研究员Michael R。;茨维卡·哈特曼;丹尼·赫尔梅林;Gad M.兰道。;弗朗西丝·罗莎蒙德;利亚特·罗森伯格 单倍型推断受似是而非的单倍型数据限制。 （英语） Zbl 1247.92017年9月 Kucherov，Gregory（编辑）等人，组合模式匹配。2009年6月22日至24日在法国里尔举行的CPM 2009第20届年度研讨会。诉讼程序。柏林：施普林格出版社（ISBN 978-3-642-02440-5/pbk）。计算机科学课堂讲稿5577，339-352（2009）。 小结：单倍型推理问题（HIP）要求找到一组单倍型来解决一组给定的基因型。这一问题在许多实际领域都具有巨大的重要性，例如疾病或其他类型的基因突变的研究。为了找到尽可能接近构成基因型的真实单倍型集合的单倍型，提出了两种目前已被广泛接受的模型：完美系统发育模型和纯简约模型。迄今为止，针对上述问题的所有已知算法可能会发现不一定合理的单倍型，即在人群中从未观察到的非常罕见的单倍体或单倍型。为了克服这一缺点，我们首次在上述模型下研究了一种新的HIP约束版本。在这个新版本中，给出了一组似是而非的单倍型（H}）和一组基因型（G\），目标是找到一个子集（H\subseteq\widetilde{H}\）来解析（G \）。对于受限制的完全系统发育单倍型（CPPH）问题，我们为一些受限制的情况提供了初步见解和多项式时间算法，有助于理解该问题的复杂性。我们还通过提供一个参数化算法来证明约束简约单倍型（CPH）问题是固定参数可处理的，该算法应用了一种有趣的动态规划技术来解决该问题。关于整个系列，请参见[Zbl 1165.68013号]. 引用于2文件 MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 92C40型 生物化学、分子生物学 92D15型 与进化有关的问题 65年20月 数值算法的复杂性和性能 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.R.Fellows}等人，Lect。注释计算。科学。5577、339--352（2009；Zbl 1247.92017） 全文： 内政部 参考文献： [1] 国际hapmap项目。《自然》426789–796（2003）·doi:10.1038/nature02168 [2] Bafna，V.，Gusfield，D.，Lancia，G.，Yooseph，S.：作为完美系统发育的单体型：直接方法。计算生物学杂志10，323–340（2003）·doi:10.1089/10665270360688048 [3] Barzuza，T.，Beckmann，J.S.，Shamir，R.，Pe洱，I.：完美系统发育单倍型的计算问题：Xor基因型和标记sNP。收录：Sahinalp，S.C.、Muthukrishnan，S.M.、Dogrusoz，U.（编辑）CPM 2004。LNCS，第3109卷，第14-31页。斯普林格，海德堡（2004）·Zbl 1104.92044号 ·doi:10.1007/978-3-540-27801-6_2 [4] Brown，D.，Harrower，I.M.：单倍型分析中纯简约问题的新整数规划公式。收录：Jonassen，I.，Kim，J.（编辑）WABI 2004。LNCS（LNBI），第3240卷，第254-265页。斯普林格，海德堡（2004）·doi:10.1007/978-3-540-30219-322 [5] Damaschke，P.：快速完善的系统发育单倍型推断。收录：Lingas，A.，Nilsson，B.J.（编辑）FCT 2003。LNCS，第2751卷，第183-194页。斯普林格，海德堡（2003）·兹比尔1278.92034 ·doi:10.1007/978-3-540-45077-1_18 [6] Ding，Z.，Filkov，V.，Gusfield，D.：完美系统发育单倍型（pph）问题的线性时间算法。计算生物学杂志13，522-553（2006）·Zbl 1119.92350号 ·doi:10.1089/cmb.2006.13.522 [7] Downey，R.，Fellows，M.：参数化复杂性。斯普林格，海德堡（1999）·doi:10.1007/978-1-4612-0515-9 [8] Eskin，E.，Halperin，E.，Karp，R.：通过完善的系统发育有效地重建单倍型结构。生物信息学和计算生物学杂志1，1–20（2003）·doi:10.1142/S0219720003000174 [9] Gramm，J.，Nierhoff，T.，Sharan，R.，Tantau，T.：关于通过完美系统发育进行单倍型分析的复杂性。收录：RECOMB卫星SNP和单倍型计算方法研讨会论文集（2004年）·Zbl 1181.92030号 [10] Gramm，J.、Nierhoff，T.、Sharan，R.、Tantau，T.：通过完美路径系统发育对缺失数据进行单体型分析。离散应用数学155，788–805（2007）·Zbl 1114.68080号 ·doi:10.1016/j.dam.2005.09.020 [11] Greenspan，G.：Geiger D.基于模型的单倍型块变异推断。摘自：《计算分子生物学研究》（RECOMB 2003），第131-137页（2003） [12] Gusfield，D.：单体型作为完美的系统发育：概念框架和有效解决方案（扩展抽象）。摘自：RECOMB会议记录，第166-175页（2002年）·doi:10.1145/565196.565218 [13] Gusfield，D.：纯粹简约的单倍型推断。收录于：Baeza-Yates，R.，Chávez，E.，Crochemore，M.（编辑）CPM 2003。LNCS，第2676卷，第144-155页。斯普林格，海德堡（2003）·doi:10.1007/3-540-44888-8_11 [14] Gusfield，D.，Orzack，S.H.：单倍型推断。In:Aluru，S.（编辑）《生物信息学CRC手册》（2005年）·doi:10.1201/9781420036275.ch18 [15] Gusfield，D.，Song，Y.，Wu，Y.：具有单一同源性或重组事件的不完全系统发育单体型（IPPH）算法。收录：Casadio，R.，Myers，G.（编辑）WABI 2005。LNCS（LNBI），第3692卷，第152-164页。斯普林格，海德堡（2005）·数字对象标识代码：10.1007/11557067_13 [16] Halldorson，B.，Bafna，V.，Edwards，N.，Lipert，R.，Yooseph，S.，Istrail，S.：测定单倍型的计算方法综述。收录：RECOMB卫星关于SNP和单倍型推断计算方法的论文集，第26-47页（2003年）·Zbl 1131.92348号 [17] Halperin，E.，Eskin，E.：利用不完善的系统发育从基因型数据重建单倍型。生物信息学201842-1849（2004）·doi:10.1093/bioinformatics/bth149 [18] Halperin，E.，Karp，R.M.：完美的系统发育和单倍型分配。摘自：RECOMB会议记录，第10-19页（2004年）·数字对象标识代码：10.1145/974614.974617 [19] Hudson，R.：基因系谱和合并过程。牛津进化生物学调查7，1–44（1990） [20] van Iersel，L.，Keijsper，J.，Kelk，S.，Stougie，L.：可驯化岛屿的海滩：简约和最小完美系统发育单倍型问题的算法。收录：Bücher，P.，Moret，B.M.E.（编辑）WABI 2006。LNCS（LNBI），第4175卷，第80-91页。斯普林格，海德堡（2006）·doi:10.1007/11851561_8 [21] Kimmel，G.，Shamir，R.：不完全完美系统发育单倍型问题。生物信息学和合成生物学杂志3，359–384（2005）·doi:10.1142/S0219720005001090 [22] Lancia，G.，Pinotti，C.，Rizzi，R.：通过纯粹的简约性进行单体型分析：复杂性、精确和近似算法。INFORMS计算杂志，计算生物学专刊16，348-359（2004）·兹比尔1239.90076 ·doi:10.1287/ijoc.1040.0085 [23] Lancia，G.，Rizzi，R.：简约单倍型问题的多项式案例。《运营研究快报》34、289–295（2006）·Zbl 1092.92018年 ·doi:10.1016/j.orl.2005.05.007 [24] Rastas，P.，Koivisto，M.，Mannila，H.，Ukkonen，E.：单倍型重建的隐马尔可夫技术。收录：Casadio，R.，Myers，G.（编辑）WABI 2005。LNCS（LNBI），第3692卷，第140-151页。斯普林格，海德堡（2005）·Zbl 1110.68453号 ·doi:10.1007/11557067_12 [25] Satya，R.V.，Mukherjee，A.：完美系统发育单倍型的最佳算法。计算生物学杂志13（4），897–928（2006）·doi:10.1089/cmb.2006.13.897 [26] Sharan，R.、Halldorson，B.、Istrail，S.：简约单倍型的可驯化岛。IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊3，303–311（2006）·doi:10.1109/TCBB.2006.40 [27] Tavare，S.：校准时钟：使用随机过程测量进化速度。收录：Lander，E.，Waterman，M.（编辑）《计算生命的秘密》（1995） [28] Wang，L.，Xu，L.：最大简约的单体型推断。生物信息学19，1773–1780（2003）·doi:10.1093/bioinformatics/btg239 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。