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多物种合并模型下物种树的统计一致性生根。 (英文) Zbl 1528.92025号

唐海旭(主编),《计算分子生物学研究》。第27届国际年会,RECOMB 2023,土耳其伊斯坦布尔,2023年4月16-19日。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。13976, 41-57 (2023).
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比较物种树估计方法与基因复制和丢失。 (英文) Zbl 1480.92158号

Martín-Vide,Carlos(编辑)等人,《计算生物学算法》。第八届国际会议,2021年6月7日至11日,美国密苏里州密苏拉AlCoB 2021。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。12715, 106-117 (2021).
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使用pplacer-XR进行可扩展且准确的系统发育定位。 (英文) Zbl 1480.92157号

Martín-Vide,Carlos(编辑)等人,《计算生物学算法》。2021年6月7日至11日,第八届国际会议,AlCoB 2021,美国MT米苏拉。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。12715, 94-105 (2021).
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使用Robinson-Foulds超树推进分治系统发育估计。 (英文) Zbl 1518.92103号

Kingsford,Carl(编辑)等人,第20届生物信息学算法国际研讨会。WABI 2020,2020年9月7日至9日,意大利比萨,虚拟会议。诉讼程序。Wadern:达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。172,第15条,第17页(2020年)。
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基因重复和丢失下物种树的多项式时间统计估计。 (英文) Zbl 1500.92056号

罗素·施瓦茨(编辑),《计算分子生物学研究》。第24届国际年会,RECOMB 2020,意大利帕多瓦,2020年5月10-13日。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。12074, 120-135 (2020).
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牵引:估计基因树的快速非参数改进。 (英文) 兹比尔1495.92044

Huber,Katharina T.(编辑)等人,第19届生物信息学算法国际研讨会,2019年WABI,美国纽约州尼亚加拉大瀑布,2019月8日至10日。诉讼程序。Wadern:达格斯图尔宫(Schloss Dagstuhl)——莱布尼兹·泽特鲁姆(Leibniz-Zentrum für Informatik)。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。143,第4条,第16页(2019年)。
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使用集成数字控制在分而治之的系统发育评估中。 (英文) Zbl 1416.92125号

伊恩·霍姆斯(编辑)等人,《计算生物学算法》。2019年5月28日至30日在美国加利福尼亚州伯克利举行的第六届AlCoB国际会议。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。11488, 167-178 (2019).
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生物信息学和系统发育学。伯纳德·莫雷特的精髓贡献。 (英文) Zbl 1429.92003年9月

计算生物学29.查姆:施普林格(ISBN 978-3-030-10836-6/hbk;978-3-0030-10837-3/电子书)。xxv,410页。(2019).
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新的绝对快速收敛的系统发育估计方法具有改进的可扩展性和准确性。 (英文) Zbl 1494.92081号

Parida,Laxmi(编辑)等人,第18届生物信息学算法国际研讨会,2018年WABI,芬兰赫尔辛基,2018年8月20日至22日。诉讼程序。Wadern:达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。113,第8条,第12页(2018年)。
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不完全基因树的基因树简约性。 (英文) Zbl 1443.92117号

Schwartz,Russell(编辑)等人,第17届生物信息学算法国际研讨会,2017年WABI,美国马萨诸塞州波士顿,2017年8月21日至23日。诉讼程序。Wadern:达格斯图尔宫——莱布尼茨Zentrum für Informatik。LIPIcs–莱布尼茨国际程序。通知。88,第2条,第13页(2017年)。
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大规模多序列比对和系统发育估计。 (英文) Zbl 1462.92046号

Chauve,Cedric(编辑)等人,基因组进化的模型和算法。根据2013年8月23日至26日在加拿大蒙特利尔举行的MAGE会议上的发言,选择了部分稿件。伦敦:斯普林格。计算。《生物学》第19期,第85-146页(2013年)。
MSC公司:92D20型 92D15型 92-02
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从含基因和基因顺序数据重建系统发育。 (英文) Zbl 1090.92033号

Gascuel,Olivier(编辑),《进化和系统发育数学》。牛津:牛津大学出版社(ISBN 0-19-856610-7/hbk)。321-352 (2005).
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关于进化树之间的契约和细化转换。 (英文) Zbl 1318.92037号

第十五届ACM-SIAM离散算法年度研讨会论文集,SODA 2004,新奥尔良,洛杉矶,美国,2004年1月11-13日。纽约州纽约市:计算机机械协会(ACM);宾夕法尼亚州费城:工业和应用数学学会(SIAM)(ISBN 0-89871-558-X)。900-909 (2004).
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发展评估系统发育网络重建方法的计算工具。 (英文) Zbl 1253.92044号

Altman,Russ B.(编辑)等人,2003年太平洋生物计算研讨会。2003年1月3日至7日,美国夏威夷考艾岛,第八届太平洋生物计算研讨会论文集。新加坡:世界科学(ISBN 981-238-217-8/hbk)。315-326 (2002).
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估算基因组之间的真正进化距离。 (英文) Zbl 1323.92143号

2001年STOC第三十三届ACM计算理论年会论文集。2001年7月6日至8日,希腊克里特岛赫索尼索斯。纽约州纽约市:ACM出版社(ISBN 1-581-13349-9)。637-646 (2001).
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系统发育方法在有界直径树上的表现。 (英文) Zbl 1129.92317号

Gascuel,Olivier(编辑)等人,《生物信息学中的算法》。2001年8月28日至31日在丹麦奥胡斯举行的WABI 2001第一届国际研讨会。诉讼程序。柏林:施普林格出版社(ISBN 3-540-42516-0)。莱克特。注释计算。科学。2149, 214-226 (2001).
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系统发育方法的性能研究:(未加权)四重法和邻接法。 (英文) Zbl 0982.92025号

Kosaraju,Deborah,第十二届ACM-SIAM离散算法研讨会论文集。2001年1月7日至9日,美国华盛顿特区。宾夕法尼亚州费城:SIAM,工业和应用数学学会。196-206 (2001).
MSC公司:92D15型 05C90年 90 C90
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绝对收敛:短序列中的真树。 (英文) Zbl 0982.92026号

Kosaraju,Deborah,第十二届ACM-SIAM离散算法研讨会论文集。2001年1月7日至9日,美国华盛顿特区。宾夕法尼亚州费城:SIAM,工业和应用数学学会。186-195 (2001).
MSC公司:92D15型 60J20型 90 C90
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风铃草科叶绿体基因序列数据系统发育方法的经验比较。 (英文) Zbl 1137.92351号

Sankoff,David(编辑)等人,《比较基因组学》。基因顺序动力学、图谱比对和基因家族进化的实证和分析方法。2000年9月22日至25日,加拿大魁北克省DCAF研讨会上的论文。多德雷赫特:Kluwer学术出版社(ISBN 0-7923-6583-6/hbk;0-7923-5584-4/pbk)。计算生物学系列1,99-121(2000)。
MSC公司:92D15型 92C80型
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系统发育学中的一些组合优化问题。 (英文) Zbl 0953.92024号

Lovász,L.(编辑)等人,图论和组合生物学。基于组合学和图论国际学术讨论会的讨论,巴拉托莱莱,匈牙利,1996年7月。布达佩斯:János Bolyai数学协会。Bolyai Soc.数学。螺柱7363-413(1999)。
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用短序列构造大树。 (英文) Zbl 1401.92149号

Degano,Pierpaolo(编辑)等人,《自动化,语言和编程》。1997年7月7日至11日在意大利博洛尼亚举行的第24届国际学术讨论会。诉讼程序。柏林:Springer-Verlag(ISBN 978-3-540-63165-1/pbk;978-3-540-69194-5/电子书)。计算机科学课堂讲稿1256827-837(1997)。
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从多态性特征推断进化树,并分析印欧语系。 (英文) 兹比尔0902.92036

Mirkin,Boris(编辑)等人,《数学层次和生物学》。DIMACS研讨会,1996年11月13日至15日。普罗维登斯,RI:AMS,美国数学学会。DIMACS系列。离散数学。西奥。计算。科学。37, 43-55 (1997).
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当字符状态数固定时,用于计算和枚举完美系统发育的快速算法。 (英文) Zbl 0846.92018号

Clarkson,K.(编辑),第六届ACM-SIAM离散算法年度研讨会论文集,美国加利福尼亚州旧金山,1995年1月22日至24日。宾夕法尼亚州费城:SIAM。595-603 (1995).
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计算树的局部一致性。 (英文) 邮编:0847.92013

Clarkson,K.(编辑),第六届ACM-SIAM离散算法年度研讨会论文集,美国加利福尼亚州旧金山,1995年1月22日至24日。宾夕法尼亚州费城:SIAM。68-77 (1995).
MSC公司:92D15型 92B05型
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从部分顺序重建树。 (英文) Zbl 1504.68169号

Dehne,Frank(编辑)等人,《算法和数据结构》。93年WADS第三次研讨会。加拿大蒙特利尔,1993年11月至13日。诉讼程序。柏林:Springer-Verlag。莱克特。注释计算。科学。709, 397-408 (1993).
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寻找最优进化树的稳健模型。 (英文) Zbl 1310.92037号

第25届ACM计算理论年会论文集,STOC'93。1993年5月16日至18日,美国加利福尼亚州圣地亚哥。纽约州纽约市:计算机协会(ACM)(ISBN 0-89791-591-7)。137-145 (1993).
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树的兼容性和推断进化历史。 (英文) Zbl 0799.92012号

Ramachandran,Vijaya(编辑),《离散算法》。1993年1月25日至27日在美国德克萨斯州奥斯汀举行的第四届ACM-SIAM年度研讨会会议记录。宾夕法尼亚州费城:SIAM。382-391 (1993).
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三角化顶点着色图。 (英文) Zbl 0801.68127号

Ramachandran,Vijaya(编辑),《离散算法》。1993年1月25日至27日在美国德克萨斯州奥斯汀举行的第四届ACM-SIAM年度研讨会会议记录。宾夕法尼亚州费城:SIAM。120-127(1993年)。
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两次打击破坏了完美的系统发育。 (英文) Zbl 1425.68136号

Kuich,Werner(编辑),《自动化,语言和编程》。第19届国际学术讨论会,1992年7月13日至17日,奥地利维也纳。诉讼程序。柏林:Springer-Verlag。莱克特。注释计算。科学。623, 273-283 (1992).
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