贾恩·布萨;乔泽夫·季鲁里亚;埃迪克·海利安;Shura Hayryan;胡金坤;贾恩·普拉夫卡;伊姆里希·波科恩;雅罗斯拉夫·斯科伊瓦内克;吴明霞 ARVO:一个Fortran包,用于通过解析方程计算溶剂可及表面积和重叠球体的排除体积。 (英语) Zbl 1196.92001号 计算。物理学。Commun公司。 165,第1期,59-96(2005). 小结:在计算蛋白质的溶剂化能、水合作用、药物结合、分子对接等方面,高效准确的算法对于计算溶剂可及表面积和大分子的排除体积至关重要。我们提出了一个基于新的精确分析方法的Fortran软件包,用于计算重叠球体的体积和表面积。在这个过程中,表面积和体积表示为封闭区域上的第二类曲面积分。利用赤平投影,将曲面积分转化为二重积分之和,再将二重积分转化为曲线积分。还介绍了MPI Fortran版本。该软件包还可用于计算连续渗流模型的渗流概率。 引用于4文件 MSC公司: 2004年2月 生物相关问题的软件、源代码等 92C05型 生物物理学 92C40型 生物化学、分子生物学 60K35型 相互作用的随机过程;统计力学类型模型;渗流理论 92-08 生物学相关问题的计算方法 关键词:蛋白质;解析方程;赤平投影;渗流概率 软件:ARVO公司;SMMP公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.Buša}等人,计算。物理学。Commun公司。165,第1号,59--96(2005;Zbl 1196.92001) 全文: 内政部 参考文献: [1] 艾森伯格,D。;McLachlan,A.D.,《自然》,316,199(1986) [2] Lee,B。;Richards,F.M.,J.分子生物学。,55, 379-400 (1971) [3] 乔提亚,C.,《自然》,248338-339(1974) [4] Richmond,T.J.,J.分子生物学。,178, 63-89 (1984) [5] T.L.Hill,摘自:《统计力学》,McGraw-Hill,纽约,第122-285页;T.L.Hill,载:《统计力学》,McGraw-Hill,纽约,第122-285页·Zbl 0072.20902号 [6] Shrake,A。;Rupley,J.A.,J.分子生物学。,79, 351 (1973) [7] T·J·里士满。;Richards,F.M.,J.分子生物学。,129, 527 (1978) [8] 西拉,E。;托努姆,I。;Pascual-Ahuir,J.L.,J.Comp.公司。化学。,12, 1077 (1991) [9] 斯蒂尔,W.C。;Tempczyk,A。;Hawley,R.C。;亨德里克森,T.,J.Am.Chem。Soc.,1126127(1990) [10] 艾森哈伯,F。;Lignzaad博士。;阿戈斯,P。;桑德,C。;Scharf,M.,J.公司。化学。,16273(1995年) [11] Masuya,M。;Doi,J.和J.Molec。图形,13,331(1995) [12] 罗林森·J·S·摩尔。物理。,6, 517-524 (1963) ·Zbl 0122.46301号 [13] 巴瓦尼,R。;Ranghino,G.,《计算》。和化学。,6, 133-135 (1982) [14] Gavezzotti,A.,J.美国化学。Soc.,105,5220-5225(1983) [15] Kang,Y.K。;Nemethy,G。;Scheraga,H.A.和J.Phys。化学。,91, 4105-4109 (1987) [16] Gibson,K.D。;Scheraga,H.A.,莫莱克。物理。,62, 1247-1265 (1987) [17] Gibson,K.D。;Scheraga,H.A.和J.Phys。化学。,91, 4121-4122 (1987) [18] Gibson,K.D。;Scheraga,H.A.,摩尔。物理。,64, 641-644 (1988) [19] 格雷罗·鲁伊斯,G。;奥卡迪兹·拉米雷斯,A。;Garduno-Juarez,R.,《计算》。和化学。,15, 351-352 (1991) [20] Petitjean,M.,J.公司。化学。,15, 507-523 (1994) [21] Fraczkiewicz,R。;Braun,W.,J.公司。化学。,19, 319 (1998) [22] 格里尔,J。;Bush,B.,程序。国家。阿卡德。科学。美国,75303-307(1978) [23] Connolly,M.L.,《分子表面:综述》,网址: [24] 康诺利,M.L.,J.Appl。克里斯特。,16, 548-558 (1976) [25] 康诺利,M.L.,J.Am.Chem。Soc.,107,1118-1124(1985) [26] 西拉,E。;Tuon,I。;Pascual-Ahuir,J.L.,J.Comp.公司。化学。,12, 1077-1088 (1991) [27] 西拉,E。;维拉尔,F。;O.尼尔森。;Pascual-Ahuir,J.L。;Tapia,O.,J.Mol.Graphics,8168-172(1990) [29] do Carmo,M.P.,《曲线和曲面的微分几何》(1976),新泽西州普伦蒂斯·霍尔:普伦蒂斯霍尔恩格尔伍德悬崖·Zbl 0326.53001号 [30] Sh.Hayryan。;Hu,C.-K。;斯科·伊万内克,J。;Hayryan,E。;Pokorní,I.和J.Comp。化学。,出版中 [31] E.A.Ayrjan,J.BušA,J.Díurina,Sh.Hayryan,J.Plavka,联合核研究所通讯,杜布纳,E11-2002-2922002;E.A.Ayrjan,J.BušA,J.Díurina,Sh.Hayryan,J.Plavka,联合核研究所通讯,杜布纳,E11-2002-2922002 [32] 冯·弗雷伯格,B。;Braun,W.,J.公司。化学。,14, 510 (1993) [34] Prudnikov,A.P。;于·布里奇科夫。答:。;Marichev,O.I.,《综合与系列》(由N.M.Queen从俄语翻译而来)(1992年),戈登与布雷奇科学出版社:戈登与布莱奇科学出版社,纽约,伦敦·Zbl 0786.44003号 [35] 我们使用镜像站点 [36] Eisenmenger,F。;Hansmann,联合王国。;Sh.Hayryan。;Hu,C.-K,计算机。物理学。社区。,138, 192-212 (2001) ·Zbl 0980.92011号 [37] 统计与计算物理实验室的网站是 [38] Sh.Hayryan。;Hu,C.-K。;胡秀英。;Shang,R.-J.,J.计算。化学。,138, 1287-1296 (2001) [39] Lin,C.-Y。;胡春凯。;Hansmann,U.H.E.,蛋白质-结构-功能和遗传学,52,436-445(2003) [40] 胡春凯。;Lin,C.-Y。;Chen,J.-A.,物理。修订稿。,75、193-196(1995)和2786(E) [41] 胡春凯。;Lin,C.-Y。;Chen,J.-A.,《物理A》,第221页,第80页(1995年) [42] 胡春凯。;Lin,C.-Y.,物理学。修订稿。,77, 8 (1996) [43] 胡春凯。;Wang,F.-G.,J.韩国物理学。Soc.,31,S271(1997) [44] Hsu,H.P。;林,S.C。;Hu,C.-K,物理。版本E,64,016127(2001) [45] Watanabe,H。;Yukawa,S。;伊藤,N。;胡春凯。;Lin,C.-Y。;马,W.J.,J.Phys。日本社会,701537(2001) [46] Hu,C.-K.,物理。B版,46,6592(1992) [47] Hu,C.-K.,物理。修订稿。,69, 2739 (1992) [48] Lin,C.-Y。;Hu,C.-K.,物理。E版,581521(1998) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。