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宏基因组学使用读-覆盖图对长读进行装箱。 (英语) Zbl 1496.92055号

金玲玲(编辑)等,比较基因组学。第19届国际会议,RECOMB-CG 2022,美国加利福尼亚州拉霍亚,2022年5月20日至21日。诉讼程序。查姆:施普林格。莱克特。注释计算。科学。13234, 260-278 (2022).
摘要:宏基因组测序可以直接研究微生物群落,揭示诸如分类和物种相对丰度等重要信息。宏基因组分类有助于将这些遗传物质分离为不同的分类群。由于读取长度的增加,从第二代测序技术转移到第三代测序方法可以在组装之前将读取数据分为binning。现有的长读装箱工具数量有限,但单个长读的覆盖率估计仍不可靠,在恢复低丰度物种方面面临挑战。在本文中,我们提出了一种使用读覆盖图对二进制长读进行装箱的新方法。读覆盖图(1)能够快速可靠地估计单个长读的覆盖范围;(2) 允许将读取之间的重叠信息合并到装箱过程中;(3) 有助于对不同丰度物种的长读数进行更统一的采样。实验结果表明,我们的新binning方法在长读取时产生了更好的binning结果,并产生了更好地组合,特别是在恢复低丰度物种时。源代码和功能谷歌Colab笔记本可在https://www.github.com/anuradhawick/oblr网址.
关于整个系列,请参见[Zbl 1492.92002年].

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
92-08 生物问题的计算方法
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全文: 内政部

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