迈克尔·马斯库卢斯;丹尼尔·贝索齐;罗伯特·布里德;保罗·卡扎尼加;桑纳Houweling;达里奥·佩西尼;格列泽戈兹·罗森贝格 膜系统和分子动力学中的循环和通讯类。 （英语） Zbl 1111.68042号 西奥。计算。科学。 372，编号2-3，242-266（2007）. 小结：我们正从马尔可夫链理论的角度考虑顺序膜系统和分子动力学。这些系统的构型空间（包括跃迁）是一种特殊的有向图，称为伪参数有向图。它与化学计量矩阵密切相关。利用这个空间的单体结构，我们引入了预循环的代数概念。预循环通过缺陷的概念来识别循环，缺陷是配置空间上的一组几何约束。给出了两种评估预循环和缺陷的有效算法：一种是由Contejean和Devie提出的算法，另一种是一种新颖的分枝定界树搜索过程。循环将配置空间划分为等价类，称为通信类。分析了自由体系中通信类的结构，其中启用了所有规则：可以有效地进行通信测试。我们展示了如何将这些想法应用于生物调控系统。 引用于三文件 MSC公司： 2010年第68季度 计算模式（非确定性、并行、交互式、概率性等） 68兰特 计算机科学中的图论（包括图形绘制） 关键词：膜系统;通信类;分子动力学;有向图中的圈;向量加法系统 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{M.Muskulus}等人，Theor。计算。科学。372，编号2--3，242--266（2007；Zbl 1111.68042） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Bang-Jensen，J。；Gutin，G.，Digraphs。理论、算法和应用（2002），Springer·Zbl 1001.05002号 [2] Bianco，L。；Fontana，F。；Manca，V.，P系统与反应图，国际。J.发现。计算。科学。，17, 1, 3-26 (2006) ·Zbl 1088.68054号 [3] Brémaud，P.，（马尔可夫链，吉布斯场，蒙特卡罗模拟和队列，马尔可夫链子，吉布斯场次，蒙特卡罗·模拟和队列应用数学文本，第31卷（1999），斯普林格）·Zbl 0949.60009号 [4] Buchholz，P。；Kemper，P.，Petri网的层次可达图生成，Form.Methods Syst。设计。，21, 281-315 (2002) ·Zbl 1020.68058号 [5] 克劳森，M。；Fortenbacher，A.，线性丢番图方程的有效解，J.符号计算。，8, 201-216 (1989) ·Zbl 0674.10011号 [6] 孔特让，E。；Devie，H.，求解线性丢番图方程组的有效增量算法，Inform。和计算。，113, 143-172 (1994) ·Zbl 0809.11015号 [7] Davey，B.A。；Priestley，H.A.，《晶格与秩序》（2002），剑桥大学出版社·Zbl 1002.06001号 [8] Diestel，R.，图论（2005），Springer·Zbl 1074.05001号 [9] P.Dittrich，P.S.di Fenizio，《化学组织理论：构建动力系统理论》，技术代表，arXiv预印本：http://lanl.arxiv.org/abs/q-bio.MN/050016; P.Dittrich，P.S.di Fenizio，《化学组织理论：构建动力系统理论》，技术代表，arXiv预印本：http://lanl.arxiv.org/abs/q-bio.MN/0501016 [10] 甘斯纳，E.R。；North，S.C.，《开放式图形可视化系统及其在软件工程中的应用》，《软件实践与经验》，30，11，1203-1233（2000）·兹比尔1147.68782 [11] 吉布森，硕士。；Bruck，J.，《具有多物种和多通道的化学系统的高效精确随机模拟》，J.Phys。化学。A、 1041876-1889（2000） [12] Gillespie，D.T.，耦合化学反应的精确随机模拟，物理学杂志。化学。，81, 2340-2361 (1977) [13] Gillespie，D.T.，化学反应系统的近似加速随机模拟，J.Chem。物理。，115, 1716-1733 (2001) [14] 格雷斯，P.M。；斯塔德勒，P.F。；瓦格纳。；Fell，D.A.，《化学反应网络中的相关循环》，高级复杂系统，4207-226（2001）·Zbl 1028.05108号 [15] J.Gunawardena，硅片生物学家化学反应网络理论，技术代表，鲍尔基因组研究中心，哈佛大学，2003年6月；J.Gunawardena，硅片生物学家化学反应网络理论，技术代表，鲍尔基因组研究中心，哈佛大学，2003年6月 [16] Leporati，A。；Mauri，G。；Zandron，C.，《具有单位规则和分配给膜的能量的量子序贯P系统》，（Freund，R.；Pun，G.；Rozenberg，G..；Salomaa，A.，《膜计算》，第六届国际研讨会。膜计算，第六期国际研讨会，WMC 2005。膜计算，第六届国际研讨会。膜计算，第六届国际研讨会，WMC 2005，LNCS，第3850卷（2006），Springer），310-325·Zbl 1135.68418号 [17] Loebl先生。；Matamala，M.，关于图和有向图中圈的一些注释，离散数学。，233, 175-182 (2001) ·Zbl 0983.05055号 [18] Mayr，E.W.，一般Petri网可达性问题的算法，（第十三届ACM计算理论年会论文集（1981），ACM出版社），238-246 [19] Miner，A。；Parker，D.，《大型概率系统的符号表示和分析》，（Baier，C.；Haverkort，B.R.；Hermanns，H.；Katoen，J.-P.；Siegle，M.，《随机系统的验证》，LNCS，第2925卷（2004）），296-338·Zbl 1203.68117号 [20] Murata，T.，《Petri网：属性、分析和应用》，Proc。仪表电气。工程师，77，541-580（1989） [21] 穆斯库卢斯，M。；Brijder，R.，《迈向计算几何的第一步》（Gutiérrez-Naranjo，M.a.；Riscos-Nüñez，a.；Romero-Campero，F.J.，《第三届膜计算头脑风暴周》（2005），Fenix Editora:Fenix Editor Sevilla），197-218 [22] 穆斯库卢斯，M。；Brijder，R.，《生物计算的复杂性：膜系统中的符号动力学》，国际。J.发现。计算。科学。，第1177-165页（2006年）·Zbl 1088.68060号 [23] Péun，G.，《膜计算》，J.Compute。系统。科学。，61, 108-143 (2000) ·Zbl 0956.68055号 [24] Păun，G.，膜计算：导论，自然计算（2002），施普林格·Zbl 1034.68037号 [25] 佩西尼，D。；贝索齐，D。；Mauri，G。；Zandron，C.，概率P系统动力学分析与模拟，（Carbone，A.；Pierce，N.，DNA计算，第11届DNA计算国际研讨会，DNA计算第11届国际研讨会，LNCS，第3892卷（2005），Springer），236-247·Zbl 1234.68116号 [26] 佩西尼，D。；贝索齐，D。；Mauri，G。；Zandron，C.，《动态概率P系统》，国际。J.发现。计算。科学。，17, 183-204 (2006) ·Zbl 1088.68062号 [27] Peterson，J.L.，《Petri网理论和系统建模》（1981），普伦蒂斯·霍尔·Zbl 0461.68059号 [28] Reutenauer，C.，《巴黎皇家美术馆的数学方面》（1989），马森 [29] 席林，C.H。；Palsson，B.O.，《生化反应网络的潜在途径结构》，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，954193-4198（1998） [30] Schmitt，B.M.，《系统和控制理论中的“缓冲”概念：从隐喻到数学》，化学生物化学，51384-1392（2004） [31] 施赖尔，O。；斯伯纳，E.，《现代代数和矩阵理论导论》（1959），切尔西 [32] Schrijver，A.，《线性和整数规划理论》（1998），John Wiley·Zbl 0970.90052号 [33] Stanley，R.P.，《枚举组合数学》，第1卷（1997），剑桥大学出版社·Zbl 0889.05001号 [34] 田，T。；Burrage，K.，《模拟随机化学动力学的二项式跳跃法》，J.Chem。物理。，121, 10356-10364 (2004) [35] van Kampen，N.G.，《物理和化学中的随机过程》（1992），爱思唯尔·Zbl 0974.60020号 [36] van Zon，J.S。；ten Wolde，P.R.，《在粒子水平、时间和空间模拟生物化学网络：格林函数反应动力学》，Phys。修订稿。，94, 128103-128107 (2005) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。