关联。人类基因120:691–709·doi:10.1007/s00439-006-0255-5 [5] Dudoit S，Fridland J（2002）一种基于预测的重采样方法，用于估计数据集中的簇数。基因组生物学3（7）：1–21·doi:10.1186/gb-2002-3-7-research0036 [6] Elston RC，Stewart J（1971）家谱数据遗传分析的一般模型。Hum Hered 21：523–542·数字对象标识代码：10.1159/000152448 [7] Fanous AH、Neale MC、Webb BT、Straub RE、O'Neill FA、Walsh D、Riley BP、Kendler KS（2008）在270个爱尔兰高密度家庭中使用潜在的精神病类型与20p染色体的新联系。生物精神病学64（2）：121–127·doi:10.1016/j.biopych.2007.11.023 [8] Hagenaars JA（1988）指标间直接影响的潜在结构模型：局部依赖模型。社会方法研究16:379–405·doi:10.1177/0049124188016003002 [9] Hallmayer JF、Jablensky A、Michie P、Woodbury M、Salmon B、Combrinck J、Wichmann H、Rock D、D’Ercole M、Howell S、Dragovic M、Kent A（2003）使用与精神分裂症相关的复合神经认知表型对候选区域进行连锁分析。分子精神病学8（5）：511-523·doi:10.1038/sj.mp.4001273 [10] Holi F，Tuulio-Henricksson A，Haukka J，Partonen T，Holmström L，Lönnqvist J（2004）家族性精神分裂症认知测试表现的家族集群。BMC精神病学4（20）。doi:10.1186/1471-244X-4-20 [11] Kendler KS，Karkowski LM，Walsh D（1998）《精神病的结构：来自roscommon家族研究的先证者的潜在类别分析》。Arch Gen精神病学55:492–499·doi:10.1001/archpsyc.55.6.492 [12] Labbe A，Bureau A，Merette C（2009），潜在阶级模型中遗传家族依赖结构的整合。国际生物统计杂志5（1），第6条。doi:10.202/1557-467.91126 [13] Lin Y，Liu T，Li J，Yang J，Du Q，Wang J，Yang-Y，Liu-X，Fan Y，Lu F，Chen Y，Pu Y，Zhang K，He X，Yang Z（2008）全基因组扫描将一个新的常染色体显性青少年型开角型青光眼基因座定位到2p15-16。摩尔粘度14:739–744 [14] McLachlan GJ，Krishnan T（2007）EM算法和扩展。纽约威利 [15] Neuman RJ、Todd RD、Heath AC、Reich W、Hudziak JJ、Bucholz KK、Madden PA、Begleiter H、Porjesz B、Kuperman S、Hesselbrock V、Reich-T（1999）《三个对比样本中的多动症类型学评估：潜在类方法》。美国科学院儿童青少年精神病学杂志38:25–33·doi:10.1097/00004583-1990100-00016 [16] Raskind WH、Matsushita M、Peter B、Biderston J、Wolff J、Lipe H、Burbank R、Bird TD（2009）家族性运动障碍和面部肌颤（FDFM）：一个大家族的随访和与染色体3p21–3q21的联系。美国医学遗传学杂志B神经精神病学遗传学150B（4）：570-574·doi:10.1002/ajmg.b.30879 [17] Robert CP，Casella G（2004）蒙特卡罗统计方法。纽约施普林格-弗拉格·兹比尔1096.62003 [18] Schmidt M，Hauser ER，Martin ER，Schmidt S（2005）simla软件包的扩展，用于生成具有复杂遗传模式的谱系：环境协变量、基因-基因和基因-环境相互作用。Stat Appl Genet Mol Biol 4（1）第15条。数字对象标识代码：10.2202/1544-6115.1133·Zbl 1082.92026 [19] Smith C（1963）人类遗传学中重组分数值的异质性测试。《人类遗传学年鉴》27:175–182·Zbl 0117.15101号 ·文件编号：10.1111/j.1469-1809.1963.tb00210.x [20] Sullivan PF、Kessler RC、Kendler KS（1998）《全国共病调查中终生抑郁症状的潜在类别分析》。美国精神病学杂志155:1398–1406·doi:10.1176/ajp.155.10.1398 [21] Schwartz G（1978）估计模型的维数。安统计6:461–464·兹伯利0379.62005 ·doi:10.1214/aos/1176344136 [22] Uebersax JS（1993）医疗适宜性专家评分的统计建模。美国统计协会杂志88（422）：421–427·doi:10.1080/01621459.1993.10476291 [23] Uebersax JS（1997）《学生问题行为的潜在特征、潜在类别和相关概率混合模型分析》。收录：Rost J，Langeheine R（eds）《潜在特质和潜在阶级模型在社会科学中的应用》。纽约州瓦克斯曼，第188-195页 [24] Van Der lann M，Dudoit S，Keles S（2004）基于似然交叉验证的渐近最优性。Stat Appl Genetics分子生物学3（1），第4条。数字对象标识代码：10.2202/1544-6115.036·Zbl 1038.62040号 [25] Vermunt JK（2008）多级数据集的潜在类和有限混合模型。统计方法医学研究17（1）：33–51·Zbl 1154.62086号 ·doi:10.1177/0962280207081238 [26] Wang Y，Kuan PJ，Xing C，Cronkhite JT，Torres F，Rosenblatt RL，Dimaio JM，Kinch LN，Grishin NV，Garcia CK（2008）表面活性蛋白A2的遗传缺陷与肺纤维化和肺癌有关。美国人类遗传学杂志84:52–59·doi:10.1016/j.ajhg.2008.11.010 [27] Whittemore AS，Halpern J（1994）使用受影响的系谱成员进行的一类连锁测试。生物统计学50:118–127·Zbl 0824.62100号 ·doi:10.2307/2533202 [28] Yakowitz SJ，Spragins JD（1968）关于有限混合物的可识别性。数学年鉴39:209–214·Zbl 0155.25703号 ·doi:10.1214/aoms/1177698520 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。