本尼迪克特·雷姆库勒。;塞巴斯蒂安·赖希;罗伯特·D·斯科尔。 分子动力学的积分方法。 （英语） Zbl 0860.92003号 Mesirov，Jill P.（编辑）等，生物分子结构和动力学的数学方法。1994年国际医学会分子生物学暑期项目论文集。纽约州纽约市：斯普林格。IMA卷数学。申请。82, 161-185 (1996). 概述：对大分子的经典分子动力学模拟需要使用有效的时间步长方案，该方案可以忠实地近似数千个时间步长的动力学。因为这些问题是高度非线性的，所以在有意义的时间间隔上精确逼近特定的解轨迹既不可能也不需要，但可以对离散化施加一些限制，例如辛，这些限制往往意味着良好的长期行为。标准分子模型中存在多种类型和强度的原子间势，这对显式积分方案中使用的数值积分的时间步长造成了严重的限制，因此最近的许多研究都集中在寻找具有（1）适当动力学特性和（2）的替代方案上对动力学的最快分量相对不敏感。我们调查了几种最近的方法。关于整个系列，请参见[Zbl 0851.00089号]. 引用于11文件 MSC公司： 92C05型 生物物理学 92E99型 化学 65天30分 数值积分 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：蛙跳法;Verlet方法;辛方法;多时间步法;辛积分;分子动力学模拟;约束动力学;SHAKE（震动）;多时间尺度;长期集成;核酸类;蛋白质;聚合物;原子轨道;高分子;离散化;调查 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.J.Leimkuhler}等人，IMA卷数学。申请。82、161--185（1996年；Zbl 0860.92003）