阿卜杜勒诺·托克马吉。;董事会，John A.jun。 透视中的Ewald求和技术：一项调查。 （英语） Zbl 0923.65090号 计算。物理学。Commun公司。 95，第2-3、73-92号（1996年）. 摘要：大分子体系的模拟一直是并且仍然是一个具有挑战性的问题。一般认为，在周期边界条件（PBC）中进行的模拟通常最适合抑制边界效应。为此，Ewald求和被用于处理PBC中的长程相互作用。已有大量研究旨在提高Ewald求和算法的效率，Ewald算法是一种传统公式中的（{mathcal O}（N^2））算法，其中（N\）是系统中的粒子数。本文通过对传统方法和最新有效方法的研究，回顾了Ewald求和技术。传统方法，如制表法和近似法，首先与（{mathcal O}（N^{3/2}）方法一起重新检查。提出了基于四种方法，将复杂度降低到（{mathcal O}（N\log（N）））。本文回顾了多极展开技术，并将其与傅里叶方法进行了比较。这些新方法的计算效率促进了更长、更大和更真实的模拟。 引用于20文件 MSC公司： 65Z05个 科学应用 40年第35季度 量子力学中的偏微分方程 81V55型 分子物理学 65二氧化碳 蒙特卡罗方法 72年第35季度 来自力学的其他PDE（MSC2000） 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 65年20月 数值算法的复杂性和性能 关键词：求和法;快速多极算法;particle-mesh算法;周期边界条件;分子动力学;算法;酶;蛋白质;DNA链;薄膜;生物系统;大分子体系;计算效率 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit｛A.Y.Toukmaji｝和\textit｛J.A.Board jun.｝，计算机。物理学。Commun公司。95，编号2-3，73-92（1996年；Zbl 0923.65090） 全文： 内政部 参考文献： [1] 阿布拉莫维奇，M。；Stegun，I.（《数学函数手册》，国家标准局，AMS 55（1964），美国政府：美国政府，华盛顿特区）·Zbl 0171.38503号 [2] 亚当斯。；杜比，G.，J.Comp。物理。，72, 156 (1987) ·Zbl 0616.65007号 [3] 艾伦，M。；Tildesley，D.，《液体的计算机模拟》（1990），牛津科学：牛津科学伦敦·Zbl 0703.68099号 [4] Anderson，C.R.，SIAM J.科学。统计计算。，13, 923 (1992) ·Zbl 0754.65101号 [5] Bader，J。；钱德勒，D.，J.Phys。化学。，966423（1992年） [6] Belhadj，M。；Alper，H。；利维，R.，化学。物理学。莱特。，179, 13 (1991) [7] Berendson，H.J.（van Gunsteren，W.F.；Weiner，P.K.，生物分子系统的计算机模拟2（1993），ESCOM科学出版社：ESCOM科学出版商，荷兰莱顿），161 [8] 伯曼，C。；Greengard，L.，J.数学。物理。，35, 6036 (1994) ·Zbl 0819.65013 [9] 董事会，J。；Batchelor，R。；Leathrum，J.，（AIAA/ASME热物理和传热会议（1990）） [10] 董事会，J。；Causey，J。；Leathrum，J。；文德姆特，A。；Schulten，K.，化学。物理学。莱特。，198, 89 (1992) [11] 出生，M。；冯·卡曼，Th.，Physik。Z.，13，297（1912） [12] 布鲁克斯，B.R。；Bruccoleri，R.E。；奥拉夫森，B.D。；States，D.J。；Swaminathan，S。；Karplus，M.，J.计算。化学。，4, 187 (1983) [13] 刷子，S。；萨林，H。；Teller，E.，J.化学。物理。，45, 2101 (1966) [14] 达顿，T。；约克·D·。；Pederson，L.，J.化学。物理。，98, 10089 (1993) [15] 达顿，T。；埃斯曼，美国。；Lee，H。；佩雷拉，L。；M.伯克维茨。；Pederson，L.G.，J.化学。物理。，103, 8577 (1995) [16] Deem，M。；Newsam，J。；Sinha，S.和J.Phys。化学。，94, 8356 (1990) [17] De Leeuw，S。；佩拉姆，J。；Smith，E.（《罗伊·社会杂志》，伦敦A辑，373（1980）），第27页 [18] 丁·H。；北卡罗萨瓦州。；戈达德，W.A.，J.Chem。物理。，97, 4309 (1992) [19] 丁·H。；北卡罗萨瓦州。；Goddard，W.A.，化学。物理学。莱特。，196, 6 (1992) [20] 伊斯特伍德，J。；霍克尼，R。；劳伦斯，D.，计算。物理学。社区。，19, 215 (1980) [21] Elliott，W。；Board，J.（技术报告94-005（1994），杜克大学EE系），未出版 [22] Esselink，K.，计算。物理学。社区。，87, 375 (1995) [23] Ewald，P.、Ann.Phys.、。，64, 253 (1921) [24] Farouki，R。；Hamaguchi，S.，J.公司。物理。，115, 276 (1994) ·Zbl 0810.65003号 [25] Fincham，D.，分子模拟，13，1（1994） [26] Greengard，L。；Rokhlin，V.，J.公司。物理。，73, 325 (1987) ·Zbl 0629.65005号 [27] Greengard，L.，《粒子系统中势场的快速评估》（1988年），麻省理工学院出版社：麻省理学院出版社剑桥·Zbl 0661.70006号 [28] Hansen，J.，《物理学》。修订版A，83096（1973） [29] 豪特曼，J。；Klein，M.，分子模拟。，75, 379 (1992) [30] Heyes，D.，J.化学。物理。，74, 1924 (1980) [31] 霍克尼，R。；伊斯特伍德，J.，《使用粒子的计算机模拟》（1981），麦格劳-希尔：麦格劳–希尔纽约·兹比尔0662.76002 [32] Jackson，J.D.，经典电动力学（1975），威利：威利纽约·Zbl 0114.42903号 [33] Kittel，C.，《固体物理学导论》（1971），威利出版社：威利纽约 [34] 科拉法，J。；Perram，J.，摩尔模拟，9351（1992） [35] 库特，R。；尼古拉斯，J.，《计算》。物理学。社区。，86, 236 (1995) [36] C.Lambert和J.Board Jr.，J.Comp。物理。，提交。；C.Lambert和J.Board Jr.，J.Comp。物理。，提交。 [37] 卢蒂，B。；Davis，M。；蒂罗尼，I。；van Gunsteren，W.，摩尔模拟，14，11（1994） [38] Nijboer，B。；De Wette，F.，《物理学》，23309（1957）·Zbl 0131.46201号 [39] 佩拉姆，J。；彼得森，H。；De Leeuw，S.，摩尔物理学。，65, 875 (1988) [40] Rajagopal，G。；Needs，R.，J.公司。物理。，115, 399 (1994) ·Zbl 0843.65086号 [41] Rhee，Y。；哈雷，J。；豪特曼，J。；Rahman，A.，《物理学》。修订版B，40，36（1989） [42] Rycerz，Z。；Jacobs，P.，摩尔模拟，8197（1992） [43] 桑切斯特，M。；Dixon，M.，高级物理。，25, 247 (1976) [44] 施密特，K。；李，M.，J.Stat.Phys。，63, 1223 (1991) [45] 施赖伯，H。；O.斯坦豪泽，《生物化学》，315856（1992） [46] 岛田，J。；Kaneko，H。；Takada，T.，J.公司。化学。，14, 867 (1993) [47] 岛田，J。；Kaneko，H。；Takada，T.，J.公司。化学。，第15、28页（1994年） [48] 斯拉特里，W。；杜伦，G。；DeWitt，H.，物理学。修订版A，212087（1980） [49] Solvason，D。；Kolafa，J。；彼得森，J。；佩拉姆，J.，《计算》。物理学。社区。，87, 307 (1995) ·Zbl 0888.65130号 [50] Smith，W.，《凝聚相计算机模拟信息季刊》，21，37（1986） [51] Tosi，M.，（Seitz，F.；Turnbull，D.，《固体物理学》16（1964），学术出版社：纽约学术出版社），107 [52] 冯德拉格，F。；Bethe，H.和Phys。修订版，71612（1947）·Zbl 0033.14303号 [53] 约克·D·。；Yang，W.，J.化学。物理。，101, 3298 (1994) [54] 约克·D·。；Wlodawer，A。；佩德森，L。；达顿，T.（Proc.Natl.Acad.Sci.，91（1994）），第8715页 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。