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G.伯诺。;J.-P.科姆特。;哈里斯，Z。;A.理查德。;O.罗克斯。

经过基因改造的霍尔逻辑。 （英语） Zbl 1423.68163号

西奥。计算。科学。 765, 145-157 (2019).
摘要：建模基因网络时的一个重要问题在于参数的识别，即使使用像勒内·托马斯（RenéThomas）这样的离散框架也是如此。在本文中，我们提出了一种基于Hoare逻辑的新方法，用于生成参数值的约束。观测行为的规范所起的作用与经典霍尔逻辑中的程序相当，并且推导出的最弱的先决条件表征了所有兼容参数集，表示为参数约束。除了自然和简单之外，我们的霍尔逻辑方法非常强大，除其他外，它还允许人们表达生物学家的外部干预在期间击倒等实验。在补充材料中，我们给出了基因网络Hoare逻辑的可靠性证明，以及基于最弱前提概念的完整性和可判定性证明。

引用于2文件

MSC公司：

2005年第68季度 计算模型（图灵机等）（MSC2010）
03B70号 计算机科学中的逻辑
92立方厘米 系统生物学、网络

关键词：

霍尔逻辑;基因调控网络;托马斯网络;参数识别;健全性和完整性

软件：

GNA公司;金西姆;利维坦
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.Bernot}等人，Theor。计算。科学。765145-157（2019年；Zbl 1423.68163）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Thomas，R.，《被视为异步自动机的监管网络：逻辑描述》，J.Theoret。生物学，153，1-23（1991）
[2] 伯纳特，G。；彗星，J.-P。；A.理查德。；Guespin，J.，《形式化方法在生物调控网络中的应用：用时序逻辑扩展托马斯的异步逻辑方法》，J.Theoret。《生物学》，229，3，339-347（2004）·Zbl 1440.92036号
[3] 马特乌斯，D。；加洛瓦，J.-P。；彗星，J.-P。；Le Gall，P.，遗传调控网络的符号建模，J.Bioninform。计算。生物学，5，2B，627-640（2007）
[4] Fanchon，E。；科尔布林，F。；特里林，L。；赫曼特，B。；Gulino，D.，《控制人类内皮细胞间粘附的分子网络建模：使用约束逻辑编程的推断和模拟》（CMSB（2004）），104-118·Zbl 1088.68819号
[5] 科尔布林，F。；特里波迪，S。；Fanchon，E。；Ropers，D。；Trilling，L.，用于分析离散遗传调控网络的声明性约束方法，生物系统，98，2，91-104（2009）
[6] Hoare，C.，计算机编程的公理基础，Commun。ACM，第12、10、576-585页（1969年）·Zbl 0179.23105号
[7] Dijkstra，E.W.，《保护命令，程序的不确定性和形式推导》，Commun。ACM，18，453-457（1975）·Zbl 0308.68017号
[8] Bernot，A.，基因组转录组和蛋白质组分析（2004），John Wiley&Sons
[9] Shen-Orr，S。；米洛·R。；Mangan，S。；Alon，U.，大肠杆菌转录调控网络中的网络基序，自然遗传学。，31, 64-68 (2002)
[10] 米洛·R。；Shen-Orr，S。；伊兹科维茨，S。；北卡罗来纳州卡什坦。；Chklovskii，D。；阿隆，U。，《网络主题：复杂网络的简单构建块》，《科学》，298824-827（2002）
[11] Hatcher，W.，程序验证的语义基础，J.Cybern。，4, 1, 61-69 (1974) ·Zbl 0315.68012号
[12] 布拉斯，A。；Gurevich，Y.，可计算循环不变量的不足，ACM Trans。计算。日志。，2, 1, 1-11 (2001) ·Zbl 1365.68315号
[13] 库索特，P。；库索特，R。；Feret，J。；Mauborgne，L。；最小，A。；Monniaux，D。；Rival，X.，《ASTREE分析仪》（Sagiv，M.，ESOP 2005《欧洲编程研讨会》，ESOP 2005The European Symposium on Programming，LNCS，vol.3444（2005），Springer），21-30·Zbl 1108.68422号
[14] 库索特，P。；库索特，R.，《抽象解释的基本概念》，（雅卡尔，R.著，《构建信息社会》（2004），克鲁沃学术出版社），359-366
[15] 库克，S.A.，《程序验证公理系统的健全性和完整性》，SIAM J.Compute。，7, 1, 70-90 (1978) ·兹比尔0374.68009
[16] Kozen，D。；Tiuryn，J.，《关于命题Hoare逻辑的完备性》，Inform。科学。，139, 3, 187-195 (2001) ·Zbl 0996.03022号
[17] 托马斯·R。；d'Ari，R.，《生物反馈》（1990），CRC出版社·Zbl 0743.92003号
[18] 托马斯·R。；考夫曼，M.，《多平稳性，细胞分化和记忆的基础》。二、。根据反馈电路对监管网络进行逻辑分析，混沌，11180-195（2001）·Zbl 0997.92012号
[19] 哈里斯，Z。；彗星，J.-P。；A.理查德。；Bernot，G.，《发现基因调控网络模型的SMBioNet方法》，《基因、基因组和基因组学》，第3期，第1期，15-22页（2009年）
[20] 托马斯·R。；Gathoye，A。；Lambert，L.，复杂控制电路。温和噬菌体的免疫调节，《欧洲生物化学杂志》。，71, 1, 211-227 (1976)
[21] Thomas，R.，《包含反馈回路的系统逻辑分析》，J.Theoret。生物学，73，4631-656（1978）
[22] 斯诺西，E。；托马斯，R.，《所有稳态的逻辑识别：反馈回路特征状态的概念》，布尔。数学。生物学，55，5，973-991（1993）·Zbl 0784.9202号
[23] 尤丹诺夫，B。；巴特·G。；Belta，C.，模型检验离散时间分段仿射系统：在基因网络中的应用，（控制会议（ECC），2007欧洲（2007），IEEE），2619-2626
[24] Khalis，Z.，Logique de Hoare et identification formelle des paramètres d'un réseau génétique（2010），埃夫里·瓦尔·德埃松大学博士论文
[25] 伯纳特，G。；彗星，J.-P。；Snoussi，H.，《应用于基因网络建模的形式化方法》，（Farinas del Cerro，L.；Inoue，K.，《生物系统的逻辑建模》，生物工程与健康科学系列（2014），ISTE&Wiley），245-289·Zbl 1294.92001年
[26] Cornillon，E.，《现代艺术素质：现代艺术与导论》（2017），蓝色海岸大学博士论文
[27] Behaegel，J.等人。；彗星，J.-P。；Bernot，G。；Cornillon，E。；Delaunay，F.，《哺乳动物细胞周期的混合模型》，J.Bioninform。计算。生物学，14，1，第1640001条，pp.（2016）
[28] Folschette，M.，《Hoare aux réseaux de régulation génétique avec multiplex的逻辑应用》（2011），ECN:法国南特，硕士论文
[29] 泰森·J。；Novak，B.，细胞周期的时间组织，Curr。生物，18，17，R759-R768（2008）
[30] Richard，A.，《异步自动机网络中的负电路和持续振荡》，《应用进展》。数学。，44, 4, 378-392 (2010) ·Zbl 1201.37117号
[31] A.理查德。；Comet，J.-P.，离散动力系统多稳态的必要条件，离散应用。数学。，155, 18, 2403-2413 (2007) ·Zbl 1125.37062号
[32] 考夫曼，M。；Urbain，J。；Thomas，R.，《朝向免疫反应的逻辑分析》，J.Theoret。《生物学》，114,4527-561（1985）
[33] 托马斯·R。；考夫曼，M.，《多平稳性，细胞分化和记忆的基础》。I&II，《混沌》，第11期，第170-195页（2001年）·Zbl 0997.92011号
[34] 德容，H。；Geiselmann，J。；赫尔南德斯，C。；Page，M.，《遗传网络分析仪：遗传调控网络的定性模拟》，生物信息学，19，3，336-344（2003）
[35] 冈萨雷斯，A。；Naldi，A。；桑切斯，L。；蒂夫里，D。；Chaouiya，C.，Ginsim:监管网络定性建模、模拟和分析的软件套件，生物系统，84，2，91-100（2006）
[36] Khoodeeram，R。；Bernot，G。；Trosset，J.-Y.，《能量代谢的Ockham剃刀模型》，（Amar，P.；KéPès，F.；Norris，V.，《系统与合成生物学进展专题研究院学报》（2017），EDP科学），81-101
[37] 费希尔，J。；Henzinger，T.，可执行细胞生物学，国家生物技术。，25, 11, 1239 (2007)
[38] 西伯特，H。；Bockmayr，A.，监管网络逻辑分析中的时间约束，理论。计算。科学。，391, 3, 258-275 (2008) ·Zbl 1133.68041号
[39] Giacobbe，M。；Guet，C。；古普塔，A。；Henzinger，T。；派索，T。；Petrov，T.，模型检验基因调控网络，（国际系统构建和分析工具和算法会议（2015），Springer），469-483·Zbl 1420.92041号
[40] Bernot，G。；彗星，J.-P。；Risso-de Faverney，C.，监管网络，（Reisfeld，B.；Mayeno，A.，计算毒理学，第二卷（2013），人类出版社：美国人类出版社），215-234
[41] 克拉纳，H。；斯特雷克，A。；萨夫拉内克，D。；科尔查克，J。；Siebert，H.，Thomas网络的参数识别和模型排名，（系统生物学中的计算方法（2012），Springer），207-226
[42] Reynolds，M.，LTL的传统树型画面，URL
[43] 贝特洛，M。；Gigante，N。；Montanari，A。；Reynolds，M.，Leviathan:基于单程树形表的新LTL可满足性检查工具，（IJCAI（2016）），950-956
[44] Peleg，D.，并发动态逻辑，J.ACM，34，2，450-479（1987）·Zbl 0645.03021号
[45] Hennessy，M.，《过程代数理论》（1988），麻省理工学院出版社·Zbl 0744.68047号
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