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H·坎贝拉。;V·赫尔姆斯。

使用BIOMCSIM对生物分子系统进行蒙特卡罗模拟。 （英语） Zbl 0987.92016号

计算。物理学。Commun公司。 141，第3期，375-402（2001）.
摘要：本文介绍了一个新的蒙特卡罗模拟程序BIOMCSIM，该程序专门用于模拟生物分子系统的行为，从而深入了解其功能。蒙特卡罗模拟高密度系统的计算复杂性是巨大的，例如将大分子蛋白质浸泡在溶剂介质中，或模拟蛋白质空腔中水分子的动力学。
本文介绍的程序旨在提供这些理想的功能，特别强调大正则系综中的模拟。它使用不同的偏置技术来增加仿真的收敛性，并在其并行版本中进行周期性负载平衡，以最大限度地利用可用的计算机功率。在周期系统中，长程静电相互作用可以用Ewald求和来处理。该程序是模块化组织的，并使用ANSI C方言实现，以增强其可修改性。其性能在蛋白质BPTI和细胞色素c氧化酶的基准应用中得到了证明。

引用于1文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
92-04 生物相关问题的软件、源代码等

关键词：

并行算法;强迫性斜视;空腔旋转偏斜

软件：

GROMOS公司;NAMD公司;BIOMCSIM公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{H.Kamberaj}和\textit{V.Helms}，计算。物理学。Commun公司。141，第3号，375--402（2001；Zbl 0987.92016）
全文： 内政部

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