×
迈克尔·佩德森;戈登·普洛金（Gordon D.Plotkin）。

生化系统语言：设计和形式规范。 （英语） Zbl 1275.92020年

Priami，Corrado（编辑）等人，《计算系统生物学学报》第十二卷。关于建模方法的特别问题。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-11711-4/pbk）。计算机科学课堂讲稿5945。生物信息学讲义。《期刊副刊》，77-145（2010年）。
摘要：本文介绍了一种生物化学系统语言（LBS），它将基于规则的建模方法与模块化相结合。它以生物化学系统微积分（CBS）为基础，根据修饰复合物之间的反应，对代谢、信号传递和调节网络进行模块化描述，这些反应同时发生在一个隔室层次内，并可能发生跨隔室相互作用和转运。面向实际和大规模应用的LBS的其他功能包括以简洁的方式操作大型复合体的物种表达式、具有编写可重用模块的子类型概念的参数化模块以及处理组合爆炸的不确定性。这些功能通过示例进行了演示。然后，通过抽象语法和通用语义给出了LBS的形式化规范，这些语义在与目标语义对象的特定选择相关的结构上是参数化的。文中还给出了Petri网、有色Petri网，ODE和连续时间Markov链的具体情况下的这种结构的例子。
关于整个系列，请参见[Zbl 1204.92037号].

引用于12文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
60年28日 连续时间Markov过程在离散状态空间中的应用
68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

大规模的;参数化模块;子类型;组合爆炸;不确定性;Petri网;彩色Petri网;常微分方程;连续时间马尔可夫链

软件：

生物-PEPA;伦敦商学院;锑;BlenX公司;政治公众人物协议
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Pedersen}和\textit{G.D.Plotkin}，莱克特。注释计算。科学。5945，77--145（2010；Zbl 1275.92020）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Blanchard，P.、Devaney，R.L.、Hall，G.R.：微分方程。布鲁克斯/科尔（2002）
[2] Cai，Y.，Hartnett，B.，Gustafsson，C.，Peccoud，J.：设计和验证源自标准生物部分的合成遗传结构的句法模型。生物信息学23（20），2760–2767（2007）·doi:10.1093/bioinformatics/btm446
[3] Cai，Y.，Lux，M.W.，Adam，L.，Peccoud，J.：使用属性语法建模合成DNA序列中的结构-功能关系。公共科学图书馆计算。生物学5（10），e1000529（2009）·doi:10.1371/journal.pcbi.1000529
[4] Calder，M.，Gilmore，S.，Hillston，J.：使用随机过程代数PEPA模拟RKIP对ERK信号通路的影响。事务处理。计算时。系统。生物学VII 4230，1–23（2006）·doi:10.1007/11905455_1
[5] Cardelli，L.：Brane calculi。收录：Danos，V.，Schächter，V.（编辑）CMSB 2004。LNCS（LNBI），第3082卷，第257-280页。斯普林格，海德堡（2005）·Zbl 1088.68657号 ·doi:10.1007/978-3-540-25974-9_24
[6] Chabrier Rivier，N.，Fages，F.，Soliman，S.：生化抽象机器BIOCHAM。收录：Danos，V.，Schächter，V.（编辑）CMSB 2004。LNCS（LNBI），第3082卷，第172-191页。斯普林格，海德堡（2005）·Zbl 1088.68817号 ·doi:10.1007/978-3-540-25974-9_14
[7] Chen，W.W.，Schoeberl，B.，Jasper，P.J.，Niepel，M.，Nielsen，U.B.，Lauffenburger，D.A.，Sorger，P.K.：根据动态数据训练的大规模行动模型揭示的ErbB信号通路的输入-输出行为。摩尔系统。生物5（239）（2009）·doi:10.1038/msb2008.74
[8] Ciocchetta，F.，Hillston，J.：生物-PEPA：生化网络过程代数PEPA的扩展。电子。注释Theor。计算。科学。194（3），103–117（2008）·Zbl 1279.68254号 ·doi:10.1016/j.entcs.2007.12.008
[9] Danos，V.：细胞信号的敏捷建模。In:《现代科学与工程计算》，第2卷，A部分963，第611-614页（2007年）·doi:10.1063/1.2836156
[10] Danos，V.、Feret，J.、Fontana，W.、Harmer，R.、Krivine，J.：基于规则的建模和模型扰动。TCSB 5750（11），116-137（2009）
[11] Danos，V.、Feret，J.、Fontana，W.、Harmer，R.、Krivine，J.：细胞信号的基于规则的建模。收录：Caires，L.，Vasconcelos，V.T.（编辑）CONCUR 2007。LNCS，第4703卷，第17-41页。斯普林格，海德堡（2007）·Zbl 1151.68723号 ·doi:10.1007/978-3-540-74407-8_3
[12] Dematté，L.，Priami，C.，Romanel，A.：BlenX生物过程的建模和模拟。SIGMETRICS绩效评估审查35（4），32–39（2008）·doi:10.1145/1364644.1364653
[13] Faeder，J.R.，Blinov，M.L.，Hlavacek，W.S.：基于图形规则的信号传输网络表示法。收录人：Liebrock，L.M.（编辑）Proc。2005年ACM交响乐团。申请。《计算》，第133-140页。ACM出版社，纽约（2005）·数字对象标识代码：10.1145/1066677.1066712
[14] Guerriro，M.L.，Heath，J.K.，Priami，C.：从生物建模的叙事语言到过程代数的自动翻译。收录：Calder，M.，Gilmore，S.（编辑）CMSB 2007。LNCS（LNBI），第4695卷，第136-151页。斯普林格，海德堡（2007）·doi:10.1007/978-3-540-75140-3_10
[15] Harel，D.：状态图：复杂系统的视觉形式主义。科学。计算。程序。 8(3), 231–274 (1987) ·Zbl 0637.68010号 ·doi:10.1016/0167-6423（87）90035-9
[16] Heiner，M.，Gilbert，D.，Donaldson，R.：系统和合成生物学的Petri网。在：Bernardo，M.，Degano，P.，Zavattaro，G.（编辑）SFM 2008。LNCS，第5016卷，第215-264页。斯普林格，海德堡（2008）·doi:10.1007/978-3-540-68894-57
[17] Hucka，M.等人：系统生物学标记语言（SBML）：生化网络模型的表示和交换媒介。生物信息学19（4），524–531（2003）·doi:10.1093/bioinformatics/btg015
[18] Jensen，K.：《有色Petri网：基本概念、分析方法和实际应用》，第1卷。斯普林格，海德堡（1992）·Zbl 0762.68004号 ·doi:10.1007/978-3-662-06289-0
[19] Kofahl，B.，Klipp，E.：酵母信息素途径的动力学建模。酵母21（10），831-850（2004）·doi:10.1002/年1122
[20] Kwiatkowski，M.，Stark，I.：连续微积分：生物化学建模的过程代数。收录：Heiner，M.，Uhrmacher，A.M.（编辑）CMSB 2008。LNCS（LNBI），第5307卷，第103–122页。斯普林格，海德堡（2008）·doi:10.1007/978-3-540-88562-7_11
[21] Le Novère，N.等人：系统生物学图形符号。《自然生物技术》27，735–741（2009）·doi:10.1038/nbt.1558
[22] Mallavarapu，A.，Thomson，M.，Ullian，B.，Gunawardena，J.：用模型编程：模块化和抽象为系统生物学提供了强大的能力。J.R.Soc.Interface（2008年）
[23] Murata，T.：Petri网：特性、分析和应用。IEEE会议录77（4），541-580（1989）·数字对象标识代码：10.1109/5.24143
[24] Paun，G.，Rozenberg，G.:膜计算指南。西奥。计算。科学。 287(1), 73–100 (2002) ·Zbl 1061.68054号 ·doi:10.1016/S0304-3975（02）00136-6
[25] Pedersen，M.：Petri网中最小流的合成定义。收录：Heiner，M.，Uhrmacher，A.M.（编辑）CMSB 2008。LNCS（LNBI），第5307卷，第288-307页。斯普林格，海德堡（2008）·数字对象标识代码：10.1007/978-3-540-88562-7_21
[26] Pedersen，M.，Phillips，A.：面向活细胞基因工程的编程语言。J.R.Soc.接口专刊（2009年）
[27] Pedersen，M.，Plotkin，G.：生物化学系统的语言。收录：Heiner，M.，Uhrmacher，A.M.（编辑）CMSB 2008。LNCS（LNBI），第5307卷，第63-82页。施普林格，海德堡（2008）·doi:10.1007/978-3-540-88562-79
[28] Peyssonnaux，C.，Eychène，A.：Raf/MEK/ERK途径：激活的新概念。生物细胞。 93(1-2), 53–62 (2001) ·doi:10.1016/S0248-4900（01）01125-X
[29] Phillips，A.，Cardelli，L.，Castagna，G.：随机像素中生物过程的图形表示。摘自：Priami，C.、Ingólfsdóttir，A.、Mishra，B.、Riis Nielson，H.（编辑）《计算系统生物学学报》VII。LNCS（LNBI），第4230卷，第123–152页。斯普林格，海德堡（2006）·doi:10.1007/11905455-7
[30] 不列颠哥伦比亚省皮尔斯：类型和编程语言。麻省理工学院出版社，剑桥（2002）·Zbl 0995.68018号
[31] Plotkin，G.：生化系统演算（准备中）
[32] Priami，C.：随机π演算。《计算机杂志》38（7），578–589（1995）·doi:10.1093/comjnl/38.7.578
[33] Priami，C.，Quaglia，P.：生物相互作用的β结合物。收录：Danos，V.，Schächter，V.（编辑）CMSB 2004。LNCS（LNBI），第3082卷，第20-33页。斯普林格，海德堡（2005）·Zbl 1088.68646号 ·doi:10.1007/978-3-540-25974-93
[34] Regev，A.，Paninab，E.M.，Silverman，W.，Cardelli，L.，Shapiro，E.：生物环境：生物隔室的抽象。西奥。计算。科学。 325(1), 141–167 (2004) ·Zbl 1069.68569号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.03.061
[35] Smith，L.P.，Bergmann，F.T.，Chandran，D.，Sauro，H.M.：锑：模块化模型定义语言。生物信息学25（18），2452–2454（2009）·doi:10.1093/bioinformatics/btp401
[36] Wilkinson，D.J.：系统生物学的随机建模。查普曼和霍尔/CRC，博卡拉顿（2006）·Zbl 1099.92004号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。