刘兴昌;杨晓凡;唐、袁燕 基于DNA计算的最优线性排列问题的分子解。 （英语） Zbl 1348.92058号 数学杂志。化学。 44，第1期，172-183（2008）. 摘要：由于大规模并行、巨大的内存存储和极低的能耗，人们建议使用生物分子操作来解决各种NP-hard问题，这些问题超出了已知最快的数字计算机的能力。最优线性排列（OLA）问题是一个著名的NP-hard组合优化问题。基于DNA计算模型，本文描述了一种新的OLA问题算法，该算法在O（n^{3}\log中执行_{2} n个)\)在\（（nK+n+m+L+1）\）位DNA链的管上进行DNA操作，其中\（K=[\log_{2} n个]\)和（L=[\log_{2}（nm）]+1）。随着分子生物学技术的进步，该算法可能具有实用性。 MSC公司： 92C40型 生物化学、分子生物学 92-08 生物学问题的计算方法 90立方厘米27 组合优化 关键词：DNA计算;DNA算法;Adleman-Lipton贴纸型号;最优线性排列问题;NP-hardness（NP-hardeness） PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{X.Liu}等人，J.Math。化学。44，编号1，172--183（2008；Zbl 1348.92058） 全文： 内政部 参考文献： [1] Adleman L.M.（1994）。组合问题解的分子计算。科学2661021–1024·doi:10.1126/science.7973651 [2] Lipton R.J.（1995）。硬计算问题的DNA解决方案。科学268、542–545·doi:10.1126/science.7725098 [3] 欧阳庆、卡普兰P.D.、刘S.、利查伯A.（1997）。最大团问题的DNA解。科学278、446–449·doi:10.1126/science.278.5337.446 [4] Roweis S.、Winfree E.、Burgoyne R.、Chelyapov N.V.、Goodman M.F.、P.W.Rothemund K.、Adleman L.M.（1998）。基于标签的DNA计算模型。J.计算。生物学5615–629·兹比尔0919.68027 ·doi:10.1089/cmb.1998.5.615 [5] Smith L.M.、Corn R.M.、Condon A.E.、Lagally M.G.、Frutos A.G.、Liu Q.、Thiel A.J.（1998）。一种基于表面的DNA计算方法。J.计算。生物学5，255–267·doi:10.1089/cmb.1998.5.255 [6] Winfree E.、Liu F.、Wenzler L.A.、Seeman N.C.（1998年）。二维DNA晶体的设计和自组装。自然394，539–544·doi:10.1038/28998 [7] Sakamoto K.、Gouzu H.、Komiya K.、Kiga D.、Yokoyama S.、Yokomori T.、Hagiya M.（2000）。通过DNA发夹形成进行分子计算。科学2881223-1226·doi:10.1126/science.288.5469.1223 [8] 巴赫·E.、康顿·A.、格拉泽·E.、汤加·C.（1998）。NP完全问题的DNA模型和算法。J.公司。系统。科学。57, 172–186 ·Zbl 0921.68028号 ·doi:10.1006/jcss.1998.1586 [9] Liu Q.，Wang L.，Frutos A.G.，Condon A.E.，Corn R.M.，Smith L.M.（2000）。表面DNA计算。自然403，175–179·数字对象标识代码：10.1038/35001232 [10] Shin S.-Y.，B.-T.Zhang，S.-S.Jun，使用分子编程解决旅行推销员问题。进化计算大会议事录（1999）994–1000 [11] 肖德，李伟，张忠，何磊（2005）。解决Adleman-Lipton模型中的最大切割问题。生物系统82、203–207·doi:10.1016/j.biosystems.2005.06.009 [12] 杨春娜，杨春柏（2005）。用改进的贴纸模型求解SAT问题。生物系统81，1-9·doi:10.1016/j.biosystems.2005.01.001 [13] Yeh C.-W.、Chu C.-P.、Wu K.-R.（2006）。基于DNA计算的二进制整数规划问题的分子解。生物系统83、56–66·doi:10.1016/j.biosystems.2005.09.005 [14] Zimmermann K.-H.（2002）。NP完全图问题的有效DNA标签算法。公司。物理学。Commun公司。144, 297–309 ·Zbl 1001.68092号 ·doi:10.1016/S0010-4655（02）00270-9 [15] 阿道夫森·D·胡·T·C（1973）。最佳线性排序。SIAM J.Appl。数学。25(3): 403–423 ·Zbl 0274.90061号 ·数字对象标识代码：10.1137/0125042 [16] Harper L.H.（1964年）。顶点的最佳数字分配。《社会工业杂志》。申请。数学。12（1）：131–135·Zbl 0222.94004号 ·doi:10.1137/0112012 [17] Bhasker J.，Sahni S.（1987年）。电路元件的最佳线性排列。J.超大规模集成电路组件。系统。2(1–2): 87–109 ·Zbl 0639.94025号 [18] Cheng C.K.（1987）。线性布局算法及其在超大规模集成电路设计中的应用。网络17（4）：439–464·Zbl 0642.90059号 ·doi:10.1002/net.3230170406 [19] Díaz J.、Petit J.、Serna M.（2002年）。图形布局问题综述。ACM计算调查34（3）：313–356·数字对象标识代码：10.1145/568522.568523 [20] Lin W.-L.、Sarrafzadeh M.（1995）。应用程序的线性排列问题。1995年IEEE国际交响乐系统（ISCAS’95）1，57–60 [21] Karp R.M.，绘制基因组：分子生物学中出现的一些组合问题。第25届ACM计算理论研讨会论文集278–285（1993）·Zbl 1310.92022号 [22] Shahrokhi F.、Sỳkora O.，Sźekly L.A.，Vrto I.（2001）。关于二部图和线性排列问题。SIAM J Comp 30（6）：1773–1789年·Zbl 0980.68080号 ·网址：10.1137/S0097539797931671 [23] Garey M.R.，Johnson D.S.，《计算机与不可修复性：NP-完备性理论指南》（Freeman，旧金山，加利福尼亚州，1979年）·Zbl 0411.68039号 [24] 甚至S.、Shiloach Y.、NP-几个排列问题的完备性。技术报告#43（以色列海法Technion计算机科学部，1975年） [25] Horton S.，最优线性排列问题：算法和近似。（乔治亚理工学院博士论文，1997年） [26] McAllister A.J.，线性排列问题的一种新的启发式算法。技术报告99 126a（新不伦瑞克大学计算机科学学院，1999年） [27] Poranen T.（2005）。求解最优线性排列问题的遗传爬山算法。Foudamenta信息68（4）：333–356·Zbl 1098.68119号 [28] Brenneman A.、Condon A.（2002年）。用于生物分子计算的绞线设计。西奥。公司。科学。287, 39–58 ·Zbl 1061.68051号 ·doi:10.1016/S0304-3975（02）00135-4 [29] Gaborit P.，King O.D.（2005年）。DNA编码的线性构造。西奥。公司。科学。334(1–3): 99–113 ·Zbl 1080.68034号 ·doi:10.1016/j.tcs.2004.11.004 [30] Marathe A.、Condon A.E.、Corn R.M.（2001年）。关于组合DNA单词设计。J.计算。生物8（3）：201–220·Zbl 0969.68070号 ·doi:10.1089/10665270152530818 [31] D.Boneh，R.J.Lipton，《使DNA计算机抗错误》。第二届DNA计算DIMACS年会论文集102–110（1996） [32] R.M.Karp、C.Kenyon、O.Warts，《容错DNA计算》。第七届ACM-SIAM离散算法研讨会论文集458–467（1997）·Zbl 0846.68034号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。