David A.Bonhommeau。;玛丽·皮埃尔 \(MCMC^{2}\):多电荷团簇的蒙特卡罗代码。 (英语) Zbl 1307.78002号 计算。物理。Commun公司。 184,第3期,873-884(2013). 摘要:我们用简化单元实现了一个蒙特卡罗程序,提供了多电荷Lennard-Jones液滴(a_N^{N+})的结构和热力学性质,该液滴由单个粒子组成,其中(N)是带电粒子,每个粒子携带电荷(q_i)((q_i\)可以是正的也可以是负的)。该簇具有总净电荷\(Q=\sum_{i=1}^nq_i\,(Q>0\text{或}Q<0)\)。粒子之间的相互作用由成对的Lennard-Jones势和静电项(包括极化)之和建模。簇统计特性可以从(i)在不同温度下运行其副本的并行蒙特卡罗模拟,从具有相同数量带电粒子nn和相同单个电荷的配置中获得(q_i)(并行回火蒙特卡罗),或(ii)并行蒙特卡罗模拟,其副本在相同温度下运行,但配置不同(q_i)或(n)(并行充电蒙特卡罗)。该规范提供了统计数据(蒸发率、接受/拒绝率等)、能量数据(平均能量、热容等)和结构数据(径向和角度分布),用于综合分析。提供了完整的代码手册。 引用于1审查引用于1文件 MSC公司: 78-04 光学和电磁理论相关问题的软件、源代码等 78M31型 蒙特卡罗方法在光学和电磁理论问题中的应用 78A35型 带电粒子的运动 65二氧化碳 蒙特卡罗方法 76T10型 液气两相流,气泡流 80A20型 传热传质、热流(MSC2010) 关键词:蒙特卡罗模拟;粗粒度模型;带电簇;带电液滴;喷雾电离质谱;并行回火;并联充电 软件:MDVRY公司;MCMC2型 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{D.A.Bonhommeau}和\textit{M.-P.Gaigeot},计算。物理。Commun公司。184,第3号,873--884(2013;Zbl 1307.78002) 全文: 内政部 参考文献: [1] Haberland,H.(原子和分子簇I和II。原子和分子团I和II,化学物理中的Springer系列(1994)) [2] Wales,D.J.,《能源景观:集群、生物分子和玻璃的应用》(2003),剑桥大学出版社:英国剑桥大学出版社 [3] 尤瑟夫,E。;Calvo,F.,带点缺陷的二维库仑团簇的结构和热力学研究,物理学。Scr.、。,76,C111(2007) [4] 尤瑟夫,E。;Calvo,F.,势能范围对双离子库仑团簇结构和动力学的影响,摩尔物理学。,106, 289 (2007) [5] 卡尔沃,F。;Yurtsever,E.,《非单调尺寸对三维谐振阱中库仑团簇结构和热力学的影响》,《欧洲物理学》。J.D,44,81(2007) [6] 阿波利纳里奥,南西南沙。;Partoens,B。;Peeters,F.M.,小三维球形库仑团簇的结构和动力学方面,新物理学杂志。,9, 283 (2007) [7] 阿波利纳里奥,南西南沙。;Peeters,F.M.,《各向同性受限三维小库仑团簇中的熔化跃迁》,Phys。E版,76031107(2007) [8] Wigner,E.,《金属中电子的相互作用》,《物理学》。修订版,461002(1934)·JFM 60.0785.02标准 [9] Wigner,E.,电子相互作用对金属中电子能级的影响,Trans。法拉第社,34,678(1938) [10] 最后,I。;利维,Y。;Jortner,J.,《大型多电荷团簇的碎片通道》,J.Chem。物理。,123, 154301 (2005) [11] 利维,Y。;最后,I。;Jortner,J.,《多电荷大型有限系统的裂变和库仑爆炸动力学》,摩尔物理学。,104, 1227-1237 (2006) [12] Jortner,J。;最后,I。;Levy,Y.,多电荷蛋白质的库仑不稳定性,国际质谱杂志。,249-250184-190(2006年) [13] Fenn,J.B.,分子大象的电喷雾翅膀(诺贝尔讲座),Angew。化学。国际编辑,42,3871-3894(2003) [14] 阿哈迪,E。;Konermann,L.,《电喷雾纳米水滴的表面电荷:分子动力学研究》,《美国化学杂志》。Soc.,13211270-11277(2010年) [15] Consta,S.,含有多电荷大离子的液滴中瑞利不稳定性的表现,J.Phys。化学。B、 114、5263-5268(2010年) [16] Znamenskiy,V。;马吉尼安,I。;Vertes,A.,带电水滴的溶剂化离子蒸发,J.Phys。化学。A、 1077406-7412(2003) [17] Marklund,E.G。;拉尔森,D.S.D。;van der Spoel,D。;帕特里克森。;Caleman,C.,《电喷雾蛋白质的结构稳定性:温度和水合作用》,Phys。化学。化学。物理。,11, 8069-8078 (2009) [18] 斯坦伯格,M.Z。;Elber,R。;麦克拉弗蒂,F.W。;Gerber,R.B。;Breuker,K.,溶剂去除后天然细胞色素的早期结构演化,化学生物化学,92417-2423(2008) [19] 何,X。;西诺达。;DeVane,R。;Klein,M.L.,《探索粗颗粒水模型在界面系统计算研究中的应用》,摩尔物理学。,108, 2007-2020 (2010) [20] 蒙蒂塞利,L。;Kandasamy,S.K。;Periole,X。;拉森·R·G。;Tieleman,D.P。;Marrink,S.J.,《马提尼粗粒力场:蛋白质的延伸》,J.Chem。理论计算。,4, 819-834 (2008) [21] 艾瓦隆,A.T。;Jurchen,J.C。;Williams,E.R.,溶剂对电喷雾电离产生的蛋白质离子的最大电荷态和电荷态分布的影响,美国社会科学杂志。,11, 976-985 (2000) [22] 周,M。;Robinson,C.V.,当蛋白质组学与结构生物学相遇时,趋势生物化学。科学。,3522-529(2010年) [23] 科恩,N。;Frenkel,D.,《具有短期强方向吸引力的胶体系统中的流体-流体共存》,J.Chem。物理。,118, 9882 (2003) [24] 诺亚,E.G。;织女星,C。;Doye,J.P.K。;Louis,A.A.,具有八面体对称性的模型各向异性粒子的相图,J.Chem。物理。,127, 054501 (2007) [25] 怀特兰,S。;罗杰斯,C。;Pasqua,A。;Paavola,C。;特伦特,J。;Geissler,P.L.,《构象波动对自组装的影响:蛋白质中古伴侣的协同聚集》,《纳米通讯》。,9, 292-297 (2009) [26] 米勒,文学硕士。;Bonhommeau,D.A。;Heard,C.J。;Shin,Y。;斯佩齐亚,R。;Gaigeot,M.-P.,带电簇的结构和稳定性,J.Phys。康登斯。Matter,24,284130(2012) [27] Bonhommeau,D.A。;斯佩齐亚,R。;Gaigeot,M.-P.,《多电荷团簇中的电荷定位及其电特性:对电喷雾液滴的一些见解》,J.Chem。物理。,136, 184503 (2012) [29] Thole,B.T.,用修正偶极相互作用计算的分子极化率,化学。物理。,59, 341 (1981) [30] Souaille,M。;Loirat,H。;博吉斯,D。;Gaigeot,M.-P.,Mdvry:生物分子的极化经典分子动力学包,计算。物理。社区。,180, 276-301 (2009) ·Zbl 1198.82058号 [31] van Duijnen,P.T。;Swart,M.,《分子和原子极化率:重温Thole的模型》,J.Phys。化学。A、 1022399-2407(1998) [33] Frenkel,D。;Smit,B.,《理解分子模拟——从算法到应用》(第二版)(2002),学术出版社:学术出版社,英国伦敦西奥博尔德路84号,WC1X 8RR [34] Lyubartsev,A.P。;Martsinovski,A.A。;谢夫库诺夫,S.V。;沃龙佐夫·维尔·阿米诺夫,P.N.,《自由能蒙特卡罗计算的新方法:扩展系综方法》,J.Chem。物理。,96, 1776-1783 (1992) [35] E.马里纳里。;Parisi,G.,《模拟回火:一种新的蒙特卡罗方案》,Europhys。莱特。,19, 451-458 (1992) [36] Geyer,C.J。;Thomson,E.A.,退火马尔可夫链蒙特卡罗及其在祖先推理中的应用,J.Am.Stat.Soc.,909-920(1995)·Zbl 0850.62834号 [37] 内罗蒂,J.P。;卡尔沃,F。;Freeman,D.L。;Doll,J.D.,《38原子Lennard-Jones团簇中的相位变化,i.正则系综中的平行回火研究》,J.Chem。物理。,112, 10340 (2000) [38] 北拉托尔。;乔普拉,M。;de Pablo,J.J.,《平行回火模拟中副本的优化分配》,J.Chem。物理。,122, 024111 (2005) [39] 比特纳,E。;努·鲍默,A。;Janke,W.,《让生活变得简单:释放并行回火算法的全部力量》,Phys。修订稿。,101, 130603 (2008) [40] Bunker,A。;Dünweg,B.,《聚合物熔体的平行排除体积回火》,Phys。E版,63,010902(2001) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。