新泽西州桑纳。;G.莫雷利。;奥兰迪尼，S。;M.塔科尼。;巴卡雷利，I。 SCELib4.0：用单中心方法计算分子性质的新程序版本。 （英语） 兹伯利07678473 计算。物理学。Commun公司。 248，文章ID 106970，12 p.（2020）。 概述：SCELib是一个计算机程序，它实现了单中心展开（SCE）方法，以描述分子电子密度和带电射弹（电子或正电子）与目标分子系统之间的相互作用势。第一个版本（CPC目录标识符ADMG_v1_0）于2000年提交给CPC程序库，2.0版（ADMG_v2_0）于2004年提交，3.0版（ADMQ_v3_0）则于2009年提交。我们在此宣布新的4.0版，它与以前的版本相比具有更多的功能，旨在显著增强其处理更大分子系统的能力。在SCELib 4.0中，我们实现了一种基于筛选核电势的自动\（R\）网格生成器。通过将（R）生成器与角网格的参数（θ）、（φ）定义耦合，可以定义最符合核苷酸和DNA片段大小系统分子形状的3D网格。支持的体系结构列表已经更新，v3.0中的代码已经移植到基于NVIDIA GPU的混合平台上，现在已经在双精度算法中完全移植，并在Linux或Microsoft Windows操作系统下与MPI并行。我们将详细讨论新代码的基准测试结果，并首次在一个像磷酸胞苷（CMP）这样大的系统上进行性能测试，CMP是目前用这种代码和相关类型的代码模拟过的最大系统。 MSC公司： 82至XX 统计力学，物质结构 92至XX 生物学和其他自然科学 关键词：单中心扩展库;SCE分子特性;电子-分子散射 软件：CUBLAS公司;CUDA公司;开放式多媒体接口;高斯人;磁粉探伤 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{N.Sanna}等人，计算。物理学。Commun公司。248，文章ID 106970，12 p.（2020；Zbl 07678473） 全文： 内政部 参考文献： [1] 詹图尔科，F.A。；Sanna，N.，计算。物理学。Comm.，128，139（2000）·兹比尔1005.81531 [2] Sanna，N。；Morelli，G.，《计算》。物理学。Comm.，162，51（2004） [3] Sanna，N。；巴卡雷利，I。；Morelli，G.，《计算》。物理学。Comm.，180，2544（2009）·Zbl 1197.82017年 [4] E.Gabriel等人，《开放式MPI：下一代MPI实现的目标、概念和设计》，载于《第11届欧洲PVM/MPI用户小组会议论文集》，匈牙利布达佩斯，2004年，第97-104页。 [5] 有关微处理器架构的详细信息，请访问nVIDIA网站：http://www.nvidia.com/object/tesla-supercomputing-solutions.html。 [6] Bransdsen，B.H。；Joachain，C.J.，《原子和分子物理学》，290（1987），J.Wiley and Sons：J.Willey and Sons NY，USA（第7章） [7] Moccia，R.，J.化学。物理。，40 (1964), 2164, 2176, 2186 [8] F.A.Gianturco，V.D.M。；Jain，A.，新墨西哥。D、 14，411（1992） [9] P.G.Burke，A.H。；W.D.Robb和J.Phys。B： 分子物理。，4, 153 (1971) [10] R.R.Lucchese，K.T。；麦考伊，V.，物理学。众议员，131147（1986） [11] N.、R.T。；W.，M.C。；E.、O.A。；H.，L.I.B.，（A.，G.F.；W.M.，H.，《电子-分子碰撞的计算方法》（1995），阻燃出版物。公司：Plenum Publ。美国纽约州），1-44 [12] F.A.Gianturco，R.L。；Sanna，N.，J.化学。物理。，102, 5743 (1995) [13] F.A.Gianturco，D.G.T。；Jain，A.K.，（Gianturco，F.A.；Huo，W.，《电子-分子碰撞的计算方法》（1995），阻燃出版物。公司：Plenum Publ。美国纽约公司），75-118 [14] Altmann，S.，程序。外倾角。Phil.Soc.，53、343（1957）·Zbl 0089.04601号 [15] Homeier，H.H.H。；E.O.斯坦伯恩，J.Mol.Struct。，368, 31 (1996) [16] F.A.Gianturco，R.L。；Sanna，N.，J.化学。物理。，100, 9, 1 (1994) [17] W.H.出版社，《数值配方》（1992），剑桥大学出版社·Zbl 0778.65003号 [18] 詹图尔科，F.A。；汤普森，D.G.，化学。物理。，14, 111 (1976) [19] Hara，S.和J.Phys。日本，22710（1967年） [20] Jain，F.A.G.A.K。；Rodriguez-Ruiz，J.A.，物理学。修订版A，484321（1993） [21] 帕尔·R·G。；Yang，W.，《原子和分子的密度泛函理论》（1989），牛津大学出版社：牛津大学出版社，美国纽约 [22] Hay，P.J。；Wadt，W.R.，J.化学。物理。，82, 270 (1985) [23] Wadt，W.R。；Hay，P.J.，J.化学。物理。，82, 284 (1985) [24] Hay，P.J。；Wadt，W.R.，J.化学。物理。，82, 299 (1985) [25] 康登，欧盟。；肖特利，G.H.，《原子光谱理论》（1970），剑桥大学出版社：剑桥大学出版社，英国剑桥 [26] J.M.Hutson，S.Green，MOLSCAT计算机代码，第14版，由工程和物理科学研究委员会（英国）合作计算项目6号发布，1994年。 [27] 伯克·P·G。；丁尼生·J·摩尔·物理学。，18, 2537 (2005) [28] Burke，P.G.，《原子碰撞的R-矩阵理论：在原子、分子和光学过程中的应用》（谷歌电子书）（2011年），Springer Science and Business Media，附录E.2·兹比尔1223.81004 [29] Frisch，M.J.，Gaussian 09，修订版D.12009（2004），Gausssian，Inc.：Gaussia，Inc.Wallingford，CT [30] 出版社，W.H。；Teukolsky，S.A。；韦特林，W.T。；Flannery，B.P.，《C中的数字配方》（2002），剑桥大学出版社：美国纽约剑桥大学出版社·1078.65500兹罗提 [31] Ozdogan，O.，J.数学。化学。，42, 2 (2007) [32] Snir，M.，MPI:The Complete Reference（2000），麻省理工学院出版社：美国麻省理学学院出版社 [33] N.Whitehead，A.Fit-Florea，2011年，https://developer.nvidia.com/sites/default/files/akamai/cuda/files/nvidia-cuda-Floating-Point.pdf。 [34] Fujimoto，N.，（2011年第二次架构和多核应用研讨会论文集（Wamca 2011）。2011年第二届架构和多核应用研讨会论文集（Wamca 2011），Wamca’11（2011），IEEE计算机学会：IEEE计算机协会，华盛顿特区，美国），24-29 [35] 克罗尔，D。；Zydek，D。；Selvaraj，H.，（Swia̧tek，J.；Grzech，A.；Swiateck，P.；Tomczak，J.M.，《系统科学进展》，《智能系统和计算进展》，第240卷（2014），施普林格国际出版公司），493-502 [36] 例如，请参见，http://software.intel.com/en-us/mkl_11.1_ug_lin。 [37] 例如，参见，http://software.intel.com/en-us/articles/intel-math-kernel-library-documentation。 [38] nVidia，D.，《CUBLAS图书馆用户指南》（2012年），nVidia [39] 例如，请参见，http://software.intel.com/en-us/node/438722。 [40] Gustafson，J.L.，公社。ACM，31，5，532-533（1988） [41] nVidia，J.L.，CUDA中的动态平行性（2012） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。