范·埃尔塞尔，利奥;查尔斯·森普尔;钢铁，迈克 量化避免“伊甸园基因组”所需的横向基因转移程度。 （英语） Zbl 1202.92068号 牛市。数学。生物。 72，第7期，1783-1798（2010）. 摘要：不同物种中许多基因存在和缺失的复杂模式为基因如何通过基因发生、基因丢失和横向基因转移（LGT）过程进化提供了诱人的线索。LGT的范围，特别是在原核生物中，以及它对创建“生命网络”而非“生命树”的意义，存在争议。我们对LGT量化问题进行了形式化建模，并提供了准确的数学界和新的计算结果。特别是，我们研究了在基因发生、丢失和转移的简单模型下量化LGT程度的计算复杂性，这是最近对生物数据进行启发式分析所依赖的。我们的方法利用了LGT优化和图形理论概念（如树宽和网络流）之间的关系。 MSC公司： 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 05C90年 图论的应用 65C20个 概率模型，概率统计中的通用数值方法 关键词：树;系统发育网络;横向基因转移;树的宽度 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{L.Van Iersel}等人，公牛。数学。生物学72，第7期，1783-1798（2010；Zbl 1202.92068） 全文： 内政部 arXiv公司 参考文献： [1] Andersson，J.O.，2005年。真核生物中的横向基因转移。细胞。分子生命科学。62(11), 1182–1197. ·数字对象标识代码：10.1007/s00018-005-4539-z [2] Dagan，T.，Martin，W.，2007年。祖先基因组大小规定了原核生物进化过程中横向基因转移的最小速率。程序。国家。阿卡德。科学。美国104、870–875·doi:10.1073/pnas.0606318104 [3] Dagan，T.，Artzy-Randrup，Y.，Martin，W.，2008年。模块化网络和原核生物基因组进化中横向转移的累积影响。程序。国家。阿卡德。科学。美国105、10039–10044·doi:10.1073/pnas.0800679105 [4] Diestel，R.，2006年。图论，第三版。柏林施普林格·Zbl 1086.05001号 [5] 杜立德，W.F.，巴普泰斯特，E.，2007年。模式多元化与生命之树假说。程序。国家。阿卡德。科学。美国104、2043–2049·doi:10.1073/pnas.0610699104 [6] Doolittle，W.F.，Boucher，Y.，Nesboy，C.，Douady，C.J.，Andersson，J.O.，Roger，A.J.，2003年。核基因组中哪些细胞器基因只是一个冰山一角，冰山有多大？菲洛斯。事务处理。R.Soc.B 358，39–58·doi:10.1098/rstb.2002.1185 [7] Goldberg，A.V.，Rao，S.，1998年。超出流动分解屏障。美国医学会期刊45（5），783–797·Zbl 1064.90567号 ·doi:10.1145/290179.290181 [8] Even，S.，Itai，A.，Shamir，A.，1972年。关于时间表的复杂性和多商品流动问题。SIAM J.计算。1(2), 188–202. ·Zbl 0265.68031号 ·数字对象标识代码：10.1137/0201014 [9] Felsenstein，J.，2004年。推断系统发育。桑德兰西诺出版社。 [10] Fortune，S.、Hopcroft，J.、Wyllie，J.，1980年。有向子图同胚问题。西奥。计算。科学。10, 111–121. ·Zbl 0419.05028号 ·doi:10.1016/0304-3975（80）90009-2 [11] Gusfield，D.，Eddhu，S.，Langley，C.，2004年。利用约束重组优化、高效地重建系统发育网络。J.生物信息。计算。生物学2，173-213·doi:10.1142/S0219720004000521 [12] Jin，G.、Nakhleh，L.、Snir，S.、Tamir，T.，2007年。用最大简约标准推断系统发育网络：一个案例研究。分子生物学。进化。24, 324–337. ·doi:10.1093/molbev/msl163 [13] Kimura，M.，1983年。中性进化论。剑桥大学出版社，剑桥·Zbl 0543.92013号 [14] Mirkin，B.G.，Fenner，T.I.，Galperin，M.Y.，Koonin，E.V.，2003年。计算基因组进化的简约进化场景的算法，最后一个普遍的共同祖先和原核生物进化中横向基因转移的优势。BMC演变。生物学3，2·数字对象标识代码：10.1186/1471-2148-3-2 [15] Spencer，M.，Susko，E.，Roger，A.J.，2006年。原核生物基因含量建模。进化。生物信息学。在线2157-178。 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。