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杰斯珀·詹森;Mampentzidis、Konstantinos;拉梅什·拉贾比;宋永健

计算系统发育网络之间的根三联体距离。 （英语） Zbl 1516.68065号

算法 83，第6期，1786-1828（2021）.
摘要：根三重态距离通过精确计算具有三个叶子标签（称为根三元组，或三胞胎简而言之）作为嵌入子树出现在其中一个树中，但不是同时出现在这两个树中。假设\（N_1=（V_1，E_1）\）和\（N_2=（V_2，E_2）\）是一个大小为\（N \）的公共叶标记集上的系统发育网络，其中\（N_i \）对于\（i\in\{1,2\}\）具有水平\（k_i\）和最大in度\（d_i\），并且网络的出界是无界的。写入\（N=\max（|V_1|，|V_2|）\）、\。以前的工作已经展示了如何在特殊情况下计算（k\le 1）中在（O（N\log N）时间内（N_1）和（N_2）之间的根三元组距离。对于\（k>1），没有已知的有效算法；直接应用Fortune等人从1980年开始的经典方法会导致运行时间为（Omega（N^6n^3）），并且唯一存在的非平凡算法对网络的进出度施加了限制（特别是，当允许非二进制顶点时，它不起作用）。在本文中，我们开发了两个没有此类限制的新算法。它们的运行时间分别是（O（N^2M+N^3）和（O（M+Nk^2d^2+N^2））。我们还提供了我们的算法的实现，评估了它们在模拟数据集和实际数据集上的性能，并对根三元组距离的当前定义在实践中的局限性进行了一些观察。我们的原型实现已经打包到第一个可公开使用的软件中，用于计算任意级别的无限制网络之间的根三元组距离。

MSC公司：

68兰特 计算机科学中的图论（包括图形绘制）
05二氧化碳 树
05C85号 图形算法（图形理论方面）
92D15型 与进化有关的问题

关键词：

系统发育网络比较;根三重态距离;扇形图;解析图;积木;收缩闭塞网络;实施

软件：

算法447;欧洲公共科学图书馆;tq距离;SuMoTED公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Jansson}等人，Algorithmica 83，No.6，1786-1828（2021；Zbl 1516.68065）
全文： 内政部

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