×
科迪·E·菲茨杰拉德。；詹姆斯·基纳（James P.Keener）。

系统研究II型毒素-抗毒素系统中的开关样行为。 （英语） 兹比尔1466.92061

数学杂志。生物。 82，第7期，第60号论文，第29页（2021年）.
摘要：双稳态开关样行为是具有决策能力的基因调控网络的普遍特征。假设II型毒素-抗毒素（TA）系统有助于毒素浓度的双稳态切换，从而影响持久细胞的休眠转变。然而，最近的一系列撤回提出了关于毒素在持久细胞中繁殖的确切机制以及II型TA系统与细胞休眠之间的关系的基本问题。通过仔细的建模研究，我们通过系统地修改RelBE系统的基本模型和其他常见的生物机制，确定了sp:双稳态如何出现在II型TA系统中。我们的系统研究揭示了影响II型TA系统双稳态的新机制组合，并探索了毒素双稳态是如何通过成对II型TA体系之间的协同作用而产生的。我们的分析还说明了笛卡尔的符号规则及其结果如何在数学系统中用作双稳态的有力描绘器，而不管其应用如何。

引用于1文件

MSC公司：

第92页第42页 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学
34C60个 常微分方程模型的定性研究与仿真

关键词：

毒素-抗毒素系统；II型毒素-抗毒素系统；双稳态；开关；数学建模；合成的；结果分析；协同作用；相声
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.E.FitzGerald}和\textit{J.P.Keener}，J.Math。生物学82，第7期，第60号论文，29页（2021；Zbl 1466.92061）
全文： 内政部

参考文献：

[1] Afif，H。；阿拉利，N。；服装设计师，M。；Van Melderen，L.，CcdA和CcdB之间的比率调节ccd解毒系统的转录抑制，Mol Microbiol，41，173-82（2001）·文件编号：10.1046/j.1365-2958.2001.02492.x
[2] Bukowski，M。；Rojowska，A。；Wladyka，B.，《原核生物毒素-抗毒素系统在细菌生理学中的作用及其在分子生物学中的应用》，生物学报，58，1，1-9（2011）·doi:10.18388/abp.2011_2278
[3] Cataudella，I。；Sneppen，K。；Gerdes，K。；Mitarai，N.，毒素-抗毒素调节的条件协同性可以调节生长和休眠之间的双稳态，《公共科学图书馆·计算生物学》，9，8，e1003174（2013）·doi:10.1371/journal.pcbi.1003174
[4] RA法萨尼；Savageau，MA，非相关毒素-抗毒素系统合作诱导持久性，J R Soc Interface，12，108，20150130（2015）·doi:10.1098/rsif.2015.0130
[5] 菲茨杰拉德，CE；Keener，JP，The PafBC-mediated response sensities a bistable DNA damage responses in Mycobacteria，J Theor Biol，508110462（2021）·Zbl 1457.92113号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2020.110462
[6] Fraikin，北卡罗来纳州。；CJ卢梭；北卡罗来纳州戈德斯。；Van Melderen，L.，重新评估II型MqsRA毒素-抗毒素系统在应激反应和生物膜形成中的作用：MqsA与mqsR，mBio，10，6，1-13转录解偶联（2019）·doi:10.128/生物.02678-19
[7] Garcia-Pino，A。；Balasubramanian，S。；温斯，L。；Gazit，E。；De Greve，H。；马格努森，RD；Charlier，D。；van Nuland，北美；Loris，R.，Allostery and internal disorder mediate transcription regulation by conditional cooperative，Cell，142，1，101-111（2010年）·doi:10.1016/j.cell.2010.05.039
[8] Germain E，Roghanian M，Gerdes K，Maisonneuve E（2019）Retraction:HipA通过（p）ppGpp介导的mRNA内切酶激活对持续细胞的随机诱导（美国国家科学院学报（2015）112（51715176）doi:10.1073/pnas.1423536112）。美国国家科学院院刊166（22）：11077。doi:10.1073/pnas.1906160116
[9] F.高马利。；弗莱金，N。；普特林，M。；Hallaert，T。；豪里柳克，V。；Garcia-Pino，A。；斯丁，A。；Kasvandik，S。；Udekwu，K。；Tenson，T。；北卡罗来纳州卡尔达鲁。；Van Melderen，L.，《重新评估II型毒素-抗毒素系统在大肠杆菌II型持续细胞形成中的作用》，mBio，9，3，1-14（2018）·doi:10.1128/mBio.00640-18
[10] 格雷厄姆，TG；SM Tabei；晚餐，AR；Rebay，I.，《果蝇眼睛中的双稳态细胞-脂肪选择建模：定性和定量观点》，《发展》，137，14，2265-2278（2010）·doi:10.1242/dev.044826
[11] 危害，A。；德国布罗德森；北朝鲜米塔莱。；Gerdes，K.，毒素、靶标和触发因素：毒素-抗毒素生物学概述，Mol Cell，70，5768-784（2018）·doi:10.1016/j.molcel.2018.01.003
[12] 危害，A。；菲诺，C。；马萨诸塞州瑟伦森；Semsey，S。；Gerdes，K.，Prophages和生长动力学将实验结果与抗生素耐受性持久性细胞混淆，mBio，8，6，1-18（2017）·doi:10.1128/mBio.01964-17
[13] 卢，C。；李，Z。；欧阳，Q.，大肠杆菌中持久性的分子模型，《Theor Biol杂志》，255,2205-209（2008）·Zbl 1400.92438号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.07.035
[14] Maisonneuve E、Castro-camargo M、Gerdes K（2018a）撤回通知：（p）ppGpp通过随机诱导毒素-抗毒素活性控制细菌持续存在，第1卷。https://www.cell.com/abstract/S0092-8674(13)00958-6
[15] Maisonneuve E，Shakespeare LJ，Girke M（2018b）Retraction:细菌通过RNA内切酶的持久性（美国国家科学院院刊（2011）108（13206-13211 10.1073/pnas.1100186108）美国国家科学学院学报115:E2901。doi:10.1073/pnas.1803278115
[16] Overgaard，M。；Borch，J。；乔根森，MG；Gerdes，K.，Messenger RNA interferase RelE通过条件合作性控制relBE转录，Mol Microbiol，69，4，841-857（2008）·数字对象标识代码：10.1111/j.1365-2958.2008.06313.x
[17] 普辛斯基，K。；帽子，B。；Lipniacki，T.，《p53调节随机模型中的振荡和双稳态》，《Theor Biol杂志》，254,2452-465（2008）·Zbl 1400.92200号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.05.039
[18] Ramisetty，BCM，II型毒素-抗毒素系统的调节：翻译反应模型，Front Microbiol，11，1-6（2020）·doi:10.3389/fmicb.2020.00895
[19] 斯莫伦，P。；陆军部巴克斯特；拜恩，约翰·H，记忆怎么能持续几天、几年或一辈子？维持突触增强和记忆的拟议机制，《学习记忆》，26，1-59（2019）·doi:10.1101/lm.049395.119免费
[20] Unterholzner SJ、Poppenberger B、Rozhon W（2013）《毒素-抗毒素系统》。Mob Genet元素3（5）：doi:10.4161/mge.26219
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。