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Chris D.Greenman。；卢卡·潘索·多芬；吴道阳

无限位点模型下基因组重排组合的复杂性。 （英语） Zbl 1455.92096号

J.西奥。生物。 501，文章ID 110335，12 p.（2020）.
摘要：重排是指DNA的离散片段被删除、复制并插入新位置的离散过程。这种结构的序列称为重排进化，导致DNA排列混乱，这在癌症基因组中常见。我们引入了一种方法，该方法允许我们精确计算一系列过程的这些不同演化，包括断裂-融合-桥接-循环、串联-复制、反向复制、反转、换位和缺失，表明重排演化的空间在大小上是超指数的。这些计数假定具有唯一断点使用的无限站点模型。

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

重新安排；复杂性；组合学；癌症
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.D.Greenman}等人，J.Theor。生物学501，文章ID 110335，12 p.（2020；Zbl 1455.92096）
全文： 内政部 链接

参考文献：

[1] 阿提，O。；亲爱的A.E。；Yancopoulos，S.，《断点重用的兴衰取决于基因组分辨率》（BMC生物信息学，第12卷（2011年），Springer），S1
[2] Bader，D.A。；莫雷特，B.M。；Yan，M.，通过实验研究计算有符号排列之间的反演距离的线性时间算法，J.Comput。《生物学》，8，5，483-491（2001）
[3] 巴弗纳，V。；Pevzner，P.，按tanspositions排序排列，（第六届ACM-SIAM离散算法年会论文集（1995）），614-623·Zbl 0846.92007号
[4] 巴弗纳，V。；Pevzner，P.A.，基因组重排和反转排序，SIAM J.Compute。，252272-289（1996年）·Zbl 0844.68123号
[5] 巴弗纳，V。；佩夫兹纳，P.A.，《换位排序》，SIAM J.离散数学。，11, 2, 224-240 (1998) ·Zbl 0973.92014号
[6] Benson，G。；Dong，L.，（ISMB（1999）），44-53
[7] Bergeron，A.，Chauve，C.，Hartman，T.，St-Onge，K.，2002年。关于排序有符号置换的反转序列的性质，见：《JOBIM会议录》，第2卷，Citeser，第99-108页。
[8] Bertrand，D。；Lajoie，M。；El-Mabrouk，N.，《推断串联排列基因家族的祖先基因顺序》，J.Compute。生物学，15，8，1063-1077（2008）
[9] 巴蒂亚，S。；埃格里·纳吉，A。；Francis，A.R.，《代数双截与连接》，J.Math。生物学，71，5，1149-1178（2015）·Zbl 1355.92041号
[10] Bignell，G.R。；Santarius，T。；Pole，J.C。；巴特勒，A.P。；佩里，J。；Pleasance，E。；格林曼，C。；Menzies，A。；泰勒，S。；Edkins，S.，《人类癌症扩增子在序列级分辨率下的体细胞基因组重排结构》，《基因组研究》，17，9，1296-1303（2007）
[11] Bignell，G.R。；格林曼，C.D。；戴维斯，H。；巴特勒，A.P。；Edkins，S。；安德鲁斯，J.M。；巴克·G。；Chen，L。；Beare博士。；Latimer，C.，《癌症基因组中突变和选择的特征》，《自然》，4637283893（2010）
[12] 比勒，P。；盖根，L。；刀，C。；Tannier，E.，《突破性好：在重排距离估计中解释基因组区域的脆弱性》，基因组生物学。演变。，8, 5, 1427-1439 (2016)
[13] 亲爱的A.E。；米克洛斯，I。；Ragan，M.A.，细菌种群基因组重排动力学，《公共科学图书馆·遗传学》，2008年第4期、第7期
[14] Elemento，O。；Gascuel，O。；Lefranc，M.-P.，重建串联重复基因的复制历史，分子生物学。演变。，19, 3, 278-288 (2002)
[15] El-Mabrouk，N.，通过反转和相邻片段的插入/删除进行基因组重排，（组合模式匹配年度研讨会（2000年），Springer），222-234·Zbl 0964.92030
[16] Fertin，G。；拉巴雷，A。；Rusu，I。；Vialette，S。；Tannier，E.，《基因组重排组合学》（2009），麻省理工学院出版社·Zbl 1170.92022号
[17] Gascuel，O。；亨迪，医学博士。；Jean-Marie，A。；McLachlan，R.，《串联重复树的组合学》，系统。《生物学》，52，1，110-118（2003）
[18] 格林曼，C.D。；Pleasance，E.D。；纽曼，S。；杨，F。；Fu，B。；Nik-Zainal，S。；琼斯，D。；Lau，K.W。；卡特，N。；Edwards，P.A.，癌症基因组重排系统发育评估，基因组研究，22，2，346-361（2012）
[19] 格林曼，C。；库克，S。；马歇尔，J。；斯特拉顿，M。；Campbell，P.，用随机折叠过程建模断裂融合桥循环的演化空间，J.Math。《生物学》，72，1-2，47-86（2016）·Zbl 1337.92159号
[20] Hannenhalli，S。；Pevzner，P.A.，《将卷心菜转化为萝卜：通过反转排序有符号排列的多项式算法》，J.ACM（JACM），46，1，1-27（1999）·兹比尔1064.92510
[21] 赫尔姆·R·A。；Lee，A.G。；Christman，H.D。；Maloy，S.，沙门氏菌rrn操纵子的基因组重排，遗传学，165,3951-959（2003）
[22] 卡普兰，H。；沙米尔，R。；Tarjan，R.E.，通过反转对有符号排列进行排序的一种更快、更简单的算法，SIAM J.Compute。，29, 3, 880-892 (2000) ·Zbl 1112.68405号
[23] Kimura，M.，由于稳定的突变通量，在有限的人群中保持杂合核苷酸位点的数量，遗传学，61，4，893（1969）
[24] Kinsella，M。；Bafna，V.，《断裂熔合桥机制的组合数学》，J.Compute。生物学，19，6，662-678（2012）
[25] 马，J。；Ratan，A。；B.J.雷尼。；苏，B.B。；Miller，W。；Haussler，D.，基因组进化的无限位点模型，Proc。美国国家科学院。科学。，105, 38, 14254-14261 (2008)
[26] McBride，D.J。；Etemadmoghadam，D。；库克，S.L。；Alsop，K。；乔治·J。；巴特勒，A。；Cho，J。；Galappaththige，D。；格林曼，C。；Howarth，K.D.，染色体片段的串联复制在卵巢癌和乳腺癌基因组中很常见，J.Pathol。，227, 4, 446-455 (2012)
[27] McClintock，B.，玉米染色体断裂端的稳定性，遗传学，26，2，234-282（1941）
[28] Meidanis，J。；Dias，Z.，基因组重排的另一种代数形式，（比较基因组学（2000），Springer），213-223·Zbl 1137.92341号
[29] Nye，T.M.，《多基因家族进化建模》，《统计方法医学研究》，18，5，487-504（2009）
[30] Penso-Dolfin，L。；Wu，T。；Greenman，C.D.，《串联复制组合学》，离散应用。数学。，194，1-22（2015年）·Zbl 1319.05009号
[31] 佩夫兹纳，P。；Tesler，G.，人类和小鼠基因组序列揭示了哺乳动物进化中广泛的断点重复使用，Proc。美国国家科学院。科学。，100, 13, 7672-7677 (2003)
[32] Stankiewicz，P。；Lupski，J.R.，基因组结构、重排和基因组疾病，趋势遗传学，18，2，74-82（2002）
[33] 史蒂芬斯，P.J。；格林曼，C.D。；Fu，B。；杨，F。；Bignell，G.R。；Mudie，L.J。；快乐，E.D。；Lau，K.W。；Beare，D。；Stebbings，L.A.，《癌症发展过程中单一灾难事件中获得的大规模基因组重排》，《细胞》，144，1，27-40（2011）
[34] Yancopoulos，S。；Friedberg，R.，《包含插入、删除和复制的基因组转换的DCJ路径公式》，J.Compute。生物学，16，10，1311-1338（2009）
[35] Yancopoulos，S。；阿蒂，O。；Friedberg，R.，通过易位、反转和块交换对基因组排列进行有效排序，生物信息学，21，16，3340-3346（2005）
[36] 杨，J。；张，L.，关于串联重复树的计数，分子生物学。演变。，21, 6, 1160-1163 (2004)
[37] 扎科夫，S。；Kinsella，M。；Bafna，V.，肿瘤基因组中断裂融合桥检测的算法方法，Proc。美国国家科学院。科学。，110, 14, 5546-5551 (2013)
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