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莫尼卡·海纳；大卫·吉尔伯特

Petri网如何增强您的系统生物学工具包。 （英语） Zbl 1332.92021

Kristensen，Lars M.（编辑）等人，《Petri网的应用与理论》。2011年6月20日至24日，英国纽卡斯尔，第32届国际会议，PETRI NETS 2011。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-21833-0/pbk）。计算机科学课堂讲稿6709，17-37（2011）。
总结：“Petri网如何增强我的系统生物学工具包？”——这是我们经常遇到的问题之一，促使我们以本文的形式写下答案。
我们讨论了Petri网方法在多大程度上可以用作支持生物模型工程过程的伞式形式主义。这包括在构建和分析生物系统动态模型期间，促进生物建模者和生物科学家之间的积极和富有成效的交互作用。这些模型在系统生物学和合成生物学中都发挥着关键作用，前者可以解释和预测，后者可以有效地设计模板。在本文中，我们对迄今为止被证明有用的工具和技术进行了概述，并描述了当前面临的一些开放挑战。
关于整个系列，请参见[Zbl 1216.68030号].

引用于1文件

MSC公司：

第92页第42页 系统生物学、网络
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）

关键词：

生物模型工程；系统生物学；合成生物学；生物分子网络；随机和连续Petri网；模型检查

软件：

DSSZ-MC公司；窥探；科帕西；MoVisPP公司
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\textit{M.海纳}和\textit{D.吉尔伯特}，莱克特。注释计算。科学。6709，17-37（2011；Zbl 1332.92021）
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