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史蒂文·凯尔克;鲁本·穆韦斯;斯蒂芬·瓦格纳

凸字符、算法和匹配。 （英语） Zbl 07793144号

SIAM J.离散数学。 38，编号1，380-411（2024）.
概述：系统发生树用于模拟进化：树叶被标记为代表当代物种（“分类群”），内部顶点代表已灭绝的祖先。非正式地，凸特征是对当代物种的度量，其中共享给定状态的物种子集（当代物种和灭绝物种）形成一个连通子树。海苔和Stamoulis[高级申请。数学。，84（2017），第34-46页]展示了如何有效地计算、列出和采样凸字符的某些受限子家族，并给出了算法应用。我们从多个方向继续开展这项工作。首先，我们展示了如何将凸字符枚举与现有的参数化算法相结合来加速指数时间算法最大协议林问题在系统发育学中。其次，我们重新讨论了数量（g_2（T）），定义为每种状态出现在至少2个分类群上的凸字符数。我们用它给出了一个运行时间为（O（φn）的算法，其中φ约1.6181是黄金比率，（n）是用于计算两个状态字符的最大简约距离。通过进一步限制由\（g_2（T）\）计数的字符，我们为有关匹配枚举的文献打开了一座有趣的桥梁。通过跨越这座桥，我们将上述简约距离算法的运行时间提高到\（O（1.5895^n\cdot\mathrm{poly}（n））\），并获得了许多与最多二叉树上的匹配枚举相关的新结果。

MSC公司：

68卢比 计算机科学中的组合数学
92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学
68瓦40 算法分析
05C70号 具有特殊属性的边子集（因子分解、匹配、分区、覆盖和打包等）
05C30号 图论中的枚举

关键词：

系统发育学;匹配;枚举;组合学;指数时间算法;协议林
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Kelk}等人，SIAM J.离散数学。38，编号1，380--411（2024；Zbl 07793144）
全文： 内政部 arXiv公司

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