弗兰克·艾森曼格;乌尔里希·汉斯曼。;Shura Hayryan;胡金坤 用于蛋白质模拟的SMMP开源软件包的增强版。 (英语) Zbl 1196.82046号 计算。物理学。Commun公司。 174,第5期,422-429(2006). 摘要:我们描述了程序包SMMP(蛋白质的简单分子力学)的修订和更新版本[F.Eisenmenger、U.H.E.Hansmann、Sh.Hayryan、C.-K.Hu,计算。物理学。Commun公司。138,第2期,192-212(2001年;Zbl 0980.92011号)]. SMMP是一个开源FORTRAN软件包,用于在标准几何模型内对蛋白质进行分子模拟。它被设计为一种简单且廉价的工具,供研究人员和学生熟悉蛋白质模拟技术。本次发布介绍了此软件包的第一个主要版本及其新增功能。 引用于三文件 MSC公司: 82-08 计算方法(统计力学)(MSC2010) 82D60型 聚合物统计力学 92C40型 生物化学、分子生物学 92年10月 分子结构(图形理论方法、微分拓扑方法等) 关键词:FORTRAN包;蛋白质折叠;蒙特卡洛;最小化;广义集合模拟;结构预测 引文:Zbl 0980.92011号 软件:SMMP公司;非甾体抗炎药 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{F.Eisenmenger}等人,计算。物理学。Commun公司。174,编号5,422--429(2006;Zbl 1196.82046) 全文: 内政部 参考文献: [1] Eisenmenger,F。;Hansmann,联合王国。;Sh.Hayryan。;胡春光,《计算机》。物理学。通信,138192-212(2001)·Zbl 0980.92011号 [2] 韦纳,P.K。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,2, 287 (1981) [3] 布鲁克斯,B.R。;Bruccolieri,R.E。;奥拉夫森,B.D。;States,D.J。;Swaminathan,S。;Karplus,M.,J.计算。化学。,4, 187 (1983) [4] Abagyan,R.A。;托特罗夫,M.M。;库兹涅佐夫,D.A.,J.Compute。化学。,15, 488 (1994) [5] Sipple,M.J。;Nemethy,G。;Scheraga,H.A.和J.Phys。化学。,886231(1984年) [6] F.A.莫曼。;McGuire,R.F。;伯吉斯,A.W。;Scheraga,H.A.和J.Phys。化学。,79, 2361-2381 (1975) [7] Nemethy,G。;波特尔,M.S。;Scheraga,H.A.和J.Phys。化学。,87, 1883-1887 (1983) [8] Nemethy,G.,J.物理学。化学。,96, 6472-6484 (1992) [9] 朱尔金,V.B。;波尔蒂夫,V.I。;Florent'ev,V.L.,《分子生物学》。(莫斯科),141116-1130(1980) [10] Ramstein,J。;Lavery,R.,程序。国家。阿卡德。科学。美国,85,7231-7235(1988) [11] 艾森哈贝尔,F。;利恩扎德,P。;阿戈斯,P。;桑德,C。;Scharf,M.,J.计算。化学。,16, 273-284 (1995) [12] Masuya,M.,NSOL-分子表面积、体积和溶剂化能的数值计算程序 [13] Hansmann,联合王国。;Masuya,M。;冈本,Y.,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,9410652(1997) [14] Sh.Hayryan。;胡春凯。;斯科·伊万内克,J。;Hayryan,E。;Pokorn,I.,J.计算。化学。,26, 4, 334-343 (2005) [15] Busa,J。;Dzurina,J。;Hayryan,E。;Hayryan,S。;胡春凯。;普拉夫卡,J。;波科恩,我。;斯科·伊万内克,J。;Wu,M.-C.,计算机。物理学。通信,165,59-96(2005)·Zbl 1196.92001号 [16] 伯曼,H.M。;韦斯特布鲁克,J。;Z.Feng。;Gilliland,G。;Bhat,T.N。;韦西格,H。;Shindyalov,I.N。;伯恩,P.E.,Nucl。《酸类研究》,28,235-242(2000) [17] 英国麦当劳。;桑顿,J.M.,J.摩尔生物学。,238,577-793(1994年) [18] 出版社,W.H。;Teukolsky,S.A。;韦特林,W.T。;Flannery,B.P.,《Fortran中的数字配方》。《科学计算的艺术》(1992),剑桥大学出版社·Zbl 0778.65002号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。