×
乔纳森·克劳森。;Daniel A.jun，Reasor先生。;塞勒斯·K·艾登。

IBM blue gene/P架构上格子Boltzmann/有限元细胞血流求解器的并行性能。 （英语） Zbl 1218.92030号

计算。物理学。公社。 181，第6号，1013-1020（2010）.
总结：我们讨论了用于悬浮流模拟的混合格子Boltzmann/有限元程序的并行实现和缩放结果。该代码可以直接对细胞血流进行数值模拟，完全解决血液的两相性质和悬浮相的变形。简要介绍了所用的数值方法，然后概述了代码结构。给出了在阿贡国家实验室IBM Blue Gene/P（BG/P）上获得的缩放结果。详细信息包括512到65536处理器内核的性能特征。

引用于14文件

MSC公司：

92立方35 生理流量
92-04 生物相关问题的软件、源代码等
76米28 粒子法和晶格气体法
92C30型 生理学（一般）

关键词：

格子-Boltzmann;悬浮液流量;高性能计算;蓝色基因/P

软件：

墨菲;赫梅尔布
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\文本{J.R.Clausen}等人，计算。物理学。Commun公司。181，第6号，1013--1020（2010；Zbl 1218.92030）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 艾登，C.K。；Lu，Y.，《悬浮在流体中的固体颗粒的格子Boltzmann模拟》，J.Stat.Phys。，81, 1, 49-61 (1995) ·兹比尔1106.82342
[2] 艾登，C.K。；卢，Y。；丁，E.-J.，使用离散玻尔兹曼方程直接分析惯性颗粒悬浮液，J.流体力学。，373, 287-311 (1998) ·Zbl 0933.76092号
[3] 艾登，C.K。；齐德伟，《流体与可变形膜相互作用分析的新方法》，J.Stat.Phys。，90, 1-2, 145-158 (1998) ·Zbl 0918.73050号
[4] 丁，E.-J。；Aidun，C.K.，《晶格的延伸——直接模拟接触附近悬浮颗粒的Boltzmann方法》，J.Stat.Phys。，112, 3/4, 685-708 (2003) ·Zbl 1035.82024号
[5] 吴杰。；Aidun，C.K.，《使用带外部边界力的格子Boltzmann方程直接模拟柔性纤维悬浮液的方法》，国际期刊Multiphas。流量，36202-309（2010）
[6] MacMeccan，R.M。；克劳森，J.R。；Neitzel，G.P。；Aidun，C.K.，《使用耦合格子Boltzmann和有限元方法模拟可变形颗粒悬浮液》，《流体力学杂志》。，618, 13-39 (2009) ·Zbl 1156.76455号
[7] （2009），IBM，Blue Gene
[8] （2009），阿贡国家实验室，计算和存储
[9] Merz，H.，CubePM和TVD MHD对蓝色基因的缩放性能，蓝色基因应用白皮书（2006），加拿大理论天体物理研究所
[10] Kalyanaraman，A。；埃姆里奇，S.J。；Schnable，P.S.，在大规模并行计算机上组装基因组，并行与分布式计算杂志，67，12，1240-1255（2007）
[11] M.Djurfeldt，C.Johansson，O.Ekeberg，M.Rehn，M.Lundqvist，A.Lansner，脑尺度新冠网络模型的大规模并行模拟，技术代表TRITA-NA-P0513 KTH，斯德哥尔摩大学计算机科学与通信学院，2005年；M.Djurfeldt，C.Johansson，O.Ekeberg，M.Rehn，M.Lundqvist，A.Lansner，脑尺度新冠网络模型的大规模并行模拟，技术代表TRITA-NA-P0513 KTH，斯德哥尔摩大学计算机科学与通信学院，2005
[12] C.P.Sosa、T.Milledge、J.McAllister、G.Z.Milledge，生命科学分子动力学在IBM系统Blue Gene解决方案上的应用：性能概述，技术代表，IBM，2006年；C.P.Sosa，T.Milledge，J.McAllister，G.Z.Milledge，生命科学分子动力学在IBM系统Blue Gene解决方案上的应用：性能概述，技术代表，IBM，2006
[13] X.Feng，K.W.Cameron，C.P.Sosa，B.Smith，在太尺度系统上构建生命树，收录于：第21届IEEE国际并行和分布式处理研讨会论文集（IPDPS 07），2007年；X.Feng，K.W.Cameron，C.P.Sosa，B.Smith，在太尺度系统上构建生命树，收录于：第21届IEEE国际并行和分布式处理研讨会论文集（IPDPS 07），2007年
[14] A.Peters、M.E.Lundberg、P.T.Lang、C.P.Sosa，在大规模并行系统上使用DOCK程序进行药物发现的高通量计算验证，技术代表红皮书4410，IBM，2008年；A.Peters、M.E.Lundberg、P.T.Lang、C.P.Sosa，在大规模并行系统上使用DOCK程序进行药物发现的高通量计算验证，技术代表红皮书4410，IBM，2008年
[15] （2008），Fluent，Fluent 6.3基准，网页：
[16] Ladd，A.J.C.，通过离散Boltzmann方程对颗粒悬浮液进行数值模拟。第1部分：。理论基础，J.流体力学。，271, 285-309 (1994) ·Zbl 0815.76085号
[17] Ladd，A.J.C.，通过离散玻尔兹曼方程对颗粒悬浮液进行数值模拟。第2部分。数值结果，J.流体力学。，271, 311-339 (1994) ·Zbl 0815.76085号
[18] 拉德，A.J.C。；Verberg，R.，《颗粒流体悬浮液的晶格-玻尔兹曼模拟》，《美国国家物理杂志》。，104, 5, 1191-1251 (2001) ·Zbl 1046.76037号
[19] 瓦哈拉，G。；基廷，B。；Soe，M。；Yepez，J。；瓦哈拉，L。；Carter，J。；Ziegler，S.，使用格子Boltzmann算法进行MHD湍流研究，Commun。计算。物理。，4, 3, 624-646 (2008) ·Zbl 1364.76190号
[20] Mazzeo，医学博士。；Coveney，P.V.，HemeLB：一种用于复杂几何中大规模流体流动的高性能并行格子Boltzmann代码，计算。物理学。社区。，178, 894-914 (2008) ·Zbl 1196.76008号
[21] 伯纳西，M。；Melchionna，S。；Succi，S。；费塔，M。；卡西拉斯，E。；Sircar，J.K.，MUPHY：用于高性能生物流体模拟的并行MUlti PHYsics/scale代码，计算。物理学。社区。，180, 9, 1495-1502 (2009)
[22] Orlandini，E。；马伦佐，D。；约曼斯，J.M.，胆固醇剪切动力学，计算机。物理学。社区。，169, 122-125 (2005)
[23] Malevanets，A。；Yeomans，J.M.，二元流体混合物流体动力学的基于粒子的算法，计算。物理学。社区。，129, 282-288 (2000) ·兹伯利0976.76068
[24] 山本，R。；Y.Nakayama。；Kim，K.，解决胶体分散体中流体动力相互作用的方法，计算。物理学。社区。，169, 301-304 (2005)
[25] 丁，E.-J。；Aidun，C.K.，小雷诺数压力驱动流中球形颗粒和红细胞的簇大小分布和缩放，Phys。修订稿。，96, 20, 204502 (2006)
[26] 陈，S。；Doolen，G.D.，流体流动的格子Boltzmann方法，年度。流体力学版次。，30, 329-364 (1998) ·兹比尔1398.76180
[27] 艾登，C.K。；Clausen，J.R.，《复杂流动的晶格-玻尔兹曼方法》，年。流体力学版次。，42, 439-472 (2010) ·Zbl 1345.76087号
[28] Zeiser，T。；海格·G。；Wellein，G.，《商品集群、大规模并行系统和多核多线程CPU世界中的向量计算机：基于高级格子Boltzmann流解算器的最新经验》（Wolfgang，D.B.K.；Nagel，E.；Resch，M.M.，《科学与工程中的高性能计算》08（2009），Springer-Verlag:Springer-Verlag Berlin，海德堡），333-347
[29] 阿克斯纳，L。；伯恩斯多夫，J。；Zeiser，T。；Lammers，P。；Linxweiler，J。；Hoekstra，A.G.，并行稀疏晶格Boltzmann解算器的性能评估，J.Compute。物理。，227, 4895-4911 (2008) ·Zbl 1137.76045号
[30] Junk先生。；Klar，A。；罗，L.-S.，晶格玻尔兹曼方程的渐近分析，J.Compute。物理。，210, 2, 676-704 (2005) ·Zbl 1079.82013年
[31] Junk先生。；Yong，W.，格子Boltzmann方程的严格Navier-Stokes极限，渐近分析。，35, 2, 165-185 (2003) ·Zbl 1043.76003号
[32] Bhatnagar，P.L。；毛重，E.P。；Krook，M.，气体碰撞过程模型。I.带电和中性单组分系统中的小振幅过程，Phys。版次：94、3、511-525（1954）·Zbl 0055.23609号
[33] Möller，T。；Trumbore，B.，《快速最小存储射线三角形交点》，《图形工具杂志》，2，1，21-28（1997）
[34] 波普尔，A.S。；Johnson，P.C.，微循环和血液流变学，年。流体力学版次。，37, 43-69 (2005) ·Zbl 1117.76078号
[35] Wootton，D.M。；Ku，D.N.，血管系统、疾病和血栓形成的流体力学，阿努。流体力学版次。，1, 1, 299-329 (1999)
[36] ANSYS用户手册（2000），ANSYS公司：ANSYS Inc.，宾夕法尼亚州坎恩斯堡
[37] Bathe，K.-J.，有限元程序（1996），普伦蒂斯·霍尔：新泽西州普伦蒂斯霍尔上鞍河
[38] Logan，D.L.，有限元法第一课程（2002年），Brooks/Cole:Brooks/Cole Pacific Grove，CA
[39] R.M.MacMeccan，红细胞对冠状动脉血栓形成中血小板沉积的机械作用，机械工程，乔治亚理工学院博士论文，佐治亚州亚特兰大，2007年；R.M.MacMeccan，红细胞对冠状动脉血栓形成中血小板沉积的机械作用，机械工程，乔治亚理工学院博士论文，佐治亚州亚特兰大，2007年
[40] Fung，Y.C.，《生物力学：循环》（1996），斯普林格·弗拉格·Zbl 0366.73091号
[41] Merrill，E.公司。；Cokelet，G。；A.布里顿。；Wells，R.，《通过“减法”推导的纤维蛋白原对人类血液的非牛顿流变学影响》，Circ。研究，13，1，48-55（1963）
[42] 克劳森，J.R。；Aidun，C.K.，晶格中的伽利略不变性——玻尔兹曼方法及其对悬浮液流变特性计算的影响，国际J·多普斯出版社。流量，35307-311（2009）
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。