×

免疫学数学模型:现状和未来研究方向。 (英语) Zbl 1361.92033号

摘要:过去10年来,遗传学和生物化学的进展导致了实验免疫学和临床免疫学的重大进展。反过来,这也导致了新的数学模型的发展,以定性和定量地研究免疫学中的各种开放性问题。在这项研究中,我们回顾了过去10年来数学免疫学的一些研究领域。为此,我们采取循序渐进的方法讨论了一系列模型,这些模型用于在分子、细胞和组织尺度上研究先天和免疫反应的动力学。为了强调数学在这一领域建模中的应用,我们还回顾了用于研究这些模型的一些数学工具。最后,我们讨论了未来几年实验免疫学和数学免疫学的一些未来趋势。

MSC公司:

92 C50 医疗应用(通用)
92-02 与生物学有关的研究博览会(专著、调查文章)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Adra S,Sun T,MacNeil S,Holcombe M,Smallwood R(2010)人类表皮三维多尺度计算模型的开发。公共科学图书馆·综合5(1):e8511·doi:10.1371/journal.pone.0008511
[2] Ahrens E,Bult J(2013)使用磁共振成像追踪体内免疫细胞。Nat Rev免疫学13:755-763·doi:10.1038/nri3531
[3] G(2008)TLR4信号和耐受性模型,采用基于粒子事件的定性方法:引入空间配置的随机反应室(SCSRC)。数学生物科学217:43-52·兹比尔1209.92023 ·doi:10.1016/j.mbs.2008.10.001
[4] Andersen R、Kvistborg P、Frösig T、Pedersen N、Lyngaa R、Baker A、Shu C、Straten P、Schumacher T、Hadrup S(2012)通过MHC多聚体组合编码平行检测抗原特异性T细胞反应。国家协议7(5):891-902·doi:10.1038/nprot.2012.037
[5] Andrew S、Baker C、Bocharov G(2007)《免疫学数学建模的竞争方法》。计算机应用数学杂志205:669-686·Zbl 1119.92037号 ·doi:10.1016/j.cam.2006.03.035
[6] Ankomah P,Levin B(2014)《探索抗生素与免疫反应在治疗急性自限性感染中的协同作用》。美国国家科学院院刊111(23):8331-8338·doi:10.1073/pnas.1400352111
[7] Antia R,Ganusov V,Ahmed R(2005)模型在理解CD\[8^+]+T细胞记忆中的作用。Nat Rev Immunol自然免疫杂志5:101-111·doi:10.1038/nri1550
[8] Artyomov M、Lis M、Devadas S、Davis M、Chakraborty A(2010)与MHC分子结合的CD4和CD8主要起到增强Lck递送的作用。美国国家科学院院刊107(39):16916-16921·doi:10.1073/pnas.1010568107
[9] Bains I,Thiébaut R,Yates A,Callard R(2009)量化胸腺输出:结合原始T细胞增殖模型和TCR切除循环动力学,明确测量胸腺输出。免疫学杂志183(7):4329-4336·doi:10.4049/jimmunol.0900743
[10] Balagopalan L,Sherman E,Barr V,Samelson S(2011)《检测淋巴细胞活化的成像技术》。Nat Rev免疫学11:21-33·doi:10.1038/nri2903
[11] Baltcheva I、Veel E、Volman T、Koning D、Brouwer A、Boudec JYL、Tesselaar K、de Boer R、Borghans J(2012)使用AmpliCot估计T细胞和B细胞受体多样性的通用数学模型。生物物理杂志103:999-1010·doi:10.1016/j.bpj.2012.07.017
[12] Bandura D、Baranov V、Ornatsky O、Antonov A、Kinach R、Lou X、Pavlov S、Vorobiev S、Dick J、Tanner S(2009)《质量细胞术:基于电感耦合等离子体飞行时间质谱的实时单细胞多靶点免疫分析技术》。分析化学81:6813-6822·doi:10.1021/ac901049w
[13] Barua D,Hlavacek W,Lipniacki T(2012)B细胞抗原受体信号传导早期事件的计算模型:Lyn和Fyn的作用分析。免疫学杂志189(2):646-658·doi:10.4049/jimmunol.1102003年
[14] Basak S,Behar M,Hoffmann A(2012)从数学建模NF-\[kappa\]κB途径中吸取的教训。免疫学评论246(1):221-238·doi:10.1111/j.1600-065X.2011.01092.x
[15] Bauer A、Beauchemin C和Perelson A(2009),基于代理的主机-患者系统建模:成功与挑战。《信息科学》179:1379-1389·doi:10.1016/j.ins.2008.112
[16] Bayón L,Otero J,Suárez P,Tasis C(2016)最优控制理论应用于治疗方案的新发展。数学生物科学272:34-43·Zbl 1333.49055号 ·doi:10.1016/j.mbs.2015.11.013
[17] Beauchemin C,Dixit N,Perelson A(2007)《无抗原情况下淋巴结内T细胞运动的特征》。免疫学杂志178:5505-5512·doi:10.4049/jimmunol.178.9.5505
[18] Belfiore M、Pennisi M、AricóG、Ronsisvalle S、Pappalardo F(2014)《免疫系统的电子建模:细胞和分子尺度方法》。生物医药研究国际2014:7。电话:10.1155/2014/371809
[19] Bellomo N,Delitala M(2008)从数学动力学和随机博弈理论到癌症细胞的突变、发病、进展和免疫竞争建模。《物理生活评论》5:183-206·doi:10.1016/j.plrev.2008.07.001
[20] Bellomo N,Forni G(2008)《复杂多细胞系统与免疫竞争:寻找数学理论的新范式》。当前顶尖开发人员简介81:485-502·doi:10.1016/S0070-2153(07)81017-9
[21] Bellouquid A,de Angelis E,Knopoff D(2013)《从生物学中癌症免疫标志的建模到黑天鹅》。数学模型方法应用科学23:949·Zbl 1303.92040号 ·doi:10.1142/S0218202512500650
[22] Bellouguid A,CH-Chaoui M(2014)对免疫反应建模的非线性积分-微分系统的渐近分析。计算数学应用68(9):905-914·Zbl 1362.92026号 ·doi:10.1016/j.camwa.2014.05.018
[23] Beltman J,Marée A,de Boer R(2009)分析免疫细胞迁移。《国家免疫学评论》9:789-798·doi:10.1038/nri2638
[24] Bianca C(2011)病毒引发瘢痕疙瘩形成的数学模型:恶性效应和免疫系统竞争。数学模型方法应用科学21(2):389·Zbl 1218.35236号 ·doi:10.1142/S02182051100509X
[25] Bianca C,Chiacchio F,Pappalardo F,Pennisi M(2012)免疫系统识别乳腺癌抗原的数学模型。BMC生物信息13(补充17):S21·doi:10.1186/1471-2105-13-S17-S21
[26] Bianca C,Delitala M(2011),关于基因突变和免疫系统竞争的建模。计算数学应用61(9):2362-2375·Zbl 1221.92062号 ·doi:10.1016/j.camw.2011.01.024
[27] Bianca C,Riposo J(2015)通过恒温动力学理论方法模拟瘢痕疙瘩的治疗作用。欧洲物理杂志130(8):1-14·doi:10.1140/epjp/i2015-15159-4
[28] Blyuss K,Nicholson L(2012)可调激活阈值在自身免疫动力学中的作用。《Theor生物学杂志》308:45-55·Zbl 1411.92130号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2012.05.019
[29] Boer RD,Perelson A(2013)《量化T淋巴细胞周转》。《Theor生物学杂志》327:45-87·兹比尔1322.92018 ·doi:10.1016/j.jtbi.2012.12.025
[30] Bogle G,Dunbar P(2008)用填充晶格几何形状模拟淋巴结副皮质中的T细胞运动。免疫细胞生物学86(8):676-687·doi:10.1038/icb.2008.60
[31] Bogle G,Dunbar P(2010)基于Agent-based的淋巴结内T细胞激活和增殖模拟。免疫细胞生物学88:172-179·doi:10.1038/icb.2009.78
[32] Bonizzi G,Karin M(2004)两种NF-\[kappa\]κB激活途径及其在先天性和适应性免疫中的作用。趋势免疫学25(6):280-288·doi:10.1016/j.it.2004.03.008
[33] Borghesi L,Milcarek C(2007)先天免疫与适应性免疫:一种超越其巅峰期的范式?癌症研究67(9):3989-3993·doi:10.1158/0008-5472.CAN-07-0182
[34] Braber ID、Mugwagwa T、Vrisekoop N、Westera L、Mogling R、Boer AD、Willems N、Schrijver E、Spierenburg G、Gaiser K、Mul E、Otto S、Ruiter A、Ackermans M、Miedema F、Borghans J、Boer RD、Tesselaar K(2012)外周幼稚T细胞的维持由小鼠的胸腺输出维持,而非人类。免疫力36:288-297·doi:10.1016/j.immuni.2012.02.006
[35] Burroughs N,Lazic Z,van der Merwe P(2006)通过空间重定位检测和区分配体:TCR激活的激酶-磷酸酶分离模型。生物物理学杂志91:1619-1629·doi:10.1529/biophysj.105.080044
[36] Burroughs N,Köhler K,Miloserdov V,Dustin M,van der Merwe P,Davis D(2011)基于能量的图像分析表明,细胞外结构域大小差异解释了免疫突触的蛋白质分离。公共科学图书馆计算生物学7(8):e1002076·doi:10.1371/journal.pcbi.1002076
[37] Burroughs N,van der Merwe P(2007),T细胞活化的随机性和空间异质性。免疫学评论216:69-80·doi:10.1111/j.1600-065X.2006.00486.x
[38] Callard R,Hodgkin P(2007),T和B细胞生长和分化建模。免疫学评论216:119-129·doi:10.1111/j.1600-065X.2006.00498.x
[39] Callard R,Yates A(2005)免疫学与数学:跨越鸿沟。免疫学115:21-33·doi:10.1111/j.1365-2567.2005.02142.x号文件
[40] Canini L,Carrat F(2011)流感A/H1N1病毒动力学和症状动力学的人群建模。维罗尔杂志85(6):2764-2770·doi:10.1128/JVI.01318-10
[41] Canini L,Perelson A(2014)《病毒动力学建模:最新进展》,《药物动力学杂志》41(5):431-443·doi:10.1007/s10928-014-9363-3
[42] Cao P、Yan A、Heffernan J、Petrie S、Moss R、Carolan L、Guarnaccia T、Kelso A、Barr I、McVernon J、Laurie K、McCaw J(2015)先天免疫和暴露间隔决定了二次流感病毒感染的动态,并解释了观察到的病毒层次。PLoS计算机生物学11(8):e1004334·doi:10.1371/journal.pcbi.1004334
[43] Cappuccio A,Tieri P,Castiglione F(2016)免疫学多尺度建模:综述。生物信息简介17(3):408-418。doi:10.1093/bib/bbv012·Zbl 1336.92021号
[44] Carbo A、Bassaganya-Riera J、Pedragosa M、Viladomiu M、Marathe M、Eubank S、Wendelsdorf K、Bisset K、Hoops S、Deng X、Alam M、Kronsteiner B、Mei Y、Hontecillas R(2013)《幽门螺杆菌感染期间粘膜免疫反应的预测计算模型》。公共科学图书馆综合课程8(9):e73365·doi:10.1371/journal.pone.0073365
[45] Castiglione F,Piccoli B(2006)树突状细胞转移肿瘤免疫治疗模型中的最佳控制。公牛数学生物学68:255-274·Zbl 1334.92191号 ·doi:10.1007/s11538-005-9014-3
[46] Castiglione F,Piccoli B(2007)《癌症免疫治疗、数学建模和优化控制》。《Theor生物学杂志》247:723-732·兹比尔1455.92068 ·doi:10.1016/j.jtbi.2007.04.003
[47] Castill-Montel E、Chimal-Eguía J、Tello J、Pinon Zaráte GP、Herrera-Enríquez M、Castell-Rodríguez a(2015)使用简单数学模型增强黑色素瘤的树突状细胞免疫治疗。Theor生物医学模型12:11·doi:10.1186/s12976-015-0007-0
[48] Caswell H(1988)生态学理论和模型:不同的视角。Ecol模型43:33-44·doi:10.1016/0304-3800(88)90071-3
[49] Celli S、Day M、Müller A、Molina-Paris C、Lythe G、Bousso P(2012)启动T细胞反应需要多少树突状细胞?血液19:3945-3948·doi:10.1182/bloud-2012-01-408260
[50] Chakraborty A、Dustin M和Shaw A(2003)《细胞和分子免疫学的电子模型:成功、承诺和挑战》。自然免疫4:933-936·doi:10.1038/ni1003-933
[51] Chakraborty A,Das J(2010)计算与实验配对:理解T细胞信号的强大耦合。Nat Rev免疫学10:59-71·doi:10.1038/nri2688
[52] Chaplain M、Ptashnyk M、Sturrock M(2015)基因调控网络模型中的霍普夫分岔:分子运动导致振荡。数学模型方法应用科学25:1179-1215·Zbl 1326.92019号 ·doi:10.1142/S02182051550030X
[53] Chavali A、Gianchandani E、Tung K、Lawrence M、Peirce S、Papin J(2008)《利用基于多细胞规则的计算模型表征免疫系统的涌现特性》。趋势免疫学29(12):589-599·doi:10.1016/j.it2008.08.006
[54] Chen B,Lin YP,Chuang YJ(2011)环境扰动和测量噪声下随机免疫系统基于鲁棒观测器的跟踪控制。亚洲J对照13(5):667-690·Zbl 1303.93159号 ·doi:10.1002/asjc.421
[55] Chen D,Mellman I(2013)《肿瘤学与免疫学:癌症-免疫循环》。免疫39:1-10·doi:10.1016/j.immuni.2013.07.012
[56] Cheong R、Bergmann A、Werner S、Regal J、Hoffmann A、Levchenko A(2006)瞬时IkappaB激酶活性调节时间NF-kappaB-动力学,以响应广泛的肿瘤坏死因子-α剂量。生物化学杂志281:2945-2950·doi:10.1074/jbc。M510085200型
[57] Cheong R,Hoffmann A,Levchenko A(2008)通过数学建模了解NF-\[kappa\]κB信号传递。分子系统生物学4:192·doi:10.1038/msb2008.30
[58] Chew Y、Shia Y、Lee C、Majid F、Chua L、Sarmidi M、Aziz R(2009)《葡萄糖调节和胰岛素分泌途径的建模》。分子细胞内分泌303(1-2):13-24·doi:10.1016/j.mce2009.018
[59] Choo D,Murali-Krishna K,Antia R,Ahmed R(2010)病毒特异性记忆CD8 T细胞的稳态转换是随机发生的,并且独立于CD4 T细胞的帮助。免疫学杂志185(6):3436-3444·doi:10.4049/jimmunol.1001421
[60] Cilfone N,Ford C,Marino S,Mattila J,Gideon H,Flynn J,Kirschner D,Linderman J(2015)计算模型预测了结核分枝杆菌感染期间,通过平衡早期宿主免疫介导的抗菌反应和干酪作用,IL-10对病灶消毒的控制。免疫学杂志194(2):664-677·doi:10.4049/jimmunol.1400734
[61] Clifone N,Perry C,Kirschner D,Linderman J(2013)多尺度模型预测肿瘤坏死因子-α和白细胞介素-10在结核分枝杆菌感染期间控制肉芽肿环境的平衡。公共科学图书馆综合课程8(7):e68680·doi:10.1371/journal.pone.0068680
[62] Coombs D,Dushek O,van der Merwe PA(2011)数学模型和免疫细胞生物学。T细胞受体触发和抗原识别的数学模型综述。纽约州施普林格
[63] Crauste F、Terry E、Mercier I、Mafille J、Djebali S、Andrieu T、Mercier B、Kaneko G、Arpin C、Marvel J、Gandrilon O(2015)通过建模方法预测病原体特异性CD8 T细胞免疫反应。《Theor生物学杂志》374:66-82·Zbl 1341.92041号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2015.03.033
[64] Cumming B,McElwain D,Upton Z(2010)《伤口愈合和后续疤痕形成的数学模型》,J R Soc界面7:19-34·doi:10.1098/rsif.2008.0536
[65] Currie J、Castro M、Lythe G、Palmer E、Molina-París C(2012)《随机T细胞反应标准》。J R Soc接口9:2856-2870·doi:10.1098/rsif.2012.0205
[66] Dai S,Rajam M,Curry H,Leander R,Schlesinger L(2011)《前门的精细调节炎症:巨噬细胞补体受体-3介导土拉菌的吞噬和免疫抑制》。《公共科学图书馆·病理学》9(1):e1003114·doi:10.1371/journal.ppat.1003114
[67] Danos V、Feret J、Fontana W、Harmer R、Krivine J(2007)《细胞信号的基于规则的建模》。内容:CONCUR 2007-并发理论。柏林施普林格,第17-41页·Zbl 1151.68723号
[68] Davis C,Adler F(2013)记忆CD\[8^+\]+T细胞储备动态对病毒感染的反应的数学模型。公牛数学生物学75:491-522·Zbl 1273.92032号 ·doi:10.1007/s11538-013-9817-6
[69] Day J,Friedman A,Schlesinger L(2011)《模拟宿主对炭疽的反应》。《Theor生物学杂志》276(1):199-208·Zbl 1405.92143号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.01.054
[70] de Pillis L,Gu W,Fister K,Head T,Maples K,Neal T,Murugan A,Yoshida K(2007)《肿瘤化疗:动力学分析及二次和线性最优控制研究》。数学生物科学209(1):292-315·兹比尔1122.49020 ·doi:10.1016/j.mbs.2006.05.003
[71] DePillis L,Gallegos A,Radunskaya A(2013)黑色素瘤树突状细胞治疗模型。前Oncol 3:56·doi:10.3389/fonc.2013.00056
[72] Dunster J、Byrne H、King J(2014)《炎症的消解:中性粒细胞和巨噬细胞相互作用的数学模型》。《公牛数学生物学》76(8):1953-1980·Zbl 1300.92018年 ·数字对象标识代码:10.1007/s11538-014-9987-x
[73] Dushek O,Aleksic M,Wheeler R,Zhang H,Cordoba SP,Peng YC,Chen JL,Cerndolo V,Dong T,Coombs D,van der Merwe PA(2014)抗原效力和最大效力揭示了有效T细胞激活的机制。科学信号4(176):ra39·doi:10.1126/scisional.2001430号文件
[74] Eftimie R,Bramson J,Earn D(2010a)免疫系统与癌症之间的相互作用:非空间数学模型的简要回顾。公牛数学生物学73:2-32·Zbl 1209.92028号 ·doi:10.1007/s11538-010-9526-3
[75] Eftimie R,Bramson J,Earn D(2010b)《黑色素瘤排斥反应中抗肿瘤Th1和Th2免疫的建模》。《Theor生物学杂志》265(3):467-480·Zbl 1461.92016年 ·doi:10.1016/j.jtbi.2010.04.030
[76] Faeder J、Blinov M、Hlavacek W(2009年),《使用BioNetGen对生化系统进行基于规则的建模》。方法分子生物学500:113-167·doi:10.1007/978-1-59745-525-1.5
[77] Fallahi Sichani M,Kirschner D,Linderman J(2012)NF-\[\kappa\]κB信号动力学在结核病感染控制中发挥着关键作用。前生理3:170·doi:10.3389/fphys.2012.0170
[78] Farh KH、Marson A、Zhu J、Kleinewietfeld M、Housley W、Beik S、Shoresh N、Whitton H、Ryan R、Shishkin A、Hatan M、Carrasco-Alfonso M、Mayer D、Luckey C、Patsopoulos N、Jager PD、Kuchrono V、Epstein C、Daly M、Hafler D、Bernstein B(2014),因果性自身免疫疾病变体的遗传和表观遗传精细定位。自然518:337-343·doi:10.1038/nature13835
[79] Fellizi F,Comoglio F(2012)排队网络方法对B细胞受体亲和力的识别。物理版E 85:061926·doi:10.1103/PhysRevE.85.061926
[80] Feng Z,Velasco-Hernandez J,Tapia-Santos B,Leite MC(2012)传染病中宿主内和宿主间动力学耦合模型。非线性Dyn 68:401-411·Zbl 1254.92077号 ·doi:10.1007/s11071-011-0291-0
[81] Feng Z,Velasco-Hernandez J,Tapia-Santos B(2013)环境驱动传染病中宿主内和宿主间动力学耦合的数学模型。数学生物科学241:49-55·兹比尔1309.92066 ·doi:10.1016/j.mbs.2012.09.004
[82] Figge M(2009)通过随机免疫反应模型优化免疫球蛋白替代治疗。公共科学图书馆·综合4(5):e5685·doi:10.1371/journal.pone.0005685
[83] Figueroa-Morales N,LeóN K,Mulet R(2012)免疫系统T细胞介导的特异性反应的随机近似。《Theor生物学杂志》295:37-46·Zbl 1336.92021号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.11.003
[84] Finlay D,Cantrell D(2011)细胞毒性T细胞的代谢、迁移和记忆。《国家免疫学评论》11(2):109-117·doi:10.1038/nri2888
[85] Flegg J、Byrne H、Flegg M、McElwain D(2012)《创伤愈合血管生成:简单数学模型的临床意义》。理论生物学杂志300:309-316·Zbl 1397.92324号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2012.01.043
[86] Flegg J,Menon S,Maini P,McElwain D(2015)《皮肤伤口愈合血管生成作为反应传输过程的数学模型》。前生理6:262·doi:10.3389/fphys.2015.00262
[87] Fory Shi U(2009)Marchuk免疫系统模型中慢性状态的稳定性和分叉。数学分析应用杂志352:922-942·Zbl 1160.34349号 ·doi:10.1016/j.jmaa.2008.11.055
[88] Francois P,Voisinne G,Siggia E,Altan Bonnet G,Vergassola M(2013)早期T细胞激活的表型模型显示出敏感性、特异性和拮抗性。美国国家科学院院刊110:E888-E897·doi:10.1073/pnas.1300752110
[89] Fujarewicz K,Kimmel M,Lipniacki T,Świerniak A(2007)细胞信号通路模型的伴随系统及其在参数拟合中的应用。IEEE/ACM Trans-Comput Biol生物信息4:322-335·doi:10.1109/tcbb2007.1016
[90] Gadhamsetty S,Beltman J,de Boer R(2015)数学模型告诉我们HIV-1感染期间的死亡率是什么?免疫Lett 168(1):1-6·doi:10.1016/j.imlet.2015.07.009
[91] Ganeshan K,Chawla A(2014),免疫反应的代谢调节。《免疫学年鉴》32:609-634·doi:10.1146/annurev-immunol-032713-120236
[92] Gannon P、Wieckowski S、Baumgaertner P、Hebeisen M、Allard M、Speiser D、Rufer N(2015)《定量TCR:NTAmers对pMHC解离率的评估》揭示了丰富的抗黑色素瘤T细胞储备,具有高功能能力。免疫学杂志195(1):356-366·doi:10.4049/jimmunol.1403145
[93] Ganusov V,Boer RD(2008)估计CD8 T细胞介导的杀伤导致的靶点体内死亡率。《病毒杂志》82(23):11749-11757·doi:10.1128/JVI.01128-08
[94] García-Martínez K,León K(2010)《IL-2在CD[4^+]+辅助细胞和调节性T细胞之间相互作用中的作用建模:评估一般动力学特性》。《Theor生物学杂志》262(4):720-732·Zbl 1403.92097号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2009.10.025
[95] Garnier R,Graham A(2014)《生态免疫学中寄生虫特异性血清学工具的见解》。集成Comp生物54(3):363-376·doi:10.1093/icb/icu022
[96] Gerlach C、Rohr J、Perie L、Rooij NV、Heijst JV、Velds A、Urbanus J、Naik S、Jacobs H、Beltman J、Boer RD、Schumacher T(2013)单个CD\[8^+]+T细胞的异质分化模式。科学340:635-639·doi:10.1126/science.1235487
[97] Germain R(2010)《疫苗与人类免疫学的未来》。免疫33:441-450·doi:10.1016/j.immuni.2010.09.014
[98] Germain R、Meier-Schellersheim M、Nita-Lazar A、Fraser I(2011)《免疫学中的系统生物学——计算建模视角》。《免疫学年鉴》29:527-585·doi:10.1146/annurev-immunol-030409-01317
[99] Ghaffari A,Naserifar N(2010)癌症免疫治疗中的最佳治疗方案。计算机生物医学40:261-270·doi:10.1016/j.compbiomed.2009.12.001
[100] Gillard J,Laws T,Lythe G,Molina-Paris C(2014),土拉菌病发病机制的早期事件建模。前细胞感染微生物4:169·doi:10.3389/fcimb2014.00169
[101] Goldstein B,Faeder J,Hlavacek W(2004)免疫受体信号的数学和计算模型。《自然免疫学评论》4(6):445-456·doi:10.1038/nri1374
[102] Gong C,Linderman J,Kirschner D(2014)《利用T细胞分化命运的异质性来微调效应和记忆T细胞的生成》。前免疫学5:1-15。doi:10.3389/fimmu.2014.00057
[103] Gordon S,Taylor P(2005)单核细胞和巨噬细胞异质性。《国家免疫学评论》5:953-964·doi:10.1038/nri1733
[104] Gross F、Metzner G、Behn U(2011)《过敏和特异性免疫治疗的数学模型:Th1-Th2-Treg相互作用》。《Theor生物学杂志》269(1):70-78·Zbl 1307.92117号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2010.1013
[105] Halling Brown M、Pappalardo F、Rapin N、Zhang P、Alemani D、Emerson A、Castiglione F、Duroux P、Pennisi M、Miotto O、Churchill D、Rossi E、Moss D、Sansom C、Bernaschi M、Lefranc MP、Brunak S、Lund O、Motta S、Lollini PL、Murgo A、Palladini A、Basford K、Brusic V、Shepherd A(2010)ImmunoGrid:以自然规模对人类免疫系统进行基于代理的模拟。菲洛斯Trans R Soc 368:2799-2815·doi:10.1098/rsta.2010.0067
[106] Hamdache A,Elmouki I,Saadi S(2014),癌症免疫治疗中应用等周约束的最优控制。国际计算机应用杂志94(15):31-37
[107] Hancioglu B,Swingon D,Clermont G(2007)人类对甲型流感病毒感染的免疫反应动力学模型。《Theor生物学杂志》246:70-86·Zbl 1451.92094号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2006.12.015
[108] Hapurachchi T,Lewis J,Callard R(2013)健康成人和儿童中幼稚CD4 T细胞稳态的机制模型。前免疫学4:1-6。doi:10.3389/fimmu.2013.00366·兹比尔1333.49055
[109] Hawkins E、Turner M、Dowling M、van Gend C、Hodgkin P(2007)随机淋巴细胞分裂和死亡时间导致的免疫调节模型。美国国家科学院院刊104(12):5032-5037·doi:10.1073/pnas.0700026104
[110] Heffernan J(2011)《传染病的数学免疫学》。数学普及学习18:47-54·Zbl 1412.00045号 ·doi:10.1080/08898480.2011.564559
[111] Henrickson S、Mempel T、Mazo I、Liu B、Artyomov M、Zheng H、Peixoto A、Flynn M、Senman B、Junt T、Wong H、Chakraborty A、von Andrian U(2008)T细胞对抗原剂量的感测控制着与树突状细胞的交互行为,并设定了T细胞激活的阈值。自然免疫9(3):282-291·doi:10.1038/ni1559文件
[112] Hoops S、Sahle S、Gauges R、Lee C、Pahle J、Simus N、Singhal M、Xu L、Mendes P、Kummer U(2006)《COPASI-a COmplex PAthway SImulator》。生物信息学22(24):3067-3074·doi:10.1093/bioinformatics/btl485
[113] Hugues S(2010)树突状细胞与T细胞相互作用的动力学:在T细胞结果中的作用。Semin免疫病理学32:227-238·doi:10.1007/s00281-010-0211-2
[114] Huynh G,Adler F(2012年)《爱泼斯坦-巴尔病毒相关感染性单核细胞增多症的年龄依赖性数学模型》。数学医学生物学29(3):245-261·Zbl 1401.92183号 ·doi:10.1093/imammb/dqr007
[115] Itik M、Salamci M、Banks S(2009),癌症治疗中药物治疗的最佳控制。非线性分析理论方法应用71(12):e1473-e1486·doi:10.1016/j.na.2009.01.214
[116] Janes K,Lauffenburger D(2013)信号网络模型——细胞生物学家可以从中获得什么并给予什么。细胞科学杂志126:1913-1921·doi:10.1242/jcs.112045
[117] Johnson P、Yates A、Goronzy J、Antia R(2012)外周选择而非胸腺退化解释了幼稚CD4 T细胞多样性随年龄的突然收缩。美国国家科学院院刊109:21432-21437·doi:10.1073/pnas.1209283110
[118] Kabala Z,Milly P(1991),偏微分方程的灵敏度分析:函数灵敏度案例。数值方法部分差异Equ 7(2):101-112·Zbl 0742.65089号 ·doi:10.1002/num.1690070202
[119] Kalos M,June C(2013),合成生物学时代癌症免疫治疗的T细胞移植。免疫学39:49-60
[120] Kholodenko B(2006)《细胞信号在时间和空间上的动力学》。Nat Rev Mol细胞生物学7(3):165-176·doi:10.1038/nrm1838
[121] Kidd B、Peters L、Schadt E和Dudley J(2014)《免疫学与信息学和多尺度生物学的统一》。自然免疫学15:118-127·doi:10.1038/ni.2787
[122] Kim P,Levy D,Lee P(2007)《免疫系统的建模调节机制》。《Theor生物学杂志》246:33-69·Zbl 1451.92097号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2006.12.012
[123] Kim P,Levy D,Lee P(2009),免疫系统作为自我调节网络的建模和模拟。方法酶制剂467:79-109·doi:10.1016/S0076-6879(09)67004-X
[124] Kim J,Ryu S,Oh K,Ju JM,Jeon J,Nam G,Lee DS,Kim HR,Kim JY,Chang J,Sproule T,Choi K,Roopenian D,Choi E(2015)CD\[8^+\]+T细胞分化中的记忆编程是内在的,不由CD4帮助决定。国家公社6:7994·doi:10.1038/ncomms8994
[125] Kim N,Luster A(2015)组织驻留细胞在中性粒细胞募集中的作用。趋势免疫36:547-555·doi:10.1016/j.it.2015.07.007
[126] Kim Y,Othmer H(2013)乳腺癌中肿瘤-基质相互作用的混合模型。公牛数学生物学75:1304-1350·Zbl 1272.92027 ·doi:10.1007/s11538-012-9787-0
[127] Kim Y,Othmer H(2015)肿瘤生长中细胞和组织动力学的混合模型。数学生物科学工程12(6):1141-1156·Zbl 1326.92015号 ·doi:10.3934/mbe.2015.12.1141
[128] Kirschner D,Chang S,Riggs T,Perry N,Linderman J(2007)《免疫中抗原呈递的多尺度模型研究》。免疫学修订版216:93-118·doi:10.1111/j.1600-065X.2007.00490.x
[129] Knütsdóttir H,Pálease E,Edelstein-Keshet L(2014)巨噬细胞促进乳腺癌细胞侵袭的数学模型。《Theor生物学杂志》357:184-199·Zbl 1412.92149号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2014.04.031
[130] Köbig J,Zarnack K,Luscombe N,Ule J(2012)《蛋白质与核酸的相互作用:新的基因组技术和前景》。《Nat Rev Genet》13:77-83·doi:10.1038/nrg3141
[131] Kocabas V,Dragicevic S(2006)使用敏感性分析方法评估细胞自动机模型行为。计算环境城市系统30(6):921-953·doi:10.1016/j.compenvurbsys.2006.01.01
[132] Kolev M、Korpusik A、Markovska A(2012)自适应免疫和CTL分化——动力学建模方法。数学、工程和科学航空科学3(3):285-293·Zbl 1269.35046号
[133] Kolev M,Markovska A,Korpusik A(2013)关于病毒感染适应性免疫反应的数学模型。数字分析应用8236:355-362·Zbl 1352.92092号
[134] Kourilsky P(2012)《系统和系统免疫学:研究及其应用的未来》。免疫学研究53(1-3):2-10·doi:10.1007/s12026-012-8316-4
[135] Krishna S,Jensen M,Sneppen K(2006)NF-κB信号尖峰振荡的最小模型。美国国家科学院院刊103(29):10840-10845·doi:10.1073/pnas.0604085103
[136] Kronik N,Kogan Y,Vainstein V,Agur Z(2008)利用恶性胶质瘤的交互动力学模拟模型改进同种反应CTL免疫治疗。癌症免疫疗法57:425-439·doi:10.1007/s00262-007-0387-z
[137] Krummel M(2010)通过实时成像阐明免疫系统中出现的活动。自然免疫学11:554-557·doi:10.1038/ni0710-554
[138] Lawley S,Yun J,gamble M,Hall M,Reed M,Nijhout H(2014)谷胱甘肽对砷甲基化影响的数学模型。Theor生物医学模型11:20·数字对象标识代码:10.1186/1742-4682-11-20
[139] Laydon D、Bangham C、Asquith B(2015)《估计T细胞储备多样性:经典估计的局限性和新方法》。菲洛斯Trans R Soc B 370:20140291·doi:10.1098/rstb.2014.0291
[140] Leander R,Dai S,Schlesinger L,Friedman A(2012)土拉菌感染背景下CR3/TLR2串扰的数学模型。公共科学图书馆计算生物学8(11):e1002757·doi:10.1371/journal.pcbi.1002757
[141] Ledzewicz U,Naghnaeian M,Schättler H(2012)肿瘤免疫动力学数学模型的最佳化疗反应。数学生物学杂志64(3):557-577·Zbl 1284.92042号 ·doi:10.1007/s00285-011-0424-6
[142] Lee TH,Cho YH,Lee MG(2007)更多未成熟树突状细胞增强了对已建立的小鼠黑色素瘤细胞的抗肿瘤作用。生物技术快报29:351-357·doi:10.1007/s10529-006-9260-y
[143] Lee H,Topham D,Park S,Hollenbaugh J,Treanor J,Mosmann T,Jin X,Ward B,Miao H,Holden-Wiltse J,Perelson A,Zand M,Wu H(2009),模拟和预测甲型流感病毒感染的适应性免疫反应。《病毒杂志》83(14):7151-7165·doi:10.1128/JVI.00098-09
[144] Lever M,Maini P,van der Merwe P,Dushek O(2014)T细胞活化的表型模型。Nat Rev免疫学14:619-629·doi:10.1038/nri3278
[145] Linderman J、Cilfone N、Pienaar E、Gong C、Kirschner D(2015)《设计结核病治疗方案的多尺度方法》。整合生物7(5):591-609·doi:10.1039/C4IB00295D
[146] Lipniacki T,Hat B,Faeder J,Hlvacek W(2008)T细胞受体信号的随机效应和双稳态。《Theor生物学杂志》254(1):110-122·Zbl 1400.92173号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.05.001
[147] Liu D,Ruan S,Zhu D(2009)肿瘤与免疫系统相互作用模型中的分歧分析。离散控制动态系统序列B 12(1):151-168·兹比尔1179.34047 ·doi:10.3934/dcdsb.2009.12.151
[148] Louzoun Y(2007)《数学免疫学的演变》。免疫学修订版216:9-20·doi:10.1111/j.1600-065X.2006.00495.x
[149] Luo S,Reed M,Mattingly J,Koelle K(2012)宿主免疫状态对宿主体内和抗原免疫反应的种群动力学的影响。J R Soc接口9(75):2603-2613
[150] Lythe G、Callard R、Hoare R、Molina-Paris C(2016)一个身体维持多少TCR克隆型?《Theor生物学杂志》389:214-224·Zbl 1343.92095号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2015.10.16
[151] Macnamara C,Eftimie R(2015)溶瘤病毒治疗中的记忆与效应免疫反应。《Theor生物学杂志》377:1-9·Zbl 1341.92032号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2015.04.004
[152] Maizels R,Nussey D(2013)《走进野外:挖掘免疫学的进化根源》。自然免疫14(9):879-883·数字对象标识代码:10.1038/ni.2643
[153] Malka R、Shochat E、Rom-Kedar V(2010)双稳态和细菌感染。公共科学图书馆·综合5(5):e10010·doi:10.1371/journal.pone.0010010
[154] Malkin A、Sheehan R、Mathew S、Federspiel W、Redl H、Clermont G(2015)脓毒症体外治疗的中性粒细胞表型模型。公共科学图书馆计算生物学11(10):e1004314·doi:10.1371/journal.pcbi.1004314
[155] Mallet D,de Pillis L(2006)肿瘤-免疫系统相互作用的细胞自动机模型。《Theor生物学杂志》239(3):334-350·Zbl 1445.92079号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2005.08.002
[156] Mander A,Thompson S(2010)二期癌症临床试验替代假设下的两阶段最优设计。康斯坦普临床试验31(6):572-578·doi:10.1016/j.cct.2010.07.008
[157] Mansfield J、Hoyt C、Stack E、Feldman M、Bifulco C、Fox B(2015)《癌症免疫学成像:FFPE组织切片中多个免疫细胞亚群的原位表型》(TUM7P.1029)。免疫学杂志194(1增补):142.18
[158] Marino S、Myers A、Flynn J、Kirschner D(2010)TNF和IL-10是结核病肺和淋巴结吞噬细胞环境调节的主要因素:下一代双室模型。《Theor生物学杂志》265:586-598·doi:10.1016/j.jtbi.2010.05.012
[159] Marino S、Cilfone N、Mattila J、Linderman J、Flynn J、Kirschner D(2015)结核分枝杆菌感染期间巨噬细胞极化导致肉芽肿结局。感染免疫83(1):324-338·doi:10.128/IAI.02494-14
[160] Mathis D,Shoelson S(2011)《免疫代谢:新兴前沿》。《自然免疫学评论》。11:81-83 ·doi:10.1038/nri2922
[161] Mattes J、Hulett M、Xie W、Hogan S、Rothenberg M、Foster P、Parish C(2003)《T辅助细胞2对细胞毒性T细胞耐药肿瘤的免疫治疗:嗜酸性粒细胞趋化蛋白和STAT6依赖性过程》。《实验医学杂志》197(3):387-393·doi:10.1084/jem.20021683
[162] Medzhitov R、Shevach E、Trinchieri G、Mellor A、Munn D、Gordon S、Libby P、Hansson G、Shortman K、Dong C、Gabrilovich D、GabrisováL、Howes A、O’Garra A(2011)《免疫学十年亮点》。《国家免疫学评论》11:693-702·doi:10.1038/nri3063
[163] Mentis M(1988)生态学中的假设-演绎和归纳方法。功能经济2(1):5-14·doi:10.2307/2389454
[164] Meraviglia S、Daker SE、Dieli F、Martini F和Martino A\[(2011)\gamma\delta\]γδT细胞在结核分枝杆菌感染中交联先天性和适应性免疫。临床开发免疫学2011:11·doi:10.1155/2011/587315
[165] Miao H、Hollenbaugh J、Zand M、Holden-Wiltse J、Mosmann T、Perelson A、Wu H、Topham D(2010)《量化感染甲型流感病毒小鼠的早期免疫反应和适应性免疫反应动力学》。《病毒杂志》84(13):6687-6698·doi:10.1128/JVI.00266-10
[166] Miao H,Xia X,Perelson A,Wu H(2011)关于非线性ODE模型的可识别性及其在病毒动力学中的应用。SIAM版本53(1):3-39·Zbl 1215.34015号 ·doi:10.1137/090757009
[167] Mochan E、Swigon D、Ermentrout G、Lukens S、Clermont G(2014)小鼠菌株中宿主内肺炎双球菌感染动力学的数学模型。《Theor生物学杂志》353:44-54·Zbl 1412.92293号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2014.02.021
[168] Moreau H,Bogle G,Bousso P(2016)一个虚拟淋巴结模型,用于分析突触和激酶激活T细胞的需求。免疫细胞生物学94(7):680-688
[169] Morel P、Ta'asan S、Morel B、Kirschner D、Flynn J(2006)《免疫系统数学建模的新见解》。免疫学研究36(1-3):157-165·doi:10.1385/IR:36:1:157
[170] Moskalensky A、Chernyshev A、Yurkin M、Nekrasov V、Polshchitsin A、parks D、Moore W、Filatenkov A、Maltsev V、Orlova D(2015),用流式细胞术动态定量抗原分子。免疫学方法杂志418:66-74·doi:10.1016/j.jim.2015.02.001
[171] Mueller S,Mackay L(2016)《组织-永久性记忆T细胞:免疫防御方面的本地专家》。《国家免疫学评论》16:79-89·Zbl 1333.49055号
[172] Murphy K(2012)Janeway的免疫生物学,第8版。伦敦加兰科学
[173] Nag A,Monine M,Blinov M,Goldstein B(2010)。一个详细的数学模型预测,IgE-Fc[\epsilon\]ϵRI复合物的连续结合可以增强肥大细胞中Syk的活化。免疫学杂志185(6):3268-3276·doi:10.4049/jimmunol.1000326
[174] Nagaraja S、Wallqvist A、Reifman J、Mitrophanov A(2014)描述慢性伤口炎症致病因素和分子指标的计算方法。免疫学杂志192:1824-1834·doi:10.4049/jimmunol.1302481
[175] Nahum-Shani I,Qian M,Almirall D,Pelham W,Gnagy B,Fabiano G,Waxmonsky J,Yu J,Murphy S(2012),比较适应性干预的实验设计和主要数据分析方法。心理学方法17(4):457-477·doi:10.1037/a0029372
[176] Newell E,Davis M(2014)《超越模型抗原:分析抗原特异性T细胞的高维方法》。自然生物技术32:149-157·doi:10.1038/nbt.2783
[177] Nijhout HF,Best JA,Reed MC(2015)使用数学模型了解新陈代谢、基因和疾病。BMC生物学13:79。doi:10.1186/s12915-015-0189-2
[178] Nishikori M(2005)经典和替代NF-\[kappa\]κB激活途径及其在淋巴恶性肿瘤中的作用。临床实验血液病杂志45(1):15-24·doi:10.3960/jslrt.45.15
[179] Norris K,Evans M(2000)《生态免疫学:鸟类的生命史权衡和免疫防御》。Behav Ecol 11(1):19-26·doi:10.1093/架构/11.1.19
[180] Numfor E、Bhattacharya S、Lenhart S、Martcheva M(2014),结合主机内和主机间模型的最优控制。数学模型Nat Phenom 9(4):171-203·Zbl 1294.49013号 ·doi:10.1051/mmnp/20149411
[181] Onsum M,Rao C(2007)中性粒细胞梯度传感和极化的数学模型。PLoS计算机生物学3(3):e36·doi:10.1371/journal.pcbi.0030036
[182] Oreskes N、Shrader-Frechette K、Belitz K(1994),地球科学中数值模型的验证、确认和确认。《科学》263(5147):641-646·doi:10.1126/science.263.5147.641
[183] Otto S,Day T(2007)生态学和进化数学建模生物学家指南。普林斯顿大学出版社·Zbl 1152.92027
[184] Pappalardo F、Pennisi M、Castiglione F、Motta S(2010)《疫苗方案优化:二氧化硅经验》。生物技术进展28:82-93·doi:10.1016/j.biotechadv.2009.10.001
[185] Pappalardo F,Forero I,Pennisi M,Palazon A,Melero I,Motta S(2011)SimB16:针对B16黑色素瘤的诱导免疫系统反应建模。公共图书馆·综合频道6(10):e26523·doi:10.1371/journal.pone.0026523
[186] Pearce E、Poffenberger M、Chang CH和Jones R(2013)《增强免疫:新陈代谢和淋巴细胞功能的见解》。科学342(6155):1242454·doi:10.1126/science.1242454
[187] 皮尔斯E,皮尔斯E(2013)免疫细胞激活和静止的代谢途径。免疫38(4):633-643·doi:10.1016/j.immuni.2013.04.05
[188] Perelson A,Guedj J(2015)《丙型肝炎治疗建模——预测治疗效果》。Nat Rev胃肠肝素12:437-445·doi:10.1038/nrgool.2015.97
[189] Perley J、Mikolajczak J、Buzzard G、Harrison M、Rundell A(2014)解决导致IL-2和FOXP3转录的T细胞激活中的早期信号事件。流程2:867-900·doi:10.3390/pr2040867
[190] Pigozzo A,Macedo G,dos Santos R,Lobosco M(2012)微脓肿形成的计算模型。计算数学方法医学2012:736394·Zbl 1254.92068号 ·doi:10.1155/2012/736394
[191] Pogson M、Smallwood R、Qwarnstrom E、Holcombe M(2006)细胞内化学相互作用的基于试剂的正式建模。生物系统85(1):37-45·doi:10.1016/j.biosystems.2006.02.004
[192] Pommerenke C、Will E、Srivastava B、Schulze A、Novoselova N、Geffers R、Schughart K(2012)流感感染小鼠肺部的全球转录组分析揭示了先天性和适应性宿主免疫反应的动力学。公共图书馆·综合频道7(7):e41169·doi:10.1371/journal.pone.0041169
[193] Popper K(1965)推测与反驳。纽约基础图书
[194] Prasad A(2012)《信号转导网络的计算建模:一个教学性的阐述》。方法摩尔生物880:219-241·doi:10.1007/978-1-61779-833-7_10
[195] Prokopiou S、Barbarroux L、Bernard S、Mafille J、Leverirer Y、Arpin C、Marvel J、Gandrillon O、Crauster F(2014)《淋巴结早期CD8 T细胞免疫反应的多尺度建模:一项综合研究》。计算2(4):159-181·doi:10.3390/computation2040159
[196] Qi S,Krogsgaard M,Davis M,Chakraborty A(2006)分子灵活性可以影响细胞-细胞连接处受体-相互作用的刺激能力。美国国家科学院院刊103:4416-4421·doi:10.1073/pnas.0510991103
[197] Qi YF,Huang YX,Wang HY,Zhang Y,Bao YL,Sun LG,Wu Y,Yu CL,Song ZB,Zheng LH,Sun Y,Wang GN,Li YX(2013)通过数学建模阐明IFN-\[\gamma\]γ和IL-6之间的串扰机制。BMC生物信息14:41·doi:10.1186/1471-2105-14-41
[198] Reed M、Thomas R、Pavisic J、James S、Ulrich C、Nijhout H(2008)谷胱甘肽代谢的数学模型。生物数学模型5:8·doi:10.1186/1742-4682-5-8
[199] Reed M、Nijhout H、Neuhouser M、Gregory J、Shane B、James S、Boynton A、Ulrich C(2006)一个数学模型为叶酸介导的单碳代谢的营养和遗传方面提供了见解。营养学杂志136(10):2653-2661
[200] Reynolds J、Coles M、Lythe G、Molina-Paris C(2013),初始T细胞分裂和存活IL-7阈值的数学模型。前免疫4:434·doi:10.3389/fimmu.2013.00434
[201] Rivière B、Epshteyn Y、Swigon D、Vodovotz Y(2009)脂多糖与Toll-like受体4结合产生的信号传递的简单数学模型表明了固有的预处理行为。数学生物科学217:19-26·Zbl 1158.92027号 ·doi:10.1016/j.mbs.2008.10.002
[202] Romani L(2011)《真菌感染免疫》。《国家免疫学评论》11:275-288·doi:10.1038/nri2939文件
[203] Rosenblum M,Way S,Abbas A(2016)调节性T细胞记忆。《国家免疫学评论》16:90-101·Zbl 1405.92143号
[204] Rouse B,Sehrawat S(2010)《病毒的免疫和免疫病理学:什么决定结果?》?国家免疫学评论10:514-526·doi:10.1038/nri2802
[205] Rykiel E(1996)《测试生态模型:验证的意义》。Ecol模型90:229-244·doi:10.1016/0304-3800(95)00152-2
[206] Saeki K,Iwasa Y(2010)调节性T细胞的最佳数量。《Theor生物学杂志》263(2):210-218·Zbl 1406.92117号 ·doi:10.1016/j.jpi.2009.11.012
[207] Saenz R、Quinivan M、Elton D、MacRae S、Blunden A、Mumford J、Daly J、Digard P、Cullinane A、Grenfell B、McCauley J、Wood J、Gog J(2010)《流感病毒感染和病理动力学》。《病毒杂志》84(8):3974-3983·doi:10.1128/JVI.02078-09
[208] Schnell U、Dijk F、Sjollema K、Giepmans B(2012)《免疫标记人工制品和活细胞成像的需要》。自然方法9:152-158·doi:10.1038/nmeth.1855
[209] Seiden PE,Celada F(1992)《体液免疫系统的模拟》。摘自:Perelson AS,Weisbuch G(eds)免疫学的理论和实验见解。北约ASI系列,第66卷。第49-62页·Zbl 1294.49013号
[210] Sekar J,Faeder J(2012)《基于规则的信号转导建模:引物》。分子生物学方法880:139-218·doi:10.1007/978-1-61779-833-79
[211] Serichantalergs O、Pootong P、Dalsgaard A、Bodhidatta L、Guerry P、Tribble D、Anuras S、Mason C(2010)1998年至2003年从泰国患有急性腹泻的旅行者和美国军人中分离出的空肠弯曲菌的PFGE、Lior血清型和抗菌药物耐药模式。肠病2:15·doi:10.1186/1757-4749-2-15
[212] Shi Z,Wu CH,Ben-Arieh D,Simpson S(2015)脓毒症先天免疫和适应性免疫的数学模型:传染病的建模和模拟研究。生物医药研究国际2015:504259
[213] Shou W、Bergstrom C、Chakraborty A、Skinner F(2015)《理论、模型和生物学》。eLIFE 4:e07158
[214] Sinclair C、Bains I、Yates A和Seddon B(2013),胸腺细胞不对称死亡是适应性免疫系统中CD4:CD8 T细胞比率的基础。美国国家科学院院刊110(31):E2905-2914·doi:10.1073/pnas.1304859110
[215] Singer W(2007)《理解大脑》:在研究大脑存在的器官时,我们的直觉怎么会从根本上失败?EMBO代表8:S16-S19·doi:10.1038/sj.embor.7400994
[216] Smith A,McCullers J,Adler F(2011)肺炎球菌肺部感染三阶段先天免疫反应的数学模型。《Theor生物学杂志》276(1):106-116·Zbl 1405.92148号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.01.052
[217] Smith A、Adler F、Ribeiro R、Gutenkunst R、McAuley J、McCullers J、Perelson A(2013)《A型流感病毒和肺炎链球菌的联合感染动力学》。公共科学图书馆·病理学9(3):e1003238·doi:10.1371/journal.ppat.1003238
[218] Smith D、Simon J、Baker J(2013)《纳米技术在免疫学中的应用》。Nat Rev免疫学13:592-605·doi:10.1038/nri3488
[219] Smith K、Goldberg M、Rosenthal S、Carlson L、Chen J、Chen C、Ramachandran S(2014)全球人类传染病疫情上升。J R Soc接口11:20140950·doi:10.1098/rsif.2014.0950
[220] Sneddon M,Faeder J,Emonet T(2011)使用NFsim对生物复杂性进行高效建模、模拟和粗粒度处理。自然方法8(2):177-183·doi:10.1038/nmeth.1546
[221] Spreafico R、Mitchell S、Hoffmann A(2015)《培养21世纪免疫学家》。趋势免疫学36(5):283-285·doi:10.1016/j.it.2015.04.001
[222] Stengel R(2008)人类免疫缺陷病毒的突变和控制。数学生物化学213:93-102·Zbl 1139.92310号 ·doi:10.1016/j.mbs.2008.03.002
[223] Stirk E,Molina-París C,van den Berg H(2008)T细胞库中的随机生态位结构和多样性维持。《Theor生物学杂志》255:237-249·Zbl 1400.92174号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2008.07.017
[224] Strbo N,Yin N,Stojadinovic O(2014)创伤上皮化中的先天性和适应性免疫反应。高级伤口护理(新罗谢尔)3(7):492-501·doi:10.1089/伤员2012.0435
[225] Su B,Zhou W,Dorman K,Jones D(2009)组织免疫反应的数学模型。计算数学方法医学10(1):9-38·Zbl 1317.92044号 ·doi:10.1080/17486700801982713
[226] Sun T,Adra S,Smallwood R,Holcombe M,MacNeil S(2009)使用人类表皮的三维计算多尺度模型探索TGF-β1在表皮伤口愈合中的作用假设。《公共科学图书馆·综合》4(12):e8515·doi:10.1371/journal.pone.0008515
[227] Sun T,Adra S,Smallwood R,Holcombe M,MacNeil S(2009)使用人类表皮的三维计算多尺度模型探索TGF-b1在表皮伤口愈合中作用的假设。公共科学图书馆·综合4(12):e8515·doi:10.1371/journal.pone.0008515
[228] Tan J,Pan R,Qiao L,Zou X,Pan Z(2012)病毒触发先天免疫信号通路的建模和动力学分析。公共图书馆·综合频道7(10):e48114·doi:10.1371/journal.pone.0048114
[229] Tan J,Zou X(2015)异常先天免疫反应的最优控制策略。《计算数学方法医学》2015:16。doi:10.1155/2015/386235·Zbl 1344.92105号
[230] Tay S、Hughey J、Lee T、Lipniacki T、Quake S、Covert M(2010)单细胞NF-κB动力学揭示了数字激活和模拟信息处理。国家通讯466:267-271·doi:10.1038/nature09145
[231] Thagard P(1988)计算科学哲学。麻省理工学院出版社,剑桥
[232] Thorne B、Bailey A和Pierce S(2007)将实验与基于多细胞代理的建模结合起来研究生物组织模式。生物信息简介8(4):245-257·数字对象标识代码:10.1093/bib/bbm024
[233] Tian T,Smith-Miles K(2014)GATA-开关调节造血干细胞分化的数学模型。BMC系统生物学8(1):S8·doi:10.1186/1752-0509-8-S1-S8
[234] Tóth A,Brózik A,Szakács G,Sarkadi B,Hegedüs T(2015)一个描述化学免疫系统中适应性细胞药物代谢和毒性的新数学模型。公共科学图书馆·综合10(2):e0115533·doi:10.1371/journal.pone.0115533
[235] van den Dool C,de Boer R(2006)年龄、胸腺切除术和HIV感染对原始T细胞中α和βTCR切除环的影响。免疫学杂志177:4391-4401·doi:10.4049/jimmunol.177.7.4391
[236] Verdijk P、Aarntzen E、Lesterhuis W、Boullart A、Kok E、van Rossum M、Strijk S、Eijckeler F、Bonenkamp J、Jacobs J、Blokx W、Vankrieken J、Joosten I、Boerman O、Oyen W、Adema G、Punt C、Figdor C、de Vries I(2009)少量树突状细胞迁移到淋巴结的T细胞区,但在黑色素瘤患者中具有较高的免疫激活潜能。临床癌症研究15:2531-2540·doi:10.1158/1078-0432.CCR-08-2729
[237] Villar S、Bowden J、Wason J(2015)《临床试验的优化设计:益处和挑战》。统计科学30(2):199-215·Zbl 1332.62267号 ·doi:10.1214/14-STS504
[238] Vodovotz Y、Chow C、Bartels J、Lagoa C、Prince J、Levy R、Kumar R、Day J、Rubin J、Constantine G、Billiar T、Fink M、Clermont G(2006)动物急性炎症电子模型。冲击26(3):235-244·doi:10.1097/01.shk.0000225413.13866.fo
[239] Vodovotz Y、Constantine G、Rubin J、Csete M、Voit E、An G(2008)《炎症的机械模拟:现状和未来展望》。数学生物科学217:1-10·Zbl 1158.92318号 ·doi:10.1016/j.mbs.2008.07.013
[240] Wang Y,Paszek P,Horton C,Yue H,White M,Kell D,Muldoon M,Broomhead D(2012)模型NF-[kappa\]κB信号通路对TNF-[alpha\]α刺激反应的系统研究。《Theor生物学杂志》297:137-147·Zbl 1336.92029号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.12.014
[241] Wares J、Crivelli J、Yun CO、Choi IK、Gevertz J、Kim P(2015)免疫刺激溶瘤病毒治疗与树突状细胞注射相结合的治疗策略。数学生物科学工程12(6):1237-1256·Zbl 1326.92045号 ·doi:10.3934/mbe.2015.12.1237
[242] Webb S,Owen M,Byrne HM,Murdoch C,Lewis C(2007),基于巨噬细胞的抗癌治疗:建立不同肿瘤靶向模式的模型。《公牛数学生物学》69(5):1747-1776·兹比尔1298.92054 ·doi:10.1007/s11538-006-9189-2
[243] Wendelsdorf K、Bassaganya-Riera J、Bisset K、Eubank S、Hontecillas R、Marathe M(2011)《ENteric Immulation SImulator:肠道免疫病理学的电子研究工具》。2011年IEEE生物信息学和生物医学国际会议(BIBM)。IEEE,第462-469页
[244] Williams R、Timmis J、Qwarnstrom E(2014)NF-κB信号通路的计算模型。计算2:131-158·doi:10.3390/computation2040131
[245] Winter D,Jung S,Amit I(2015)《染色质分析案例:研究免疫调节景观的新工具》。Nat Rev免疫学15:585-594·doi:10.1038/nri3884
[246] Wylie D,Das J,Chakraborty A(2007)T细胞对抗原和拮抗的敏感性来自同一分子信号模块的差异调节。美国国家科学院院刊104(13):5533-5538·doi:10.1073/pnas.0611482104
[247] Yang Q,Berthiaume F,Androulakis I(2011)热损伤诱导急性炎症的定量模型。数学生物科学229:135-148·Zbl 1208.92035号 ·doi:10.1016/j.mbs.2010.08.003
[248] Yilmaz Z、Kofahl B、Beaudette P、Baum K、Ipenberg I、Weih F、Wolf J、Dittmar G、Scheidereit C(2014)NF-\[kappa\]κB p100-p105模块的定量解剖和建模揭示了相互依赖的前体蛋白水解。细胞代表9:1756-1769·doi:10.1016/j.celrep.2014.11.014
[249] Yoshida K、Maekawa T、Zhu Y、Renard-Guillet C、Chatton B、Inoue K、Uchiyama T、Ishibashi KI、Yamada T、Ohno N、Shirahige K、Okada-Hatakeyama M、Ishii S(2015)。转录因子ATF7介导参与先天免疫记忆的巨噬细胞中脂多糖诱导的表观遗传变化。自然免疫学16:1034-1043·doi:10.1038/ni.3257
[250] Zaitseva N,Kiryanov D,Lanin D,Chigvintsev V(2014)技术成因化学因素影响下免疫和神经内分泌系统相互调节的数学模型。计算数学方法医学2014:12。doi:10.1155/2014/492489·Zbl 1307.92102号
[251] Zheng H,Jin B,Henrickson S,Perelson A,von Andrian U,Chakraborty A(2008)抗原数量和质量决定淋巴组织中T细胞的决定。分子细胞生物学28(12):4040-4051·doi:10.1128/MCB.00136-08
[252] Zinkernagel R(2005)《免疫学和感染免疫:一般规则》。计算机应用数学杂志184:4-9·Zbl 1073.92024号 ·doi:10.1016/j.cam.2005.02.005
[253] Zolnik B、Gonzáles-Fernández A、Sadrieh N、Dubrovolskaia M(2010)《微观评论:纳米颗粒和免疫系统》。内分泌151(2):458-465·doi:10.1210/en.2009-1082
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。