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萨里萨·南布迪里；亚历山德罗·朱利安尼；阿库特桑卡S.奈尔。；巴望·K·达尔。

寻找基于序列的变质岩定义：不同分辨率尺度下的统计旅程。 （英语） Zbl 1397.92218号

J.西奥。生物。 304, 211-218 (2012).
小结：这项工作的目的是检测变构热点特征，表征作为全球变构构象变化“关键驱动因素”的蛋白质区域。我们利用基于自由能量转移疏水性标度（Tanford标度）沿链分布的互相关优化的协同进化模型，计算估计了变构蛋白中两个假定的变构敏感位点之间的分子内相互作用的相对强度。应用于变构易感位点序列的交叉复发定量分析（Cross-RQA）显示了变构易感位点之间强烈相互作用的证据。这可能是由于变质岩易感斑块之间的短暂弱分子键使远区聚集在一起。此外，使用大型蛋白质数据集，通过比较变构蛋白集与随机生成的序列群体以及通用蛋白集，我们再次确认了我们之前的发现，疏水性模式（通过递归定量分析（RQA）形式化）描述符）可以作为变构的决定因素及其在变构构象变化传递中的相关性。我们将RQA应用于同种异体数据集的自由能转移疏水性转换的氨基酸序列，以提取同种异体特异性全局序列特征。这些基于自由能量转移疏水性的RQA标记被证明是变构签名的代表，与随机生成的蛋白质和真实蛋白质之间的差异无关。通过模式识别工具评估，这些基于自由能量转移疏水性的RQA标记能够以92%的准确率区分别构蛋白。

引用于1文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

递归定量分析；疏水性；自由能量转移；变构药物；共同进化

软件：

MEGA4公司；威卡；MEGA公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Namboodiri}等人，J.Theor。生物学304，211--218（2012；Zbl 1397.92218）
全文： 内政部

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