×

组合有色Petri网,用于改进基于反应的模型。 (英语) Zbl 1401.68227号

Paulevé,Loíc(编辑)等人,第六届静态分析和系统生物学国际研讨会(SASB 2015)的后期报道,法国圣马洛,2015年9月8日。阿姆斯特丹:爱思唯尔。理论计算机科学电子笔记326,51-72(2016)。
摘要:模型细化是模型构建过程中的一个重要步骤。对于基于反应的模型,数据精化包括用精化模型中的几个变体替换一个物种。我们在本文中讨论了用Petri网实现数据精化,以便模型的大小(就位置和转换的数量而言)不会增加。我们通过引入一类新的Petri网,即复合Petri网(ComP-nets)和它们的有色对应物,即有色复合Petri网络(ComCP-nets)来捕获物种的组成结构。给定一个具有已知组成结构的基于反应的模型(表示为ComP-net),我们提出了一种构建ComCP-net的算法,该算法实现了模型的数据细化,并且具有与初始ComP-网相同的网络结构。
有关整个系列,请参见[Zbl 1352.92002年].

MSC公司:

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等)
60年第68季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)

软件:

清爽
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] (Calude,C.S.;Gheorghe,P.;Rozenberg,G.;Salomaa,A.,多集处理。多集处理,计算机科学讲义,第2235卷(2001),Springer-Verlag:Springer-Verlag Berlin Heidelberg)·Zbl 0983.00053号
[2] Danos,V。;费雷特,J。;Fontana,W。;哈默,R。;Krivine,J.,《基于规则的建模和模型扰动》,(Priami,C.;Back,R.-J.;Petre,I.,《计算系统生物学学报》XI.《计算系统生物学报》XI,《计算机科学讲义》,第5750卷(2009),Springer:Springer-Berlin-Heidelberg),116-137·Zbl 1175.92022号
[3] 大卫·R。;Alla,H.,离散、连续和混合Petri网(2010),施普林格:施普林格-柏林-海德堡
[4] 格拉蒂,C。;Petre,I.,《质量作用反应网络的Fit-preserving数据精化》,(Beckmann,A.;Csuhaj-Varjü,E.;Meer,K.,《语言,生命,极限,计算机科学讲稿》,《计算机科学讲义》,第8493卷(2014),施普林格国际出版公司),204-213·Zbl 1435.92022年
[5] 格雷斯,D.-E。;伊恩库,B。;阿齐米,S。;Petre,I.,《四种不同框架中的定量模型改进及其在热冲击响应中的应用》(2013年),TUCS,技术报告1067
[6] 格拉蒂,D.-E。;Petre,I.,《作为有色Petri网类型求精的完整结构模型求精》,(Heiner,M.;Wagler,A.K.,《第六届生物过程和Petri网国际研讨会论文集》,《第6届生物过程与Petri网国际研讨会论文集,欧洲经济研究所论文集》第1373卷(2015)),70-84
[7] Harmer,R.,基于规则的建模和可调分辨率,EPTCS,9,65-72(2009)·Zbl 1456.68044号
[8] 海纳,M。;Herajy,M。;刘,F。;罗尔,C。;Schwarick,M.,Snoopy-一个统一的Petri网工具,(Haddad,S.;Pomello,L.,Petri网的应用和理论。Petri网应用和理论,计算机科学讲义,第7347卷(2012),Springer:Springer-Berlin-Heidelberg),398-407
[9] 伊恩库,B。;Czeizler,E。;Czeizler,E。;Petre,I.,《反应模型的定量改进》,《国际非传统计算杂志》,第8期,第529-550页(2012年)
[10] Iancu,B。;格雷斯,D.-E。;阿齐米,S。;Petre,I.,《定量模型精化的实施》,(Dediu,A.-H.;Martn-Vide,C.;Truthe,B.,《计算生物学算法》,《计算生物算法》,计算机科学讲义,第8542卷(2014),施普林格国际出版公司),95-106·Zbl 1293.92003年
[11] Jensen,K.,彩色Petri网,EATCS理论计算机科学专著(1992),Springer-Verlag:Springer-Verlag Berlin Heidelberg·Zbl 0632.68058号
[12] Jensen,K.,《有色Petri网》,理论计算机科学专著。EATCS系列(1995),斯普林格·弗拉格:斯普林格尔·弗拉格-柏林-海德堡·Zbl 0632.68058号
[13] Jensen,K。;Kristensen,L.M.,《彩色Petri网》(2009年),《施普林格·弗拉格:施普林格尔·弗拉格-柏林-海德堡》·Zbl 1215.68153号
[14] (Koch,I.;Reisig,W.;Schreiber,F.,《系统生物学建模:Petri网方法》,《系统生物建模:Petri-net方法》,计算生物学,第16卷(2011年),Springer-Verlag:Springer-Verlag London)·兹比尔1297.92002
[15] Lakos,C.,《有色Petri网的构造抽象》,(Petri网应用与理论2000(2000),Springer),323-342·Zbl 0986.68075号
[16] Liu,F.,系统生物学彩色Petri网(2012),Universityätsbibliothek,博士论文
[17] E.墨菲。;Danos,V。;费雷特,J。;Krivine,J。;Harmer,R.,《基于规则的建模和模型改进》,《计算系统生物学要素》,83-114(2009)
[18] Reisig,W.,《理解Petri网》(2013),斯普林格·弗拉格:斯普林格尔·弗拉格-柏林-海德堡·Zbl 1278.68222号
[19] (Reisig,W.;Rozenberg,G.,《关于Petri网的讲座I:基本模型》,《Petri网讲座I:基础模型》,计算机科学讲义,第1491卷(1998年),《Springer-Verlag:Springer-Verlag-Berlin-Heidelberg》)·Zbl 0903.00072号
[20] 铃木,I。;Murata,T.,Petri网的逐步细化和抽象方法,《计算机与系统科学杂志》,27,51-76(1983)·Zbl 0515.68051号
[21] Valette,R.,《逐步细化的Petri网分析》,《计算机与系统科学杂志》,第18期,第35-46页(1979年)·Zbl 0401.68038号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。