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加利福尼亚州贝利斯。；C·法莱泽。；R·豪伊特。；特雷季亚科夫，M.V。

细菌的突变和选择：建模和校准。 （英语） 兹比尔1415.92121

牛市。数学。生物。 81，第3号，639-675（2019）.
小结：考虑到可逆突变和选择机制，对克隆细菌种群的时间演化进行了建模。对于变异模型，提出了一种有效的算法来验证该模型是否能够解释实验数据。选择-变异模型具有不可观测的适应度参数，为了估计这些参数，我们使用了近似的贝叶斯计算算法。这些算法是用体外数据来说明的空肠弯曲菌.

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
92D15型 与进化有关的问题
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
2015年1月62日 贝叶斯推断

关键词：

随机建模；群体遗传学；相位可变基因；近似贝叶斯计算

软件：

贝叶斯DA
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.D.Bayliss}等人，公牛。数学。生物学81，第3期，639--675（2019；Zbl 1415.92121）
全文： 内政部 arXiv公司
OA许可证

参考文献：

[1] Acar M，Mettetal JT，van Oudenarden A（2008）波动环境中作为生存策略的随机切换。《自然遗传学》40:471-475·doi:10.1038/ng.110
[2] 艾德利，J。；贝利斯，CD；Sheppard，SK（编辑），重复DNA：弯曲杆菌种群遗传多样性的主要来源？，55-72（2014），斯旺西
[3] Aidley J、Rajopadhye S、Akinyemi NM、Lango-Scholey L、Bayliss CD（2017）非选择性瓶颈控制了相变量细菌种群的分化和多样化。MBio 8:02311-16
[4] Aidley J、Wanford JW、Green LR、Sheppard SK、Bayliss CD（2018）PhasomeIt:一种“组学”方法，用于编目弯曲杆菌属中潜在的阶段变化宽度。Microb基因组。https://doi.org/10.1099/mgen.0.000228
[5] Alonso AA、Molina I、Theodoropoulos C（2014），从随机单细胞动力学模拟细菌种群增长。应用环境微生物80:5241-5253·doi:10.1128/AEM.01423-14
[6] Barber S，Voss J，Webster M（2015）近似贝叶斯计算的收敛速度。电子J Stat 9:80-105·兹比尔1307.62063 ·doi:10.1214/15-EJS988
[7] Barrick JE，Lenski RE（2013），实验进化过程中的基因组动力学。《Nat Rev Genet》14:827-39·doi:10.1038/nrg3564
[8] Battersby T，Walsh D，Whyte P，Bolton DJ（2016）弯曲杆菌在四种不同基质中的生长速率：肉鸡盲肠材料、活禽、Bolton肉汤和脑心灌注肉汤。感染生态流行病6:31217·doi:10.3402/iee.v6.31217
[9] Bayliss CD（2009）阶段变化率的决定因素和细菌病原体和共生体不同速率的适应度影响。FEMS Microb版本33:504-520·doi:10.1111/j.1574-6976.2009.00162.x
[10] Bayliss CD、Bidmos F、Anjum A、Manchev V、Richards R、Grossier J-P、Wooldridge K、Ketley J、Barrow P、Jones M、Tretyakov MV（2012）空肠弯曲菌的相变量基因表现出较高的突变率和特定的突变模式，但突变不是宿主定居期间种群结构的主要决定因素。核酸研究40:5876-5889·doi:10.1093/nar/gks246
[11] Beaumont MA（2010）进化与生态学中的近似贝叶斯计算。年度经济收益演化系统学41:379-406·doi:10.1146/annurev-ecolsys-102209-144621
[12] Beaumont MA，Cornuet J-M，Marin J-M，Robert CP（2009）自适应近似贝叶斯计算。生物特征96:983-990·Zbl 1437.62393号 ·doi:10.1093/biomet/asp052
[13] Butkovsky OA（2014）关于非线性马尔可夫链和随机McKean-Vlasov方程的遍历性质。理论问题应用58:661-674·Zbl 1326.60104号 ·doi:10.1137/S0040585X97986825
[14] Caravagna G、Mauri G、d'Onofrio A（2013）生物分子网络中固有和外在有界噪声的相互作用。公共科学图书馆ONE 8:e51174·doi:10.1371/journal.pone.0051174
[15] Crow JF，Kimura M（1970）《种群遗传理论导论》。纽约哈珀街·Zbl 0246.92003号
[16] de Bruijn NG（1981）分析中的渐近方法。多佛，唐纳斯·格罗夫·Zbl 0556.41021号
[17] del Moral P，Doucet A，Jasra A（2012）用于近似贝叶斯计算的自适应序贯蒙特卡罗方法。统计计算22:1009-1020·Zbl 1252.65025号 ·doi:10.1007/s11222-011-9271-y
[18] D’Onofrio A（ed）（2013）物理学、生物学和工程中的有界噪声。Birkhäuser，巴塞尔·Zbl 1276.60002号
[19] Fisher RA（1930）自然选择的遗传学理论。牛津大学出版社·doi:10.5962/bhl.title.27468
[20] Gelman A、Carlin JB、Stern HS、Dunson DB、Vehtari A、Rubin DB（2013）《贝叶斯数据分析》，第三版。查普曼和霍尔，博卡拉顿·Zbl 1279.62004号
[21] Gerrish PJ，Colato A，Snaiegowski PD（2013）抵消适应性进化和自然选择的基因组突变率。J R Soc接口10:20130329·doi:10.1098/rsif.2013.0329
[22] Gilks WR、Richardson S、Spiegelhalter DJ（1996）《马尔可夫链蒙特卡罗实践》。查普曼和霍尔，博卡拉顿·Zbl 0832.00018号
[23] Hardwick RJ，Tretyakov MV，Dubrova YuE（2009），突变的年龄相关积累支持小鼠串联重复DNA位点自发突变的复制依赖机制。分子生物学进化26:2647-2654·doi:10.1093/molbev/msp182
[24] Howitt R（2018）空肠弯曲杆菌重复介导的相位变化的随机建模。诺丁汉大学博士论文
[25] Kolokoltsov VN（2010）非线性马尔可夫过程和动力学方程。剑桥大学出版社·兹比尔1222.60003 ·doi:10.1017/CBO9780511760303
[26] Lango-Scholey L、Woodacre A、Yang L、Alarjani K、Fallaize C、Tretyakov MV、Jones MA、Bayliss CD（2019）空肠弯曲菌宿主持久性的相变基因组合转移（准备中）
[27] Lenski RE、Slatkin M、Ayala FJ（1989）《细菌种群的突变和选择：定向突变假说的替代方案》。美国国家科学院院刊86:2775-2778·doi:10.1073/pnas.86.8.2775
[28] Levinson G，Gutman GA（1987），滑移链错配：DNA序列进化的主要机制。分子生物学进化4:203-221
[29] Meyn SP，Tweedie RL（2009），马尔可夫链和随机稳定性。剑桥大学出版社·Zbl 1165.60001号 ·doi:10.1017/CBO9780511626630
[30] Moxon R，Kussell E（2017）《瓶颈对宿主-猪相互作用中微生物存活、适应和表型转换的影响》。进化71:2803-2816·doi:10.1111/evo.13370
[31] Moxon ER、Rainey PB、Nowak MA、Lenski RE（1994）《病原菌中高突变位点的适应性进化》，《现代生物学》4:24-33·doi:10.1016/S0960-9822（00）00005-1
[32] Noether GE（1963）关于离散情况下Kolmogorov统计量的注记。梅特里卡7:115-116·Zbl 0115.36702号 ·doi:10.1007/BF02613966
[33] O'Brien S，Rodrigues AM，Buckling A（2013）通过种间寄生和社会寄生同时选择下细菌突变率的演变。《生物科学学报》280:20131913·doi:10.1098/rspb.2013.1913
[34] Palmer ME，Lipsitch M（2006）搭便车和有害突变对无性突变率的影响。遗传学173:461-72·doi:10.1534/genetics.105.049445
[35] Palmer ME、Lipsitch M、Moxon ER、Bayliss CD（2013）广泛的条件有利于相位可变基因座的进化。MBio 4:00430-12（目标）·doi:10.1128/mBio.00430-12
[36] Pitman EJG（1979）统计推断的一些基本理论。查普曼和霍尔，博卡拉顿·Zbl 0442.62002号
[37] Raynes Y，Snaiegowski PD（2014）《基因组突变率修饰物的实验进化和动力学》。遗传（Edinb）113:375-80·doi:10.1038/hdy.2014.49
[38] Rue H，Martino S，Chopin N（2009）使用集成嵌套拉普拉斯近似对潜在高斯模型进行近似贝叶斯推断。J R Stat Soc B 71:319-392（讨论）·兹比尔1248.62156 ·doi:10.1111/j.1467-9868.2008.00700.x
[39] Saunders NJ、Moxon ER、Gravenor MB（2003）突变率：在存在适应度差异时估计阶段变化率及其对种群结构的影响。微生物学149:485-495·doi:10.1099/mic.0.25807-0
[40] Tierney L，Kadane J（1986），后力矩和边缘密度的精确近似。美国统计学会杂志81:82-86·Zbl 0587.62067号 ·doi:10.1080/01621459.1986.10478240
[41] van der Woude MW，Bäumler AJ（2004）《细菌的阶段和抗原变异》，《临床微生物学评论》17:581-611·doi:10.1128/CMR.17.3.581-611.2004
[42] Wanford JJ、Lango-Scholey L、Nothaft H、Szymanski CM、Bayliss CD（2018）肉鸡殖殖过程中狭窄瓶颈导致的空肠弯曲菌相变异的随机分类。微生物学164:896-907·数字对象标识代码：10.1099/mic.0.000669
[43] Waxman D，Welch JJ（2005）Fisher显微镜和Haldane椭圆。美国国家166:447-457·数字对象标识代码：10.1086/444404
[44] Wilkinson DJ（2012）《系统生物学随机建模》，第2版。查普曼和霍尔，博卡拉顿·Zbl 1300.92004号
[45] Wilkinson RD（2013）近似贝叶斯计算（ABC）在模型误差假设下给出了准确的结果。Stat Appl Gen分子生物学12:129-141
[46] Wisniewski-DyéF，小瓶L（2008）阶段和基因组修饰介导的抗原变异。安东尼·范·列文虎克94:493-515·doi:10.1007/s10482-008-9267-6
[47] Wolf DM、Vazirani VV、Arkin AP（2005）《微生物改良囚徒困境游戏：频率依赖性选择如何导致随机相位变化》。《Theor生物学杂志》234:255-62·Zbl 1445.92168号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2004.11.021
[48] Woodacre A、Lango-Scholey L、Kasli I、Howitt R、Fallaize C、Tretyakov MV、Jones MA、Baylis CD（2019）空肠弯曲菌相变基因组合表达状态的文化依赖性波动（准备中）
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