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使用复合似然法估计来自单基因座变异体的细菌重组与突变的相对速率。 (英语) Zbl 1454.62331号

摘要:许多研究建议使用密切相关的细菌分离物的DNA序列之间的比较来估计该细菌物种的重组与突变的相对速率。我们考虑这样一种使用单基因座变体的方法:即DNA在单个基因座上不同的成对菌株。从这些数据中推导重组与突变相对速率的点估计值的一种方法是使用复合似然法。我们扩展了这一领域最近的工作,以便能够为我们的估计构建置信区间,而无需诉诸计算密集型bootstrap程序,并开发一种测试相对速率是否随基因座而变化的方法。通过对数据中的依赖结构建模,然后应用关于使用复合似然获得的估计量分布的渐近理论,我们得到了构造置信区间的检验和方法。我们将这些方法应用于八种细菌的多基因座序列分型(MLST)数据,发现其中三种细菌存在显著的速率变化的有力证据:蜡样芽孢杆菌,屎肠球菌肺炎克雷伯菌.

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62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析

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