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马里奥·科普;费卢西奥·达米亚尼;毛里齐奥·德罗科;埃琳娜·格拉西;伊娃·萨卡;Spinella，萨尔瓦多;安吉洛·特洛伊娜

包裹舱室演算的模拟技术。 （英语） 兹比尔1238.68096

西奥。计算。科学。 431, 75-95 (2012).
概述：生物系统的建模和分析深深植根于数学，特别是在常微分方程（ODE）领域。基于形式演算的替代方法通常源自过程代数或项重写系统，为分析生物系统的行为提供了一种非常互补的方法。这些计算允许以自然的方式处理隔间和膜等概念，这些概念不容易（有时不可能）用纯数值方法处理，并且通常基于随机模拟方法。最近，监管网络中的随机效应在此类系统的分析中起着至关重要的作用，这一点也变得越来越明显。实际上，在许多情况下，有必要使用随机模型。例如，当要描述的系统基于几个分子的相互作用时，当我们处于化学不稳定状态时，或者当我们想要模拟一个实体池的功能时，该实体池的分隔结构会动态演化。相比之下，稳定的代谢网络，涉及大量试剂，对于这些试剂，随机模拟的计算成本成为一个不可逾越的障碍，可以使用ODE高效地建模。本文定义了一种混合模拟方法，将随机方法与ODE相结合，用于包裹隔间演算（CWC）中描述的系统，该演算是一种演算，我们可以在此基础上表示由一组重写规则定义进化的生物系统的分隔。

MSC公司：

68问题85 并发和分布式计算的模型和方法（进程代数、互模拟、转换网等）
92B05型 普通生物学和生物数学
2012年第68季度 语法和重写系统

关键词：

术语重写系统;随机/确定性模拟方法;混合仿真;生物化学系统

软件：

AS 136标准;生物-PEPA
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Coppo}等人，Theor。计算。科学。431、75-95（2012年；Zbl 1238.68096）
全文： 内政部 arXiv公司

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