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彼得·伯曼;Jeong、Jieun

蛋白质中一致的二级结构集。 （英语） Zbl 1160.92019年

算法 53，第1期，16-34页（2009年）.
摘要：蛋白质二级结构的从头计算预测必须结合基于蛋白质序列短片段的局部预测和一致性限制，因为并非所有局部似是而非的预测都可能同时成立。我们使用这样一个事实，即二级结构是氢键的模式，并且单个残基最多可以参与一个二级结构的氢键。固定大小的二级结构块的一致性是最容易近似的，我们将其形式化为1-2个匹配问题。整个二级结构的一致性是集合打包的一个版本。我们还研究了如何形成一个简单的问题，如果我们添加了一个要求，即二级结构和连接二级结构的回路在度量空间中配合在一起。我们研究的每个问题都是MAX-SNP困难的，并且具有常数因子近似。计算经验表明，在生物实例中，我们可以使用启发式找到接近最优的解决方案。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
05摄氏90度 图论的应用
90 C90 数学规划的应用
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\textit{P.Berman}和\textit{J.Jeong}，《算法》53，第1期，16-34（2009；Zbl 1160.92019）
全文： 内政部

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