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MDVRY:生物分子的极化经典分子动力学包。 (英语) 兹比尔1198.82058

概述:MDVRY经典分子动力学软件包是用于气相和液相生物分子研究的。静电极化是在遵循Thole模型的点激发偶极子形式中实现的。在计算感应偶极子时,采用了两种方案,即求解自持方程和“Car-Parrinello”动力学方法。在后者中,通过与偶极子相关的附加自由度动力学,在动力学的每个时间步长计算感应偶极子。这种方法节省了计算机时间,并允许以极低的CPU成本研究极化的溶剂化蛋白质。该程序是用C语言编写的,并在LINUX机器上运行。给出了代码的详细手册。以气相中的蛋白质或浸没在液态水中的蛋白质为例,说明了包装的主要特点。

MSC公司:

82C80码 时间相关统计力学的数值方法(MSC2010)
92E10型 分子结构(图形理论方法、微分拓扑方法等)
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全文: 内政部

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[80] F.Bellencentre、D.Borgis、M.-P.Gaigeot正在准备中;F.Bellencentre、D.Borgis、M.-P.Gaigeot正在准备中
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