维格兰，马格纳斯德里 近交系创始人家系的相关系数。 （英语） Zbl 1447.92265号 数学杂志。生物。 81，第1期，185-207（2020）. 小结：我们研究了系谱分析标准框架的扩展，在该框架中，我们允许系谱创建者进行近交。这解决了在计算相关系数（包括压缩单位系数）方面的许多实际挑战。因此，我们大大扩展了可有效计算此类系数的谱系类别。这一方法的一个应用是将背景近亲繁殖建模为连续效应。我们还使用近亲繁殖的创始人来揭示可建造性关联系数，即找到一个产生给定系数集的谱系的问题。特别地，我们证明了一对非繁殖个体的任何理论上可接受的系数都可以由具有近亲繁殖创始人的有限系谱产生。结合我们的计算方法，在R包中实现肋骨，这允许首次对一般可构造性解进行计算机分析，从而使其易于实际使用。 MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词：相关性；亲属关系；近交；单位系数；IBD三角形；谱系结构 软件：对；Id系数；XIBD公司；佩迪格；PedKin公司；肋骨；亲属关系2 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.D.Vigeland}，J.数学。生物学81，第1期，185--207（2020；Zbl 1447.92265） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Abney，M.，身份系数和广义亲属系数的快速计算图形算法，生物信息学，25，121561-1663（2009）·doi:10.1093/bioinformatics/btp185 [2] Boichard D（2002）Pedig：一个适用于大群体的fortran系谱分析软件包。摘自：《第七届世界畜牧业遗传学大会会议记录》，第32卷，第525-528页。蒙彼利埃 [3] 香港布鲁斯塔德；Egeland，T.，《在成对亲属关系评估中忽略近亲交配的影响》，《法医科学与国际遗传学补编Ser》，7，1，462-464（2019）·doi:10.1016/j.fsigss.2019.10.052 [4] Cheng，E。；Elliott，B。；ØzsoyoÙlu，ZM，大谱系亲属关系和身份系数的有效计算，生物信息计算生物学杂志，07，3，429-453（2009）·doi:10.1142/s0219720009004175 [5] García-Cortés，LA，计算详细单位系数的新递归算法，Genet-Sel-Evol，47，1，33（2015）·doi:10.1186/s12711-015-0108-6 [6] 亨登，L。；Wakeham，D。；Bahlo，M.，XIBD:通过X染色体上的血统推断成对身份的软件，生物信息学，32，15，2389-2391（2016）·doi:10.1093/bioinformatics/btw124 [7] 希尔，WG；Weir，BS，孟德尔取样和连锁导致的实际关系变化，Genet Res，93，1，47-64（2011）·doi:10.1017/S0016672310000480 [8] Hössjer，O.，在连锁分析中对创始人之间近亲繁殖的影响进行建模，Theor Popul Biol，70，2，146-163（2006）·Zbl 1101.92032号 ·doi:10.1016/j.tpb.2006.05.004 [9] Jacquard，A.，Logique du calculate des coefficients d'identiteéentre deux individus，人口，21，4，751-776（1966）·doi:10.2307/1527654 [10] Kaplanis，J。；A.戈登。；肖尔，T。；魏斯布罗德，O。；盖革，D。；Wahl，M。；Gershovits，M。；马库斯，B。；谢赫，M。；Gymrek，M。；巴蒂亚，G。；麦克阿瑟总经理；价格，AL；Erlich，Y.，《具有数百万亲属的人口规模家谱的定量分析》，《科学》，360，6385，171-175（2018）·doi:10.1126/science.aam9309 [11] 卡尔多斯，M。；奥凯森，M。；Fountain，T。；弗拉格斯塔德。；利贝里，O。；奥拉森，P。；沙子，H。；Wabakken，P。；维肯罗斯，C。；Ellegren，H.，《隔离狼种群中密集近亲交配的基因组后果》，《自然生态进化》，2，1，124-131（2018）·doi:10.1038/s41559-017-0375-4 [12] Karigl，G.，单位系数计算的递归算法，Ann Hum Genet，45，32299-305（1981）·Zbl 0453.92012号 ·文件编号：10.1111/j.1469-1809.1981.tb00341.x [13] Karigl，G.，单位系数单纯形中的可容许区域，Biom J，26，1，101-109（1984）·Zbl 0567.92008 ·doi:10.1002/bimj.4710260119 [14] 柯克帕特里克，B。；Ge，S。；Wang，L.，亲属系数的有效计算，生物信息学，35，6，1002-1008（2018）·doi:10.1093/bioinformatics/bty725 [15] Lacy，RC，《不确定亲子关系和多样育种系统的扩展系谱分析》，J Hered，103，2，197-205（2012）·doi:10.1093/jhered/esr135 [16] 兰格，K。；辛希默，JS，遗传同一性系数的计算，《人类遗传学》，56，4，339-346（1992）·Zbl 0768.92016年 ·文件编号：10.1111/j.1469-1809.1992.tb01162.x [17] 亚利桑那州Leutenger；Sahbatou，M。；加扎尔，S。；坎恩，H。；Génin，E.，世界各地的血缘：HGDP-CEPH多样性小组的基因组数据告诉我们什么？，《欧洲人类遗传学杂志》，19，5，583-587（2011）·doi:10.1038/ejhg.2010.205 [18] 彭伯顿，TJ；罗森博格，NA，《种群遗传对近亲繁殖系数基因组估计的影响：全球视角》，Hum Hered，77，1-4，37-48（2014）·doi:10.1159/000362878 [19] 普吕弗，K。；拉西莫，F。；帕特森，N。；杰伊·F。；桑卡拉拉曼，S。；Sawyer，S。；海因策，A。；雷诺，G。；苏曼特，PH；de Filippo，C。；李，H。；马利克，S。；Dannemann，M。；傅琦。；Kircher，M。；Kuhlwilm，M。；拉赫曼，M。；梅耶，M。；Ongyerth，M。；Siebauer，M。；Theunert，C。；Tandon，A。；穆尔贾尼，P。；Pickrell，J。；穆利金，JC；Vohr，SH；绿色，RE；赫尔曼，I。；约翰逊，PLF；布兰奇，H。；坎恩，H。；JO Kitzman；Shendure，J。；埃希勒，EE；Lein，ES；TE Bakken；LV戈洛瓦诺娃；多罗尼切夫，VB；中压顺科夫；维奥拉，B。；斯莱特金，M。；Reich，D。；Kelso，J。；Pääbo，S.，《阿尔泰山脉尼安德特人的完整基因组序列》，《自然》，505748143-49（2013）·doi:10.1038/nature12886 [20] 希恩，NA；Egeland，T.，利用先验信息在连锁分析中调整创始人相关性，Hum Hered，65，4，221-231（2008）·数字对象标识代码：10.1159/000112369 [21] 辛维尔，JP；塞尔诺，TM；Schaid，DJ，The kinship2 R package for pedigene data，Hum Hered，78，2，91-93（2014）·doi:10.1159/000363105 [22] 速度，D。；秃顶，DJ，后基因组时代的相关性：它仍然有用吗？，Nat Rev Genet，16，1，33（2015）·doi:10.1038/nrg3821 [23] Thompson，EA，基因身份和多重关系，生物统计学，30，4，667-680（1974）·Zbl 0292.92004号 ·doi:10.2307/2529231 [24] Thompson，EA，遗传关系空间的限制，Ann Hum Genet，40，2，201-204（1976）·文件编号：10.1111/j.1469-1809.1976.tb00181.x [25] Thompson，EA，后代的基因身份状态，Theor Popul Biol，18，1，76-93（1980）·Zbl 0438.92013号 ·doi:10.1016/0040-5809（80）90041-6 [26] Thompson，EA，通过家谱中的血统确定两个位点和三个位点的基因，IMA数学应用医学生物学杂志，5，4，261-279（1988）·兹比尔0659.92010 ·doi:10.1093/imammb/5.4.261 [27] Thompson EA（2000）根据系谱遗传数据进行的统计推断。In:NSF-CBMS概率统计区域会议系列，数理统计研究所·Zbl 0972.92022号 [28] Thompson，EA，《按血统鉴定：减数分裂中的变异、基因组间的变异和群体间的变异》，《遗传学》，194,2301-326（2013）·doi:10.1534/genetics.112.148825 [29] 医学博士维格兰；Egeland，T.，《处理法医亲属关系分析中的创始人近亲繁殖》，《法医科学与国际基因补充服务》，第7期，第1780-781页（2019年）·doi:10.1016/j.fsigss.2019.10.175 [30] 周，德国；Lange，K.，连锁分析的受影响遗传成员法，《美国人类遗传学杂志》，42，2，315-326（1988） [31] 周，德国；Lange，K.，连锁分析的受影响遗传成员方法的多点扩展，《美国人类遗传学杂志》，50，4，859-868（1992） [32] Wright，S.，近亲交配系数和亲缘关系，美国国家，56，645，330-338（1922）·doi:10.1086/279872 [33] Yi，N。；Xu，S.，复杂交配设计下数量性状基因座的贝叶斯映射，遗传学，157，411759-1771（2001） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。