基思·R·比塞特。;陈江卓;苏鲁奇迪奥达尔;凤、西周;马毅飞;马达夫·马拉特。 INDEMICS：用于数据密集型流行病建模的交互式高性能计算框架。 （英语） Zbl 1322.68247号 ACM事务处理。模型。计算。模拟。 24，第1号，第4条，32页（2014年）. 引用于1文件 MSC公司： 68岁20岁 模拟（MSC2010） 92天30分 流行病学 关键词：并行计算;传染病;交互式计算;建模与仿真;网络动力学 软件：长笛;EpiSimdemics公司;索引 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{K.R.Bisset}等人，ACM Trans。模型。计算。模拟。24，第1号，第4条，32页（2014；Zbl 1322.68247） 全文： 内政部 参考文献： [1] M.Ajelli，B.Gonç；阿尔维斯、D.巴尔坎、V.科利扎、H.胡、J.拉马斯科、S.梅勒和A.维斯皮格纳尼。2010.大规模计算方法与流行病建模的比较：基于代理与结构化集合种群模型。BMC传染病10，190（2010）。 [2] R.M.Anderson和R.M.1991年5月。人类传染病。牛津大学出版社，牛津。 [3] N.Bailey。1975年，传染病数学理论及其应用。纽约哈夫纳出版社·Zbl 0334.92024号 [4] A.Barrat、M.Barthelemy和A.Vespignani。2008.复杂网络中的动态过程。剑桥大学出版社·Zbl 1198.90005号 ·doi:10.1017/CBO9780511791383 [5] C.L.Barrett、K.Bisset、J.Chen、S.Eubank、B.Lewis、V.S.A.Kumar、M.V.Marathe和H.S.Mortveit。2009.人类行为、社会网络和社会基础设施之间的相互作用：计算流行病学案例研究。《计算基本问题：丹尼尔·罗森克兰茨教授的论文》，第18章，S.S.Ravi和Sandeep K.Shukla（编辑）。荷兰施普林格，477-507。 [6] C.L.Barrett、K.R.Bisset、S.G.Eubank、X.Feng和M.V.Marathe。EpiSimdemics：模拟传染病在大型现实社会网络上传播的有效算法。在ACM/IEEE超级计算会议记录中。290–294. [7] K.Bisset、J.Chen、C.J.Kuhlman、V.S.A.Kumar和M.V.Marath。2011.基于交互的HPC建模，用于大型网络上的社会、生物和经济传染。冬季模拟会议（WSC）论文集。2933–2947. [8] K.R.Bisset、J.Chen、X.Feng、V.S.A.Kumar和M.V.Marathe。2009年，EpiFast：分布式存储系统上大规模真实流行病模拟的快速算法。第23届超级计算国际会议记录。430–439. ·doi:10.1145/1542275.1542336 [9] K.R.Bisset、X.Feng、M.V.Marathe和S.M.Yardi。2009.模拟个人、社交网络和公共政策之间的互动，以支持公共卫生流行病学。冬季模拟会议。2020–2031. [10] 疾病预防控制中心。2010年。2009年4月至2010年4月10日，美国疾病控制与预防中心对2009年H1N1流感病例、住院人数和死亡人数的最新估计。2011年9月29日检索自http://www.cdc.gov/h1n1flu/estimates_2009_h1n1.htm。 [11] D.L.Chao、M.E.Halloran、V.Obenchain和I.M.Longini Jr.，2010年。FluTE，一个公开可用的随机流感疫情模拟模型。《公共科学图书馆·计算生物学》第6卷，第1期（2010年）。 ·doi:10.1371/journal.pcbi.1000656 [12] V.Colizza、A.Barrat、M.Barthelemy、A.Valleron和A.Vespignani。2007.模拟大流行性流感的全球传播：基线病例和控制干预。《公共科学图书馆·医学》4（2007），95·doi:10.1371/journal.pmed.0040013 [13] V.Colizza、A.Barrat、M.Barthelemy和A.Vespignani。2005.《全球流行病的预测和可预测性：航空运输网络的作用》，Arxiv preprint q-bio.OT/0507029（2005）。 [14] S.Deodhar、K.Bisset、J.Chen、Y.Ma和M.V.Marathe。2012.通过在流行病学系统中集成不同的软件来增强软件能力。第二届ACM SIGHIT国际健康信息学研讨会论文集。171–180. ·doi:10.1145/2110363.2110385 [15] R.Dobbs、S.Smit、J.Remes、J.Manyika、C.Roxburgh和A.Restrepo。2011年，《城市世界：绘制城市的经济力量》，麦肯锡全球研究所。检索自http://www.mckinsey.com/insights/mgi/research/urbanization/urban_world。 [16] S.B.Edlund、M.A.Davis和J.H.Kaufman。2010年，时空流行病学建模师。第一届ACM国际健康信息学研讨会论文集。817–820. [17] S.G.尤班克。2002.可扩展、高效的流行病学模拟。在ACM应用计算研讨会上。西班牙马德里，139-145。 [18] N.M.Ferguson、D.A.T.Cummings、S.Cauchemez、C.Fraser、S.Riley、A.Meeyai1、S.Iamsirisaworn和D.S.Burke，2005年。遏制东南亚新出现流感大流行的策略。《自然》437（2005），209-214·doi:10.1038/nature04017 [19] N.M.Ferguson、D.A.T.Cummings、C.Fraser、J.C.Cajka、P.C.Cooley和D.S.Burke，2006年。缓解流感大流行的策略。《自然》442（2006），448–452·doi:10.1038/nature04795 [20] N.M.Ferguson、M.J.Keeling、W.J.Edmunds、R.Gani、B.T.Grenfell、R.M.Anderson和S.Leach。2003.天花疫情规划。《自然》425（2003），681-685·doi:10.1038/nature02007 [21] H.V.Fineberg和M.E.Wilson。2009年，实时流行病学。科学324（2009年5月），987·doi:10.1126/科学.1176297 [22] C.Fraser、C.A.Donnelly、S.Cauchemez和W.P.Hanage等人，2009年。甲型H1N1流感毒株的流行潜力：早期发现。《科学》3245934（2009），1557-1561·doi:10.1212/科学1176062 [23] T.C.Germann、K.Kadau、I.M.Longini和C.A.Macken。2006年，美国大流行性流感缓解战略。《美国国家科学院院刊》103，15（2006），5935–5940·doi:10.1073/pnas.0601266103 [24] E.Goldstein、K.Paur、C.Fraser、E.Kenah、J.Wallinga和M.Lipsitch。2009年，家庭社区的生殖数量、疫情传播和控制。数学生物科学221，1（2009），11-25·Zbl 1172.92030 ·doi:10.1016/j.mbs.2009.06.002 [25] E.Halloran、N.M.Ferguson、S.Eubank、Jr.I.M.Longini、D.A.T.Cummings、B.Lewis、S.Xu、C.Fraser、A.Vullikanti、T.C.Germann、D.Wagener、R.Beckman、K.Kadau、C.Barrett、C.A.Macken、D.S.Burke和P.Cooley。2008年，对美国流感大流行的分层控制进行建模。《美国国家科学院院刊》105（2008），4639–4644·doi:10.1073/pnas.0706849105 [26] G.Heber和J.Gray。2007年a。支持有限元分析与关系数据库后端，第一部分：有生命超越文件。CoRR abs/cs/0701159（2007）。 [27] G.Heber和J.Gray。2007年b。使用关系数据库后端支持有限元分析，第二部分：数据库设计和访问。CoRR abs/cs/0701160（2007）。 [28] J.A.P.赫斯特贝克。2002年。R0的简要历史及其计算方法。生物学报50，3（2002），189-204·doi:10.1023/A:1016599411804 [29] J.M.Heffernan、R.J.Smith和L.M.Wahl。2005年基本生育率展望。《皇家学会界面杂志》2，4（2005），281-293·doi:10.1098/rsif.2005.0042 [30] H.W.赫斯科特。传染病数学。SIAM第42版，第4版（2000年12月），599–653·兹比尔0993.92033 ·doi:10.1137/S0036144500371907 [31] L.Hufnagel、D.Brockmann和T.Geisel。2004.全球化世界中流行病的预测和控制。《国家科学院院刊》101（2004），15124-15129·doi:10.1073/pnas.0308344101 [32] M.J.Keeling和K.T.D.Eames。2005.网络和流行病模型。J.R.Soc.接口2（2005），295·doi:10.1098/rsif.2005.0051 [33] M.Van Kerkhove和N.Ferguson。2012.流行病和干预建模；政策决策的科学依据&quest；2009年流感大流行的教训。公牛世界卫生组织。(2012), 306–10. [34] W.O.Kermack和A.G.McKendrick。1927.对流行病数学理论的贡献。伦敦皇家学会会刊。系列A 115、772（1927）、700–721·doi:10.1098/rspa.1927.0118 [35] S.Liao、Y.Ma、J.Chen和A.Marathe。2012.带薪病假：这是控制疫情的好方法吗；在第二届复杂科学国际会议上：理论与应用（复杂）。 [36] M.Lipsitch、L.Finelli、R.T.Heffernan、G.M.Leung和S.C.Redd。2011.改进大流行期间决策的证据基础：以2009年甲型H1N1流感为例。生物安全-生物恐怖。9, 2 (2011), 89–115. [37] Y.Ma、K.R.Bisset、J.Chen、S.Deodhar和M.V.Marathe。2011.在大规模疫情模拟中有效实施复杂干预措施。冬季模拟会议记录。 [38] A.Marath、B.Lewis、C.Barrett、J.Chen、M.Marathe、S.Eubank和Y.Ma.2011年。比较自上而下和自下而上策略控制流感的效果。《公共科学图书馆·综合》第6、9期（2011年9月），e25149。 [39] S.Merler和M.Ajelli。2010年。人口异质性和人口流动性在大流行性流感传播中的作用。《皇家学会学报》277、1681（2010）、557–565。 [40] L.A.Meyers公司。2007年。接触网流行病学：邦德渗流应用于传染病预测和控制。《美国数学学会公报》44（2007），63-86·Zbl 1106.92061号 ·doi:10.1090/S0273-079-06-01148-7 [41] L.A.Meyers和N.Dimitrov。2010年，传染病预测和控制的数学方法。信息，手术研究教程（2010年）。 [42] L.A.Meyers、M.E.J.Newman和B.Pourbohloul。2006年，通过定向接触网络预测流行病。《理论生物学杂志》240，3（2006），400-418·文件编号：10.1016/j.jtbi.2005.10.004 [43] M.Mundhenk、J.Goldsmith、C.Lusena和E.Allender。有限时域马尔可夫决策过程问题的复杂性。J.ACM 47，4（2000），681–720·Zbl 1327.68136号 ·数字对象标识代码：10.1145/347476.347480 [44] M.Newman、I.Jensen和R.M.Ziff。2002.二维小世界中的渗流和流行病。《物理评论》E 65（2002），021904·doi:10.1103/PhysRevE.65.021904 [45] J.Parker和J.M.Epstein。2012.全球范围基于代理的疾病传播模型的分布式平台。ACM建模与计算机仿真汇刊22，1（2012）。 ·doi:10.145/2043635.2043637 [46] R.Pastor-Satorras和A.Vespignani。2002.无标度网络中的流行病和免疫。在《图形和网络手册》中，S.Bornholdt和H.G.Schuster（编辑）。Wiley-VCH，柏林。 ·doi:10.1002/3527602755.ch5 [47] K.S.Perumalla和S.K.Seal。2011年，疫情爆发现象的离散事件建模和大规模并行执行。模拟（2011）。 [48] L.A.Rvachev和I.M.Longini。1985年，流感全球传播的数学模型。《数学生物科学》17（1985），3–22·2017年5月67日 ·doi:10.1016/0025-5564（85）90064-1 [49] Y.Simmhan、R.Barga、C.van Ingen、M.Nieto-Santisteban、L.Dobos、N.Li、M.Shipway、A.S.Szalay、S.Werner和J.Heasley。2009年，GrayWulf：用于数据密集型计算的可扩展软件架构。在HICSS中。1–10. [50] G.Ch.Sirakoulis、I.Karafyllidis和A.Thanailakis。2000.人口流动和疫苗接种对流行病传播影响的细胞自动机模型。生态建模133，3（2000），209-223·doi:10.1016/S0304-3800（00）00294-5 [51] B.Sowell、A.Demers、J.Gehrke、N.Gupta、H.Li和W.White。2009年，从声明语言到计算机游戏中的声明处理。在CIDR中。 [52] E.Vynnycky和R.G.White。2010年，传染病模型简介。牛津大学出版社。 [53] G.Wang、M.Salles、B.Sowell、X.Wang、T.Cao、A.Demers、J.Gehrke和W.White。2010.MapReduce中的行为模拟。VLDB捐赠会议记录3，1（2010），952–963·数字对象标识代码：10.14778/1920841.1920962 [54] S.H.White、A.M.del Rey和G.R.Sá；尼斯。2007年a。使用细胞自动机建模流行病。申请。数学。计算。186, 1 (2007), 193–202. ·Zbl 1111.92052号 [55] W.M.White、A.J.Demers、C.Koch、J.Gehrke和R.Rajagopalan。2007年b。将游戏缩放到史诗般的比例。在SIGMOD会议上。31–42. [56] 世界卫生组织。2004年，世卫组织关于流感大流行之前和期间优先公共卫生干预措施的磋商。可在http://www.who.int/csr/disease/avian_influenza/consultation/en/。 [57] J.T.Wu和B.J.Cowling。2011.使用数学模型为流感大流行的防备和应对提供信息。实验生物学与医学236，8（2011），955–961·doi:10.1258/ebm.2010.010271 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。