施密特,W。;穆勒,E.-Ch。 基于二进制字符数据的距离度量及其在系统发育重建中的应用。 (英语) Zbl 0853.92012号 牛市。数学。生物。 58,第3期,449-469(1996). 摘要:描述了一种基于预定义的一组二分法属性(即存在或不存在)将许多分类群联系起来的新方法。分析的基本步骤是推导一个复杂的距离度量,以根据个体属性定量描述成对差异。用树状结构表示相异矩阵是距离度量隐含的一个明显步骤,与广泛使用的最近邻连续连接距离的方法有关。距离测度不使用进化过程的随机或其他数学模型,可以用离散信息理论来最好地解释。 引用于1审查引用于1文件 MSC公司: 92D15型 与进化有关的问题 92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学 关键词:分区代数;树的重建;氨基酸序列;分类群;二分性质;距离测量;相异度矩阵;树状结构;最近的邻居;离散信息论 软件:PAUP公司* PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{W.Schmidt}和\textit{E.Ch.Müller},公牛。数学。生物学58,第3期,449--469(1996;Zbl 0853.92012) 全文: 内政部 参考文献: [1] H.J.Bandelt和A.W.M.Dress,1993年。分割分解的关系方法。信息系统与数据分析,前景,基础,应用,H.H.Bock,W.Lenski和M.M.Richter(编辑)。柏林:斯普林格。 [2] Bork,P.和Ch.Grunwald,1990年。使用属性模式方法识别初级结构中的不同核苷酸结合位点。欧洲生物化学杂志。191, 347–358. ·文件编号:10.1111/j.1432-1033.1990.tb19129.x [3] 卡瓦利·斯福扎,L.L.和A.W.F.爱德华兹。系统发育分析:模型和估计程序。进化32550-570·doi:10.2307/2406616 [4] Felsenstein,J.1973年。基于离散字符数据的进化树的最大似然和最小步长方法。系统。Zool(动物园)。22, 240–249. ·doi:10.2307/2412304 [5] 冯·D·F和R·F·杜利特尔。渐进序列比对是纠正系统发育树的先决条件。《分子进化杂志》。25, 351–360. ·doi:10.1007/BF02603120 [6] Fitch,W.M.和E.Margoliash。1967年,构建系统发育树。《科学》第15、279–284页·doi:10.126/科学155.3760.279 [7] Fredman,M.L.1984年。计算具有长度无关间隙惩罚的进化相似性度量。牛市。数学。生物学第46553–566页·兹伯利0549.92011 [8] GCG:GCG包的程序手册,7.3版,1993年。 [9] Kimura,M.1980年。通过核苷酸序列的比较研究估算碱基替换进化速率的简单模型。《分子进化杂志》。17, 111–120. ·doi:10.1007/BF01731581 [10] Kishino,H.和M.Hasegawa,1989年。从DNA序列数据评估进化树拓扑的最大似然估计,以及人科动物的分支顺序。《分子进化杂志》。29, 170–179. ·doi:10.1007/BF02100115 [11] Klotz,L.C.和R.L.Blanken,1981年。一种从序列数据计算进化树的实用方法。J.西奥。生物学91,261–272·doi:10.1016/0022-5193(81)90233-2 [12] 摩尔、G.M.、M.古德曼和J.巴纳巴斯。1973.从加性假设的角度对分子数据集提出的树状图问题进行迭代处理。J.西奥。生物学38,423–457·doi:10.1016/0022-5193(73)90251-8 [13] Penny,D.和M.Hendy。1986.评估进化树的可靠性。分子生物学。进化。3, 403–417. [14] Sankoff,D.、R.J.Cedergren和W.M.McKay。序列系统发育研究策略。编号。《酸类研究》10,421–431·doi:10.1093/nar/10.1.421 [15] 施密特,W.,1993年。蛋白质序列的多重比对和基于氨基酸属性的进化压力构建——代数方法。信息系统和数据分析。《前景、基础、应用》,H.H.Bock、W.Lenski和M.M.Richter(编辑)。柏林:斯普林格。 [16] 施密特,W.1995。基于氨基酸特性的蛋白质序列系统发育重建。摩尔进化杂志。,41, 522–530. ·doi:10.1007/BF00160324 [17] Sellers,P.H.,1974年。进化距离。SIAM J.应用。数学。26, 787–793. ·兹比尔0291.92013 ·doi:10.137/0126070 [18] Swofford,D.L.1991年。PAUP:使用简约的系统发育分析。3.05版。伊利诺伊州自然历史调查局发布的计算机程序。美国伊利诺伊州香槟市。 [19] Tateno,Y.、M.Nei和F.Tajima。1982.分子数据中估计系统发育树的准确性。I.远缘种。《分子进化杂志》。18, 387–404. ·doi:10.1007/BF01840887 [20] Taylor,W.R.1986年。用一致模板鉴定蛋白质序列同源性。分子生物学杂志。188, 233–258. ·doi:10.1016/0022-2836(86)90308-6 [21] 沃德金、M.H.、V.R.戈登和G.L.麦克劳林。多裂棘阿米巴中的一种核糖体蛋白在真核细胞核细胞器和细菌中保守。基因131141-144·doi:10.1016/0378-1119(93)90683-T [22] Waterman,M.S.和T.F.Smith。1978年。关于树状图的相似性。J.西奥。生物学73,789–800·doi:10.1016/0022-5193(78)90137-6 [23] Waterman,M.S.、T.F.Smith、M.Singh和W.A.Beyer。1977年,加性进化树。J.西奥。生物学64,199-213·doi:10.1016/0022-5193(77)90351-4 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。