×
Ioannis G.Tsoulos。;阿塔纳西奥斯·斯塔夫拉库迪斯

Eucb：用于分子动力学轨迹分析的C++程序。 （英语） Zbl 1216.82005年

计算。物理学。Commun公司。 182，第3期，834-841（2011）.
总结：欧共体是一个独立的程序，用于蛋白质系统分子动力学轨迹的几何分析。该程序是用GNU C++编写的，可以安装在任何运行C++编译器的操作系统中。该程序基于用户提供的关键字执行分析任务。源代码可从免费获得http://stavrakoudis.econ.uoi.gr/eucb根据LGPL 3许可证。

MSC公司：

82-04 统计力学相关问题的软件、源代码等
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
第82天60 聚合物统计力学
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

构象分析;分子动力学;蛋白质结构;轨迹分析;C++程序欧共体

软件：

NAMD公司;Qmd-槽;TRAJELIX公司;欧共体
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{I.G.Tsoulos}和\textit{A.Stavrakoudis}，计算。物理学。Commun公司。182，第3号，834--841（2011；Zbl 1216.82005）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Glykos，N.M.，Carma:分子动力学分析程序，计算化学杂志，271765-1768（2006）
[2] 菲利普斯，J.C。；布劳恩，R。；Wang，W。；甘巴特，J。；Tajkhorshid，E。；维拉，E。；Chipot，C。；Skeel，R.D。；卡莱，K。；Schulten，K.，《NAMD的可伸缩分子动力学》，计算化学杂志，261781-1802（2005）
[3] 托特，G。；墨菲，R.F。；Lovas，S.，《通过涉及脯氨酰和芳香残基的（π）-CH和芳香基团酰胺相互作用稳定局部结构》，蛋白质工程，14，543-547（2001）
[4] Kabsch，W.，将两组向量关联起来的最佳旋转的解决方案，晶体学学报，32922（1976）
[5] Petrone，P.M。；Garcia，A.E.，MHC-肽结合由结合水分子辅助，分子生物学杂志，338419-435（2004）
[6] Stavrakoudis，A.，补体蛋白（C8γ）与（C8α）茚肽络合的二硫键连接模型，分子建模杂志，15，165-171（2009）
[7] 斯塔夫拉库迪斯，A。；Tsoulos，I.G.（左）。；Z.O.Shenkarev。；Ovchinnikova，T.V.，通过非共价相互作用对抗菌肽芳烃-2:\（β\）-发夹稳定作用的分子动力学模拟，生物聚合物，92，143-155（2009）
[8] Stavrakoudis，A.，《利用分子动力学模拟对来自整合素受体（α）-IIb亚单位的313-320和313-332肽片段的构象研究》，《国际肽研究与治疗杂志》，15，263-272（2009）
[9] Stavrakoudis，A.，与CAMPATH-1H抗体复合的CD52抗原的环状肽模拟图的计算建模和分子动力学模拟，分子模拟，26，127-137（2010）
[10] Tatsis，V。；Tsoulos，I.G。；Stavrakoudis，A.，游离和结合CAMPATH-1H Fab抗体的TSSPSAD肽抗原的分子动力学模拟：β-转角构象的重要性，肽研究与治疗国际期刊，15，1-9（2009）
[11] Tatsis，V.A。；Tsoulos，I.G。；Krinas，C.S。；Alexopoulos，C。；Stavrakoudis，A.，通过分子动力学模拟深入了解PmrD蛋白的结构，《国际生物大分子杂志》，44393-399（2009）
[12] Trzesniak，D。；Glättli，A。；Jaun，B。；van Gunsteren，W.F.，使用分子动力学模拟解释β-肽的核磁共振数据，美国化学学会杂志，127，14320-14329（2005）
[13] 卡拉特，S。；Mann，G。；Hermans，J.，Qmd-plot:在分子动力学模拟背景下开发的用于快速初步分析波动数据时间序列的图形工具，计算化学杂志，23184-188（2001）
[14] Verstraelen，T。；Van Houteghem，M。；Van Speybroeck，V。；Waroquier，M.，MD-TRACKS:分子动力学高级分析和蒙特卡罗模拟的生产性解决方案，《化学信息与建模杂志》，48，2414-2424（2008）
[15] Mezei，M。；Filizola，M.，TRAJELIX:分子动力学模拟过程中蛋白质螺旋几何特征的计算工具，《计算机辅助分子设计杂志》，20，97-107（2006）
[16] Yamartino，R.J.，《风向标准偏差的几种单通估计值的比较》，《气候与应用气象学杂志》，231362-1366（1984）
[17] 王，A.C。；Bax，A.，统一富含13C/15N的人类泛素肽中3J（H.alpha.N）和3J（HN-C'）的Karplus关系的重新参数化，美国化学学会杂志，1171810-1813（1995）
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。