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Ambia-Garrido，J。;阿诺德·温卢布;B.蒙哥马利·佩蒂特

表面附近ssDNA和dsDNA的结构和热力学模型：粗粒度方法。 （英语） Zbl 1216.92032号

计算。物理学。公社。 181，第12期，2001-2007（2010）.
摘要：基于表面或珠子的新方法可以非常准确地测量单个DNA分子的特性。理论上的粗粒度模型已经发展起来，以理解单链和双链DNA的行为。这些模型已被证明对于表面附近6-8个碱基对的非常短的系统是准确且相对简单的。相对而言，对于表面对长分子二级结构的影响，人们知之甚少。由外加电位和/或电介质边界引起的表面场不在当前的表面安装粗颗粒模型中。为了深入了解更长的表面安装序列，我们对离散化的蠕虫链模型进行了参数化。对于dsDNA，每个连接被视为一个长度为6个碱基对的球体，对于ssDNA，每个链接被视为1.5个碱基（需要始终偶数个球体）。在这个模型的演示中，链通过一个固定长度的非相互作用的0.536 nm连接器连接到表面。通过蒙特卡罗模拟实现了配置采样。我们的模型成功地再现了实验结果的端到端距离平均值，与聚合物理论和全原子模拟一致。对于稠密系统，我们的平均倾斜结果也与全原子模拟一致。

引用于1文件

MSC公司：

92碳40 生物化学、分子生物学
65二氧化碳 蒙特卡罗方法

关键词：

DNA结构;连续溶剂模型;泊松-玻尔兹曼
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\textit{J.Ambia-Garrido}等人，计算。物理学。Commun公司。181，第12号，2001--2007（2010；Zbl 1216.92032）
全文： 内政部 链接

参考文献：

[1] Benham，C。；Mielke，S.，DNA力学，Annu。生物识别版本。工程，7，21-53（2005）
[2] Vainrub，A。；Pettitt，B.M.，《固定在双电层中分子的结合热力学》，《化学》。物理学。莱特。，323, 160-166 (2000)
[3] Vainrub，A。；Pettitt，B.M.，《二维DNA阵列中杂交的库仑阻塞》，Phys。E版，66，041905（2002）
[4] Vainrub，A。；Pettitt，B.M.，《使用寡核苷酸微阵列进行敏感定量核酸检测》，《美国化学杂志》。Soc.，1257798-7799（2003年）
[5] Wong，K。；Pettitt，B.M.，通过全原子分子动力学模拟对DNA与表面连接的研究，Theor。化学。Acc.，106，233-235（2001）
[6] Wong，K。；Pettitt，B.M.，模拟表面上DNA的定向，生物聚合物，73，570-578（2004）
[7] 林奇，G。；Qamhieh，K.公司。；Wong，K。；Pettitt，B.M.，《DNA与表面相连的熔化机制》，IJNAM，6474-488（2009）·Zbl 1158.92017年
[8] 霍尔，C。；Jayaraman，A。；Genzer，J.，《模型DNA微阵列中探针-靶点杂交的计算机模拟研究：探针表面密度和靶浓度的影响》，J.Chem。物理。，127, 144912 (2007)
[9] Lee，O。；Schatz，G.C.，金表面DNA之间的相互作用，J.Phys。化学。C、 11315941-15947（2009）
[10] 豪尔，J。；他，Y。；姚明。；J·沙利文。；Jiang，S.，Au（111）上单链DNA和双链DNA硫代化合物的包装结构：分子模拟研究，J.Chem。物理。，127, 195101 (2007)
[11] 龚，P。；Levicky，R.，《DNA表面杂交制度》，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，105，14，5301-5306（2008）
[12] Chattopadhyay，A.K。；Marenduzzo，D.，振荡力下锚固聚合物分子的动力学，PRL，98，088101（2007）
[13] Buhot，A。；Halperin，A。；朱利娜，E.B.，DNA芯片的敏感性、特异性和杂交等温线，生物物理学。J.，86，718-730（2004）
[14] Vainrub，A。；Pettitt，B.M.，寡核苷酸微阵列中的表面静电效应：结合热力学的控制和优化，生物聚合物，68，265-270（2003）
[15] Vainrub，A。；Pettitt，B.M.，使用DNA微阵列进行基因组变异筛查的理论方面，生物聚合物，73614-620（2004）
[16] Dufva，M.，《高质量微阵列的制造》，生物分子工程，22，173-184（2005）
[17] 兰登，W.B。；厄普顿，G.J.G。；Harrison，A.P.，G点会导致affymetrix微阵列中的错误表达测量，BMC Genomics，9613（2008）
[18] 斯坦伯格，K.M。；Hagen，K。；Athri，P。；谢蒂，A.C。；帕特尔，V。；Okou，D.T。；洛克，A.E。；Zwick，M.E.，《将基于微阵列的基因组选择（mgs）与illumina基因组分析仪平台相结合以测序二倍体靶区》，《人类遗传学年鉴》，73502-513（2009）
[19] 徐，J。；Craig，S.L.，金纳米粒子上DNA杂交的热力学，JACS，12713227-13231（2005）
[20] 北卡罗来纳州哈里斯。；Kiang，C.，缺陷会增加DNA纳米粒子组件的熔化温度，J.Phys。化学。B、 110、16393-16396（2006）
[21] Finzi，L。；史密斯，S.B。；Bustamante，C.，使用磁珠对单个DNA分子弹性的直接机械测量，《科学》，2581122-126（1992）
[22] 布鲁姆菲尔德，V。；Baumann，C.G。；史密斯，S.B。；Bustamante，C.，离子对单个DNA分子弹性的影响，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，946185-6190（1997）
[23] Z.布莱恩特。；巴斯塔曼特，C。；Smith，S.B.，《十年张力：单分子DNA力学》，《自然》，421423-427（2003）
[24] Cheng，W。；Lohman，T.M。；M.C.墨菲。；拉什尼克，I。；Ha，T.，《利用荧光光谱探测单链DNA构象灵活性》，生物物理。J.，86，2530-2537（2004）
[25] 新墨西哥州杰克逊。；麦克弗森，L.D。；波特，A.B。；西班牙，E.M。；艾伦，M.J。；S.O.凯利。；巴顿，J.K。；Hill，M.G.，《利用外加电场确定黄金上的DNA螺旋方向》，Langmuir，146781-6784（1998）
[26] Swan，A.K。；Goldberg，B.B。；莫伊塞耶夫，L。；Unlu，S。；Cantor，C.R.，通过荧光自干涉测量表面上的DNA构象，PNAS，103，2623-2628（2006）
[27] Roodenko，K。；Vermeeren，V。；威廉姆斯，O.A。；Daenen，M。；O.杜埃雷特。；德海，J。；A.哈代。；Van Bael，M.K。；Hinrichs，K。；科贝特，C。；范德文，M。；Ameroot，M。；Haenen，K。；米歇尔斯，L。；埃塞尔，N。；Wenmackers，S。；波普医学博士。；Wagner，P.，共价连接到金刚石表面的DNA层的结构和光学特性，Langmuir，247269-7277（2008）
[28] 崔，Y。；史密斯，S.B。；Bustamante，C.，《超长B-DNA：单个双链和单链DNA分子的弹性反应》，《科学》，271795-799（1996）
[29] Siggia，E.D。；巴斯塔曼特，C。；Marko，J.F。；Smith，S.B.，噬菌体DNA的熵弹性，科学，2651599-1600（1994）
[30] 藤本，B.S。；Schurr，J.M.，弱弯曲杆模型的端到端距离分布，生物聚合物，54，561-571（2000）
[31] Sturm，J。；Tinland，B。；Pluen，A。；Weill，G.，单链DNA的持续长度，大分子，305763-5765（1997）
[32] Gouy，G.J.，《表面电解液电荷组成》，J.Phys。，9, 457-468 (1910) ·JFM 41.0957.01号
[33] 查普曼，D.L.，《对电毛细管理论的贡献》，菲洛斯。Mag.，25，475-481（1913）·JFM 44.0918.01号
[34] （《CRC化学和物理手册》（2011），CRC出版社：佛罗里达州博卡拉顿CRC出版社），6-187
[35] 俄亥俄州大岛。；Kondo，T.，两个带电离子可穿透球体之间的静电双层相互作用：一个精确的可解模型，J.胶体界面科学。，155, 499-505 (1993)
[36] 俄亥俄州大岛。；Kondo，T.，离子可穿透球体与硬板的静电相互作用：图像相互作用的贡献，胶体界面科学杂志。，157, 504-508 (1993)
[37] Feig，M。；Pettitt，B.M.，用不同力场表示的DNA结构平衡，生物物理学。J.，75134-149（1998年）
[38] Feig，M。；Pettitt，B.M.，《实验与力场：分子动力学模拟中的DNA构象》，J.Phys。化学。B、 1017361-7363（1997）
[39] Kulkarni，A。；McFaddin博士。；Merrick-Mac，J。；Ramachandran，R。；Beaucage，G。；Galiatsatos，V.，短链支链聚乙烯的持久长度，大分子，419802-9806（2008）
[40] Baumgärtner，A。；Binder，K.，《具有排除体积相互作用的羊毛连接聚合物链的蒙特卡罗研究》，J.Chem。物理。，71, 2541-2545 (1979)
[41] Flory，Paul J.，《链状分子的统计力学》（1969），《跨科学：跨科学》，纽约
[42] de Gennes，Pierre-Gilles，《聚合物物理中的尺度概念》（1979），康奈尔大学出版社：康奈尔学院出版社伊萨卡
[43] Pang，D.W。；张，Z.L。；张瑞英，EC-STM对金的定向，生物共轭化学。，13, 104-109 (2002)
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