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曼努埃拉·盖伊;拉菲特，马科斯·冈萨雷斯;阿利泽尔·洛佩斯·桑切斯;杜尔塞·瓦尔迪维亚。;马克·赫尔穆特;玛丽贝尔·埃尔南德斯·罗萨莱斯;彼得·斯塔德勒（Peter F.Stadler）。

最佳匹配图和基因树与物种树的协调。 （英语） Zbl 1434.05035号

数学杂志。生物。 80，第5期，1459-1495（2020）.
摘要：计算生物学中的各种问题，尤其是正畸学的评估，都是通过相互最佳匹配来解决的。使用最佳匹配的进化定义，捕捉概念背后的直觉，我们严格阐明了在重复/丢失场景假设下互惠最佳匹配、正形学和进化事件之间的关系。我们证明了正交图是倒数最佳匹配图（RBMG）的子图。我们进一步给出了RBMG作为一个有向图识别正确的正态关系的条件。通过计算机模拟，我们发现，在没有水平转移的情况下，大多数假阳性的正畸分配都可以被识别为所谓的好四分位，从而得到纠正。然而，水平转移也可能引入假阴性正畸分配。

引用于8文件

MSC公司：

05二氧化碳 树
05C62号 图形表示（几何和交点表示等）
05C90年 图论的应用
92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学

关键词：

系统发育组合学;彩色有向图;直系同源;水平基因转移

软件：

OrthoMCL公司;蛋NOG
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Geiß}等人，《数学杂志》。生物学80，编号5，1459-1495（2020；兹bl 1434.05035）
全文： DOI程序 arXiv公司
OA许可证

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