×

用于分析生物系统的时间并发约束编程。 (英语) Zbl 1277.68188号

Busi,Nadia(编辑)等人,《膜计算和生物启发过程计算第一次研讨会论文集》(MeCBIC 2006),S.Servolo,意大利威尼斯,2006年7月9日。阿姆斯特丹:爱思唯尔。《理论计算机科学电子笔记》171,第2期,117-137页(2007年)。
摘要:我们提出了第一种使用ntcc公司,一个并发约束过程演算。我们认为部分信息构成了ntcc(国家输电公司)可以为此类系统提供合适的语言。我们还说明了如何ntcc(国家输电公司)可以为生物系统的分析提供一个统一的框架,因为可以使用微积分提供的元素来描述、模拟和验证生物系统。
关于整个系列,请参见[Zbl 1273.68017号].

MSC公司:

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法(进程代数、互模拟、转换网等)
60年第68季度 规范和验证(程序逻辑、模型检查等)
第92页第42页 系统生物学、网络
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 安东尼奥蒂,M。;C.广场。;Policriti,A。;西蒙,M。;Mishra,B.,《通过相互模拟和崩溃控制生化模型的复杂性:理论与实践》,Theor。计算。科学。,325, 1, 45-67 (2004) ·Zbl 1070.68059号
[2] A.Arbeláez、J.Gutiérrez、C.Olarte和C.Rueda。建模、模拟和验证遗传调控网络的通用框架。程序。第32届拉丁美洲信息学会议(CLEI 2006); A.Arbeláez、J.Gutiérrez、C.Olarte和C.Rueda。建模、模拟和验证遗传调控网络的通用框架。程序。第32届拉丁美洲信息学会议(CLEI 2006)
[3] ntccSim:一个用于定时并发进程的模拟工具(2006),可在
[4] Bockmayr,A。;Courtois,A.,使用混合并发约束编程对动态生物系统建模,(Stuckey,Peter J.,ICLP,ICLP,LNCS,第2401卷(2002),Springer),85-99·Zbl 1045.68527号
[5] A.Bockmayr、A.Courtois、D.Eveillard和M.Vezain。建立和分析HIV-1 RNA选择性剪接的综合模型。在Danos和Schächter[9]中;A.Bockmayr、A.Courtois、D.Eveillard和M.Vezain。建立和分析HIV-1 RNA选择性剪接的综合模型。在Danos和Schächter[9]·Zbl 1088.93501号
[6] L.Calzone、N.Chabrier-Rivier、F.Fages和S.Soliman。从时序逻辑属性中机器学习生化网络。计算系统生物学汇刊; L.Calzone、N.Chabrier-Rivier、F.Fages和S.Soliman。从时序逻辑属性中机器学习生化网络。计算系统生物学汇刊
[7] L.Cardelli。Brane Calculi公司。在Danos和Schächter[9]中;L.Cardelli。Brane Calculi公司。在Danos和Schächter[9]·Zbl 1088.68657号
[8] Danos,V。;Laneve,C.,正式分子生物学,Theor。计算。科学。,325, 1, 69-110 (2004) ·Zbl 1071.68041号
[9] (Danos,V.;Schächter,V.,《系统生物学中的计算方法》,系统生物学中计算方法,2004年CMSB国际会议,法国巴黎,2004年5月26-28日。系统生物学中的计算方法。系统生物学中的计算方法,CMSB 2004国际会议,法国巴黎,2004年5月26日至28日,LNCS,第3082卷(2005),Springer),修订论文集·Zbl 1059.68002号
[10] Eveillard,D。;Ropers,D。;德容,H。;布兰兰特,C。;Bockmayr,A.,选择性剪接调控的多尺度约束规划模型,Theor。计算。科学。,325, 1, 3-24 (2004) ·Zbl 1071.68099号
[11] 古普塔,V。;Jagadeesan,R。;萨拉斯瓦特,V.A。;Bobrow,D.G.,混合约束语言编程,(Antsaklis,P.J.;Kohn,W.;Nerode,A.;Sastry,S.,hybrid Systems.hybrid-Systems,LNCS,第999卷(1994),Springer),226-251
[12] Van Hentenryck,P。;萨拉斯瓦特,V。;Deville,Y.,约束语言的设计、实现和评估cc(FD),(约束编程。约束编程,LNCS,卷910(1994),施普林格),293-316·Zbl 0920.68026号
[13] 米什拉,B。;安东尼奥蒂,M。;Paxia,S。;Ugel,N.,Simpathica:Valis生物信息学环境中的计算系统生物学工具,(Eiles,E.;Kriete,A.,计算系统生物学(2005),Elsevier)
[14] 尼尔森,M。;帕拉米德斯,C。;Valencia,F.,《时间并发约束编程:表示、逻辑和应用》,《北欧计算杂志》,第9期,第145-188页(2002年)·Zbl 1018.68019号
[15] C.Priami和P.Quaglia。生物相互作用用β粘合剂。在Danos和Schächter[9]中;C.Priami和P.Quaglia。生物相互作用用β粘合剂。在Danos和Schächter[9]·Zbl 1088.68646号
[16] 雷格夫,A。;Panina,E.M。;西尔弗曼。;Cardelli,L。;Shapiro,E.,《生物环境:生物隔间的抽象》,Theor。计算。科学。,325, 1, 141-167 (2004) ·兹比尔1069.68569
[17] 雷格夫,A。;Shapiro,E.,《细胞作为计算》,《自然》,419343(2002年9月)
[18] 雷格夫,A。;Shapiro,E.,作为生物分子系统抽象的π演算,(分子生物学建模。分子生物学建模,自然计算系列(2004),Springer),219-266
[19] V.Saraswat、M.Rinard和P.Panangaden。并发约束编程的语义基础。91年流行; V.Saraswat、M.Rinard和P.Panangaden。并发约束编程的语义基础。91年流行
[20] Scheiner-Bobis,G.,《钠泵:其分子特性和离子传输力学》,欧洲。生物化学杂志。,269, 2424-2433 (2002)
[21] Valencia,F.,无限状态定时CCP过程和一阶LTL的可决定性,Theor。计算。科学。,3303577-607(2005年)·Zbl 1078.68110号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。