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AMBER是一套计算机程序,用于应用分子力学、简正模式分析、分子动力学和自由能计算来模拟分子的结构和能量特性。 (英语) 兹伯利0886.92035

摘要:我们描述了AMBER计算机程序包的发展、当前特点和未来发展的一些方向。这个软件包已经从一个用于辅助建模和能量优化的程序发展到一组程序,其中包含了现代计算化学的许多强大工具——分子动力学和自由能计算。

MSC公司:

92E99型 化学
92-04 生物相关问题的软件、源代码等

软件:

琥珀色
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全文: 内政部

参考文献:

[1] Warshel,A。;Lifson,S.,J.化学。物理。,53, 582-594 (1968)
[2] Gelin,B.,哈佛大学博士论文(1976年)
[3] 韦纳,P.K。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学,2287-303(1981)
[4] 兰里奇,R。;费林,T.E。;I.D.昆茨。;Connolly,M.L.,《科学》,211661-666(1981)
[5] Dearing,A.,CHEM(1980-1981),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校,于
[6] 费林,T.E。;黄,C.C。;贾维斯,L.E。;Langridge,R.,MIDAS:分子交互显示与模拟(1985),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[7] Weiner,S.J。;科尔曼,P.A。;凯斯,D.A。;加利福尼亚州辛格。;吉奥,C。;阿拉戈纳,G。;普罗菲塔,S。;韦纳,P.,J.Amer。化学。Soc.,106765-784(1984年)
[8] Weiner,S.J。;科尔曼,P.A。;Nguyen,D.T。;Case,D.A.,J.计算。化学。,7, 230-252 (1986)
[9] 加利福尼亚州辛格。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,5, 129-145 (1984)
[10] 韦纳,P。;凯斯,D.A。;科尔曼,P.A.,AMBER 1.1(1981),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[11] 贝伦德森,H.J.C。;Postma,J.P.M。;范甘斯特伦,W.F。;迪诺拉,A。;哈克,J.R.,J.化学。物理。,81, 3684-3690 (1984)
[12] 加利福尼亚州辛格。;Weiner,S.J。;Kollman,P.A.(美国科学院院刊,82(1985)),第755-759页
[13] Seibel,G.L。;加利福尼亚州辛格。;Kollman,P.A.(美国科学院院刊,82(1985)),6537-6540
[14] 加利福尼亚州辛格。;韦纳,P.K。;Weiner,S.J。;科尔曼,P.A.,AMBER 2.0(1984),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[15] 约根森,W。;Ravimohan,C.,J.化学。物理。,83, 3050-3054 (1985)
[16] 巴什,P.A。;加利福尼亚州辛格。;布朗,F。;兰里奇,R。;科尔曼,P.A.,《科学》,235,574-576(1987)
[17] 巴什,P.A。;加利福尼亚州辛格。;兰里奇,R。;科尔曼,P.A.,《科学》,236564-568(1987)
[18] 加利福尼亚州辛格。;Brown,F.K。;Bash,宾夕法尼亚州。;科尔曼,P.A.,J.Amer。化学。《社会学杂志》,1091607-1614(1987)
[19] A.E.霍华德。;加利福尼亚州辛格。;比勒特,M。;科尔曼,P.A.,J.Amer。化学。Soc.,110,6984-6991(1988)
[20] 加利福尼亚州辛格。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,7, 718-730 (1986)
[21] 加利福尼亚州辛格。;韦纳,P.K。;考德威尔,J.W。;Kollman,P.A.,AMBER 3.0(1986),加州大学:加州大学旧金山分校
[22] Seibel,G.L。;加利福尼亚州辛格。;韦纳,P.K。;Caldwell,J.A。;科尔曼,P.A.,AMBER 3A(1989),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[23] Seibel,G.L.,博士论文(1991),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[24] 斯佩尔迈耶,哥伦比亚特区。;Swope,W.C。;埃文森,E.-R。;Ferguson,D.M.,SPASMS(1990-1994),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[25] Pearlman,D.A。;凯斯,D.A。;考德威尔,J.W。;Seibel,G.L。;加利福尼亚州辛格。;韦纳,P.K。;科尔曼,P.A.,AMBER 4.0(1991),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[26] Pearlman,D.A。;凯斯,D.A。;考德威尔,J.W。;罗斯·W·S。;Cheatham,T.C。;Ferguson,D.M。;Seibel,G.L。;加利福尼亚州辛格。;韦纳,P.K。;科尔曼,P.A.,AMBER 4.1(1994),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[27] Schafmeister,C.,LEaP(1992-1994),加利福尼亚大学:加利福尼亚大学旧金山分校
[28] Pearlman,D.A.,《接口:接口设计系统》(The AMBER/Interface Front End,1994)
[29] 北卡罗来纳州帕维特。;霍尔,D.,J.计算。《化学》,5441(1984)
[30] Allinger,N.L。;Yu,Yu H。;Lii,J.H.,J.Amer。化学学会,111,8551-8566(1989)
[31] 黄,M.J。;StockFish,T.P。;哈格勒,A.T.,J.Amer。化学。《社会学杂志》,1162525-2535(1994)
[32] 康奈尔,W.N.,J.Amer。化学。Soc.,117,5199(1995)
[33] 孙,Y.X。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,13, 33-40 (1992)
[34] Sun,Y.X。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理。,97, 5108-5112 (1992)
[35] 斯坦顿,R.V。;Hartsough,D.S。;Merz,K.M.和J.Phys。化学。,97, 11868-11870 (1993)
[36] Appelquist,J。;卡尔·J·R。;Fung,K.-K.,J.Amer,化学。Soc.,942952-2960(1971)
[37] 账户,化学。第1079-85号决议(1977年)
[38] 考德威尔,J.W。;Applequist,J.B.,《生物聚合物》,231891-1904(1984)
[39] Cieplak,P。;Lybrand,T.P。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理学,87,6393(1987)
[40] Engström,S。;Jonsson,B.,摩尔物理学。,68, 459 (1989)
[41] Sprik,M。;Klein,M.L.,J.化学。物理。,89, 7556-7560 (1988)
[42] 化学。物理。莱特。,167, 252 (1990)
[43] J.B.Applequist,私人通信;J.B.Applequist,私人通信
[44] Dang,L.X。;赖斯,J.E。;考德威尔,J.W。;Kollman,P.A.,J.美国化学学会。Soc.,113,2482-2486(1991)
[45] Jorgensen,W.L。;蒂拉多·里夫斯(Tirado-Rives),J.,J.Amer。化学。Soc.,110,1657(1988)
[46] Jorgensen,W.L。;Chandrasekhar,J。;Madura,J.D。;Impey,R.W。;Klein,M.L.,J.化学。物理。,79, 926-935 (1983)
[47] 布鲁克斯,B.R。;Bruccoleri,R.E。;奥拉夫森,B.D。;States,D.J。;Swaminathan,S。;Karplus,M.,J.计算。化学。,4, 187-217 (1983)
[48] 弗莱彻,R。;里夫斯,C.M.,《计算机杂志》,第7期,第149-153页(1964年)
[49] Schlick,T。;Overton,M.,J.计算。化学。,8, 1025-1039 (1987)
[50] van Gunsteren,W.F.,(van Guinsteren,W.F.;Weiner,P.K.;Wilkinson,A.J.,《生物分子系统的计算机模拟:理论和实验应用》,第2卷。(1993年),ESCOM:ESCOM莱顿),3-36
[51] Ryckaert,J.-P。;Ciccotti,G。;Berendsen,H.J.C.,J.计算。物理。,23, 327-341 (1977)
[52] 宫本茂,S。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,13, 952-962 (1992)
[53] van Schaik,R.C。;范甘斯特恩,W.F。;贝伦德森,H.J.C.,J.Comp-辅助摩尔设计,697-112(1992)
[54] (Clore,G.M.;Gronenborn,A.,蛋白质核磁共振(1993),麦克米兰:麦克米兰纽约)
[55] Wüthrich,K.,《科学》,24345-50(1989)
[56] A.M.J.J.邦文。;博伦斯,R。;Kaptein,R.(van Gunsteren,W.F.;Weiner,P.K.;Wilkinson,A.J.,《生物分子系统的计算机模拟:理论和实验应用》,第2卷(1993),ESCOM:ESCOM Leiden),407-440
[57] Gippert,G.P。;叶,P.F。;赖特,体育。;凯斯,D.A.,生物化学。《药学》,40,15-22(1990)
[58] 博尔吉亚斯,B.A。;戈钦,M。;科尔伍德·D·J。;James,T.L.,程序。核磁共振谱。,22, 83-100 (1990)
[59] 凯斯,D.A。;Wright,P.E.(Clore,G.M.;Gronenborn,A.,NMR in Proteins(1993),麦克米伦:麦克米伦纽约),53-91
[60] Brüschweiler,R。;Case,D.A.,J程序。核磁共振谱。,26, 27-58 (1994)
[61] 凯斯,D.A。;戴森·H·J。;Wright,P.E.和Meth。酶制剂。,239, 392-416 (1994)
[62] Pearlman,D.A.和J.Biomol。核磁共振,4279-299(1994)
[63] 布劳恩,W。;Go,N.,J.《分子生物学》,186,611-626(1985)
[64] 托尔达,A.E。;Scheek,R.M。;Van Gunsteren,W.F.,化学。物理。莱特。,157, 289-294 (1989)
[65] 托尔达,A.E。;Scheek,R.M。;Van Gunsteren,W.F.,J.分子生物学。,214, 223-235 (1990)
[66] 托尔达,A.E。;Brunne,R.M。;Huber,T。;凯斯勒,H。;van Gunsteren,W.E.,J.Biomol。核磁共振,355-66(1993)
[67] Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Mol.Biol。,20457-479年(1991年)
[68] Pearlman,D.A.和J.Biomol。核磁共振,4,1-16(1994)
[69] Palmer,A.G。;凯斯,D.A.,J.Amer。化学。《社会学杂志》,1149050-9067(1992)
[70] Brüschweiler,R。;Case,D.A.,Phys.博士。修订稿。,72, 940-943 (1994)
[71] 叶,P。;Case,D.A.,(Hoch,J.;Poulsen,F.M.;Redfield,C.,《利用核磁共振波谱研究生物大分子的计算方面》(1991),《阻燃:阻燃纽约》,317-330
[72] 奥萨佩,K。;凯斯,D.A.,J.Amer。化学。Soc.,1139436-9444(1991年)
[73] 奥萨佩,K。;凯斯,D.A.,J.Biomol。核磁共振,4215-230(1994)
[74] 奥萨佩,K。;Theriault,Y。;赖特,体育。;Case,D.A.,J.分子生物学。,244, 183-197 (1994)
[75] Beveridge,D.L。;Di Capua,F.M.,年度。生物物理学评论。生物物理学。,18, 431-492 (1989)
[76] 皮尔曼博士。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理。,90, 2460-2470 (1989)
[77] 斯特拉茨马,T.P。;McCammon,J.A.和J.Chem。《物理学》,95,1175-1188(1991)
[78] Pearlman,D.A.和J.Phys。化学。,98, 1487-1493 (1994)
[79] 斯特拉茨马,T.P。;贝伦德森,H.J.C。;Postma,J.P.M.,J.化学。物理。,85, 6720-6727 (1986)
[80] Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理。,917831-7839(1989年)
[81] 斯特拉茨马,T.P。;贝伦德森,T.J.C。;Stam,A.J.,摩尔物理学。,57, 89-95 (1986)
[82] Pearlman,D.A.,J.计算机。化学。,15, 105-123 (1994)
[83] Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理。,94, 4532-4545 (1991)
[84] 斯特拉茨马,T.P。;Zacharias,M。;McCammon,J.A.,化学。物理。莱特。,196297-302(1992年)
[85] Pearlman,D.A.,J.化学。物理。,98, 8946-8957 (1993)
[86] Yun-you,S。;马克·A·E。;存新,W。;福华,H。;贝伦德森,H.J.C。;van Gunsteren,W.F.,蛋白质工程,6289-295(1993)
[87] 高杰。;库泽拉,K。;潮汐,B。;Karplus,M.,《科学》,2441069-1072(1989)
[88] 宫本茂,S。;科尔曼,P.A.,《蛋白质:结构》。功能。遗传学。,16, 226-245 (1993)
[89] 马克·A·E。;van Gunsteren,W.F.,分子生物学杂志。,240, 167-176 (1994)
[90] Pearlman,D.A。;康奈利,P.R.,J.Mol.Biol。,248, 696-717 (1995)
[91] Cieplak,P。;Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Chem。物理。,101, 627-633 (1994)
[92] P.R.Gerber。;马克·A·E。;范甘斯特伦,W.F.,J.Comp。组件分子设计。,7, 305-323 (1993)
[93] Fleischman,S.H。;布鲁克斯,C.L.,化学杂志。物理。,87, 3029-3037 (1987)
[94] 于海安。;Karplus,M.,J.化学。物理。,89, 5115-7177 (1988)
[95] 托拜厄斯,D.J。;布鲁克斯,C.L.,J.化学。物理。,89, 5115-5127 (1988)
[96] Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Am.Chem。Soc.,113,7167-7177(1991)
[97] 艾伦,M.P。;Tildesley,D.J.,《液体的计算机模拟》(1987),克拉伦登出版社:牛津克拉伦登出版公司·Zbl 0703.68099号
[98] Swope,W.C。;Andersen,H.C。;贝伦斯,P.H。;Wilson,K.A.,J.化学。物理。,76, 637 (1982)
[99] 贝伦德森,H.J.C。;Postma,J.P.M。;范冈斯特伦,W.F。;迪诺拉,A。;哈克,J.R.,J.化学。物理。,81, 3684-3690 (1984)
[100] Guenot,J。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,14, 295-311 (1993)
[101] Ferguson,D.M.,J.计算机。化学。(1995),出版中
[102] Andersen,H.,J.化学。物理。,72, 2384-2393 (1980)
[103] D.M.Ferguson,蒙特卡罗体积采样等温等压分子动力学模拟,Comp。物理。Lett,出版中。;D.M.Ferguson,蒙特卡罗体积采样的等温等压分子动力学模拟,Comp。物理。Lett,新闻稿。
[104] Bennett,C.H.,J.计算。物理。,22, 245 (1976)
[105] Ferguson,D.M.,J.化学。物理。,99, 10086-10087 (1993)
[106] 美国伯克特。;Alligner,N.L.,分子力学(1982),美国化学。Soc:美国化学。Soc华盛顿特区
[107] Ferguson,D.M。;马什,A。;Metzger,T。;加勒特·D·G。;Kastella,K.,J.环球。选择。,4, 209-227 (1994)
[108] Niketic,S.R。;Rasmussen,K.,《一致的力场:文献》(1977),施普林格:施普林格纽约
[109] 凯斯,D.A.,J.Curr。操作。结构。生物学,4285-290(1994)
[110] Brüschweiler,R。;Case,D.A.,《物理学杂志》。修订稿。,72, 940-943 (1994)
[111] Cerjan,C。;Miller,W.H.,J.化学。物理。,75, 2800 (1981)
[112] 西蒙斯,J。;Jorgenson,P。;Taylor,H。;Ozment,J.,J.物理学。化学。,87, 2745 (1983)
[113] Nguyen,D.T。;凯斯,D.A.,J.Phys。化学。,89, 4020-4026 (1985)
[114] Lamm,G。;Szabo,A.,J.化学。物理学,85,7335-7348(1986)
[115] Kottalam,J。;Case,D.A.,《生物聚合物》,291409-1421(1990)
[116] Karplus,M。;Kusick,J.N.,《大分子》,14325-332(1981)
[117] 利维,R.M。;Karplus,M。;库希克,J。;Perahia,D.,《大分子》,第17期,1370-1374页(1984年)
[118] 北岛,A。;Hirata,F。;G'obar,N.,J.化学。物理。,158, 447-472 (1991)
[119] 蒂特,M.M。;凯斯,D.A.,J.Phys。化学。,94, 8091-8097 (1990)
[120] DeBolt,S.E。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,14312(1993年)
[121] DeBolt,S.E。;Pearlman,D.A。;科尔曼,P.A.,J.Compute。化学。,15, 351-373 (1994)
[122] Ciccotti,G。;费拉里奥,M。;Ryckaert,J.P.,摩尔物理学。,47, 1253 (1982)
[123] 消息传递接口论坛MPI:消息传递接口标准(1994年5月5日),田纳西大学,(来自netlib的匿名FTP,mailnetlib@ornl.gov消息正文从mpi发送索引)
[124] 文森特·J。;Merz,K.,并行AMBER的MPI实现(1994),宾夕法尼亚州立大学
[125] A.L.Beguelin、J.J.Dongarra、G.A.Geist、W.C.Jiang、R.J.Manchek、B.K.Moore和V.S.Sunderam,PVM 3.3版:田纳西州诺克斯维尔大学并行虚拟机系统;田纳西州橡树岭国家实验室;乔治亚州阿尔坦塔埃默里大学。;A.L.Beguelin、J.J.Dongarra、G.A.Geist、W.C.Jiang、R.J.Manchek、B.K.Moore和V.S.Sunderam,PVM 3.3版:田纳西州诺克斯维尔大学并行虚拟机系统;田纳西州橡树岭国家实验室;乔治亚州阿尔坦塔埃默里大学·Zbl 0849.68032号
[126] 《水晶学报》卡布施。A、 34827-828(1976)
[127] Batschelet,E.,《生物循环统计》(1981),学术出版社:纽约学术出版社·Zbl 0524.62104号
[128] 克里默,D。;Pople,J.A.,J.Amer。化学。《社会学杂志》,96,1354-1358(1975)
[129] 阿尔托纳,C。;Sundalingham,M.和J.Amer。化学。《社会学杂志》,948205-8212(1972)
[130] 约克·D·M。;Wlodawer,A。;佩德森,L.G。;Darden,T.A.,(《国家科学院学报》,91(1994)),8715-8718
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