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MSTor:一个计算复杂分子的配分函数、自由能、焓、熵和热容的程序,包括扭转非谐性。 (英语) Zbl 1305.82008年

摘要:我们提供了一个Fortran程序包,MSTor公司,它通过最近提出的MS-T方法计算涉及多重扭转运动的复杂分子的配分函数和热力学函数。该方法在低温极限的局部谐波近似和高温下所有扭转的自由内旋极限之间进行插值。该程序还可以在多结构局部谐波近似下进行计算。该程序包还包括六个实用程序代码,可作为独立程序使用,通过Kilpatrick和Pitzer方法计算简化惯性矩矩阵,生成构象结构,通过分析或蒙特卡罗采样进行计算,通过构象子空间的Voronoi镶嵌定义的扭转子域的体积,以生成模板输入文件,并使用扭转特征值求和方法计算一维扭转配分函数。

MSC公司:

82-04 统计力学相关问题的软件、源代码等
82-08 计算方法(统计力学)(MSC2010)
82磅80 平衡统计力学中的数值方法(MSC2010)
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
05B45号 镶嵌和平铺问题的组合方面
80A30型 热力学和传热中的化学动力学
82B30型 统计热力学
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Herschbach,D.R.,J.化学。物理。,1991年3月31日(1959年)
[2] Truhlar,D.G.,J.计算。化学。,12, 266 (1991)
[3] Gang,J。;Pilling,M.J。;Robertson,S.H.,J.化学。法国法拉第公司。,92, 3509 (1996)
[4] 东部,A.L.L。;Radom,L.,J.化学。物理。,106, 6655 (1997)
[5] McClurg,R.B。;R.C.弗拉根。;戈达德,W.A.,J.Chem。物理。,111、7165(1999),(勘误表)
[6] Witschel,W。;Hartwigsen,C.,化学。物理学。莱特。,273, 304 (1997)
[7] 阿亚拉,P.Y。;Schlegel,H.B.,J.化学。物理。,108, 2314 (1998)
[8] Chuang,Y.-Y。;Truhlar,D.G.,J.化学。物理。,124179903(2006),(勘误表)
[9] Ellingson,学士。;Lynch,V.A。;Mielke,S.L。;Truhlar,D.G.,J.化学。物理。,125, 084305 (2006)
[10] Bitencourt,A.C.P。;拉格尼,M。;马谢尔,G.S。;阿奎兰蒂,V。;Prudentie,F.V.,化学杂志。物理。,129, 154316 (2008)
[11] 夏尔马,S。;Raman,S。;Green,W.H.和J.Phys。化学。A、 1145689(2010)
[12] 格鲁兹曼,D。;A.卡顿。;马丁,J.M.L.,J.Phys。化学。A、 11311974(2009年)
[13] Lay,T.H。;Krasnoperov,L.N。;维南齐,C.A。;Bozzelli,J.W。;Shokhirev,N.V.,J.Phys。化学。,100, 8240 (1996)
[14] 山田,T。;Lay,T.H。;Bozzelli,J.W.,J.Phys。化学。A、 1027286(1998)
[15] 山田,T。;Bozzelli,J.W。;Berry,R.J.和J.Phys。化学。A、 1035602(1999)
[16] Pitzer,K.S。;Gwinn,W.D.,J.化学。物理。,10428年(1942年)
[17] Wong,B.M。;Green、W.H.、Mol.Phys.、。,103, 1027 (2005)
[18] 米勒,T.F。;Clary,D.C.,J.化学。物理。,116, 8262 (2002)
[19] Van Speybroeck,V。;颈部,D.V。;Waroquier,M.和J.Phys。化学。A、 1068945(2002)
[20] Vansteenkiste,P。;Van Neck,D。;Van Speybroeck,V。;Waroquier,M.,J.化学。物理。,124, 044314 (2006)
[21] McQuarrie,D.A.,《统计力学》(1973),Harper&Row出版社:纽约Harper&Row出版社
[22] 郑,J。;Yu,T。;Papajak,E。;Alecu,I.M。;Mielke,S.L。;特鲁拉·D·G·物理学。化学。化学。物理。,13, 10885 (2011)
[23] Yu,T。;郑,J。;Truhlar,D.G.,化学。科学。,2, 2199 (2011)
[24] 阿莱库,I.M。;郑,J。;Zhao,Y。;Truhlar,D.G.,J.化学。理论计算。,6, 2872 (2010)
[25] Pitzer,K.S.,J.化学。物理。,14, 239 (1946)
[26] Kilpatrick,J.E。;Pitzer,K.S.,J.化学。物理。,17, 1064 (1949)
[27] 威尔逊,E.B。;德西乌斯,J.C。;克罗斯,P.C.,《分子振动》(1955),麦格劳-希尔:麦格劳–希尔纽约
[28] McIntosh,D.F。;Michaelian,K.H.,加拿大。光谱学杂志。,24, 1 (1979)
[29] 麦金托什,D.F。;Michaelian,K.H.,加拿大。光谱学杂志。,24, 35 (1979)
[30] McIntosh,D.F。;Michaelian,K.H.,加拿大。光谱学杂志。,24, 65 (1979)
[31] Wong,B.M。;Thom,R.L。;菲尔德,R.W.,J.Phys。化学。A、 110、7406(2006)
[32] 东部,A.L.L。;Radom,L.,J.化学。物理。,106, 6655 (1997)
[33] 亚当斯,J.E。;Strat,R.M.,J.化学。物理。,93, 1332 (1990)
[34] 安德森,E。;Bai,Z。;比肖夫,C。;南卡罗来纳州布莱克福德。;德梅尔,J。;Dongarra,J。;杜克罗兹,J。;格林鲍姆,A。;Hammarling,S。;麦肯尼,A。;Sorensen,D.,《LAPACK用户指南》(1999年),工业和应用数学学会:宾夕法尼亚州费城工业与应用数学学会·Zbl 0934.65030号
[35] 马斯卡尼,M。;Srinivasan,A.,ACM翻译。数学。软质。,436 (2000)
[36] M.J.Frisch、G.W.Trucks、H.B.Schlegel、G.E.Scuseria、M.A.Robb、J.R.Cheeseman、V.G.Zakrzewski、J.A.Montgomery、R.E.Stratmann、J.C.Burant、S.Dapprich、J.M.Millam、A.D.Daniels、K.N.Kudin、M.C.Strain、O.Farkas、J.Tomasi、V.Barone、M.Cossi、R.Cammi、B.Mennucci、C.Pomelli、C.Adamo、S.Clifford、J.Ochterski、G.A.Peterson、P.Y。Ayala,Q.Cui,K.Morokuma,D.K.Malick,A.D.Rabuck,K.Raghavachari,J.B.Foresman,J.Cioslowski,J.V.Ortiz,A.G.Baboul,B.B.Stefanov,G.Liu,A.Liashenko,P.Piskorz,I.Komaromi,R.Gomperts,R.L.Martin,D.J.Fox,T.Keith,M.A.Al-Laham,C.Y.Peng,A.Nanayakkara,M.Challacombe,P.M.W.Gill,B.G.Johnson,W.Chen,M.W.Wong,J.L。Andres,C.Gonzalez,M.Head Gordon,E.S.Replogle,J.A.Pople,高斯03,高斯公司,宾夕法尼亚州匹兹堡,2003年。;M.J.Frisch、G.W.Trucks、H.B.Schlegel、G.E.Scuseria、M.A.Robb、J.R.Cheeseman、V.G.Zakrzewski、J.A.Montgomery、R.E.Stratmann、J.C.Burant、S.Dapprich、J.M.Millam、A.D.Daniels、K.N.Kudin、M.C.Strain、O.Farkas、J.Tomasi、V.Barone、M.Cossi、R.Cammi、B.Mennucci、C.Pomelli、C.Adamo、S.Clifford、J.Ochterski、G.A.Peterson、P.Y。Ayala,Q.Cui,K.Morokuma,D.K.Malick,A.D.Rabuck,K.Raghavachari,J.B.Foresman,J.Cioslowski,J.V.Ortiz,A.G.Baboul,B.B.Stefanov,G.Liu,A.Liashenko,P.Piskorz,I.Komaromi,R.Gomperts,R.L.Martin,D.J.Fox,T.Keith,M.A.Al-Laham,C.Y.Peng,A.Nanayakkara,M.Challacombe,P.M.W.Gill,B.G.Johnson,W.Chen,M.W.Wong,J.L。Andres,C.Gonzalez,M.Head-Gordon,E.S.Replogle,J.A.Pople,Gaussian 03,Gausssian,Inc.,宾夕法尼亚州匹兹堡,2003年。
[37] M.J.Frisch、G.W.Trucks、H.B.Schlegel、G.E.Scuseria、M.A.Robb、J.R.Cheeseman、G.Scalmani、V.Barone、B.Mennucci、G.A.Peterson、H.Nakatsuji、M.Caricato、X.Li、H.P.Hratchian、A.F.Izmaylov、J.Bloino、G.Zheng、J.L.Sonnenberg、M.Hada、M.Ehara、K.Toyota、R.Fukuda、J.Hasegawa、M.Ishida、T.Nakajima、Y.Honda、O.Kitao、H.Nakai、T。Vreven,J.A.Montgomery Jr.,J.E.Peralta,F.Ogliaro,M.Bearpark,J.J.Heyd,E.Brothers,K.N.Kudin,V.N.Staroverov,R.Kobayashi,J.Norman,K.Raghavachari,A.Rendell,J.C.Burant,S.S.Iyengar,J.Tomasi,M.Cossi,N.Rega,N.J.Millam,M.Klene,J.E.Knox,J.B.Cross,V.Bakken,C.Adamo,J.Jaramillo,R.E.Gomperts,O.Stratmann,A.J。Yazyev、R.Austin、C.Cammi、J.W.Pomelli、R.Ochterski、R.L.Martin、K.Morokuma、V.G.Zakrzewski、G.A.Voth、P.Salvador、J.J.Dannenberg、S.Dapprich、A.D.Daniels、O.Farkas、J.B.Foresman、J.V.Ortiz、J.Cioslowski、D.J.Fox、Gaussian 09、Gausssian,Inc.、Wallingford,CT,2009年。;M.J.Frisch、G.W.Trucks、H.B.Schlegel、G.E.Scuseria、M.A.Robb、J.R.Cheeseman、G.Scalmani、V.Barone、B.Mennucci、G.A.Peterson、H.Nakatsuji、M.Caricato、X.Li、H.P.Hratchian、A.F.Izmaylov、J.Bloino、G.Zheng、J.L.Sonnenberg、M.Hada、M.Ehara、K.Toyota、R.Fukuda、J.Hasegawa、M.Ishida、T.Nakajima、Y.Honda、O.Kitao、H.Nakai、T。Vreven,J.A.Montgomery Jr.,J.E.Peralta,F.Ogliaro,M.Bearpark,J.J.Heyd,E.Brothers,K.N.Kudin,V.N.Staroverov,R.Kobayashi,J.Norman,K.Raghavachari,A.Rendell,J.C.Burant,S.S.Iyengar,J.Tomasi,M.Cossi,N.Rega,N.J.Millam,M.Klene,J.E.Knox,J.B.Cross,V.Bakken,C.Adamo,J.Jaramillo,R.E.Gomperts,O.Stratmann,A.J。Yazyev、R.Austin、C.Cammi、J.W.Pomelli、R.Ochterski、R.L.Martin、K.Morokuma、V.G.Zakrzewski、G.A.Voth、P.Salvador、J.J.Dannenberg、S.Dapprich、A.D.Daniels、O.Farkas、J.B.Foresman、J.V.Ortiz、J.Cioslowski、D.J.Fox、Gaussian 09、Gaussaus,Inc.、Wallingford,CT,2009年。
[38] 克拉克森,K.L。;梅尔霍恩,K。;塞德尔·R·莱克特。注释计算。科学。,577, 463 (1992)
[39] K.L.Clarkson,凸壳程序,2011年。;K.L.Clarkson,凸壳程序,2011年。
[40] 郑,J。;Yu,T。;特鲁拉·D·G·物理学。化学。化学。物理。,19318年13月(2011年)
[41] Yu,T。;郑,J。;特鲁拉·D·G·物理学。化学。化学。物理。,14, 482 (2011)
[42] Alecu,I.M。;特鲁勒,D.G.,J.Phys。化学。A、 11514599(2011)
[43] Yu,T。;郑,J。;特鲁勒,D.G.,J.Phys。化学。A、 116297(2012)
[44] 密封,P。;Papajak,E。;Yu,T。;Truhlar,D.G.,J.化学。物理。,136, 034306 (2012)
[45] 密封,P。;Papajak,E。;特鲁勒·D·G·J·物理学。化学。莱特。,36264(2012年)
[46] Xu,X。;Papajak,E。;郑,J。;特鲁拉·D·G·物理学。化学。化学。物理。,14, 4204 (2012)
[47] 郑,J。;Truhlar,D.G.,法拉第讨论,157(2012)
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