罗伯托·巴布蒂;安德烈亚·马吉奥洛·谢蒂尼;保罗·米拉佐;乔瓦尼·帕迪尼 循环序列的空间演算。 （英语） Zbl 1230.92002年 西奥。计算。科学。 412，第43号，5976-6001（2011）. 小结：本文介绍了空间CLS，它是循环序列微积分（CLS）的扩展，具有空间特征。空间CLS允许随着时间的推移跟踪生物元素在连续空间（2D或3D）中的位置。可以精确地描述元素在空间中的移动，当满足位置约束时，元素可以相互作用，例如，如果两个元素足够接近。对于CLS，可以在语法中直接建模膜及其内部元素。空间CLS允许描述元素和膜所占的空间。不同对象占用的空间始终保持不相交。该约束的有效性始终由演算的语义来保证。为了对特定行为建模，建模者可以提供一种算法，在空间冲突的情况下重新排列对象的位置。作为CLS的扩展，Spatial CLS基于重写规则提供了一种简单而强大的语法，用于描述系统元素之间可能的反应。此外，重写规则被赋予一个随机反应速率参数。空间CLS的目的是更准确地描述那些行为取决于元素的准确位置的生物过程。作为微积分的应用示例，我们提出了一个细胞增殖模型和铜绿假单胞菌群体感应过程模型。 引用于8文件 MSC公司： 92英镑05 普通生物学和生物数学 2012年第68季度 语法和重写系统 92-04 生物学相关问题的软件、源代码等 关键词：循环序列演算;空间建模;系统生物学 软件：P-语言;Psim公司;棱镜;生物SPI PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{R.Barbuti}等人，Theor。计算。科学。412，第43号，5976--6001（2011；Zbl 1230.92002） 全文： 内政部 参考文献： [1] 柯蒂，M。；Degano，P。；Priami，C。；Baldari，C.T.，通过增强微积分模拟生物化学途径，Theoret。计算。科学。，325111-140（2004年）·Zbl 1071.68074号 [2] 雷格夫，A。；西尔弗曼。；Shapiro，E.Y.，使用pi-calculus过程代数表示和模拟生化过程，（太平洋生物计算研讨会论文集（2001）），459-470 [3] 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