蒂莫·格雷恩;赫尔穆特·格鲁布米勒 NuSol–三维稳态核薛定谔方程的数值解算器。 (英文) Zbl 1344.81017号 计算。物理学。Commun公司。 198, 169-178 (2016). 小结:短氢键的分类取决于几个因素,包括氢原子核本征态之间的形状和能量间隔。在这里,我们描述了NuSol程序,其中实现了三类算法来求解一维、二维和三维与时间无关的核薛定谔方程。Schrödinger方程采用基于有限差分的Numerov方法进行求解,该方法被扩展到更高的维数、更精确的伪谱Chebyshev配置方法和新几内亚Colbert和Miller的离散变量表示。NuSol可用于求解任意解析或数值势的薛定谔方程,重点是受其分子环境势约束的核。我们根据2D Henon-Heiles势和3D线性耦合六角形振荡器的文献值验证了这些方法,并将其应用于研究丙二醛衍生物4-氰基-2,2,6,6-四甲基-3,5-庚二酮中的氢键。使用NuSol,可以直接计算给定分子势下的核离域程度,而无需依赖三维分子空间中的线性反应坐标。 引用于1文件 MSC公司: 81-04 量子理论相关问题的软件、源代码等 81V35型 核物理学 2011年第35季度 依赖时间的薛定谔方程和狄拉克方程 6500万06 含偏微分方程初值和初边值问题的有限差分方法 关键词:3D Numerov方法;2D Numerov方法;核薛定谔方程;氢键分类;短离域氢键;低势垒氢键;切比雪夫搭配;数字录像机 软件:美食;NuSol公司;高斯人 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{T.Graen}和\textit{H.Grubmüller},计算。物理学。Commun公司。198169--178(2016;Zbl 1344.81017) 全文: 内政部 参考文献: [1] Sobczyk,L。;Grabowski,S.J。;Krygowski,T.M.,氢键和质子离域之间的相互关系,化学。版本:105、10、3513-3560(2005) [2] Wang,L。;弗里德,S.D。;Boxer,S.G。;Markland,T.E.,酶活性位点氢键网络中质子的量子离域,Proc。国家。阿卡德。科学。,111, 52, 18454-18459 (2014) [3] Warshel,A。;Papazyan,A。;Kollman,P.A.,《低阻隔氢键和酶催化》,《科学》,269,5220,102-106(1995) [4] 齐藤,K。;Ishikita,H.,光活性黄色蛋白中短氢键的能量学,Proc。国家。阿卡德。科学。,109,1167-172(2012年) [5] 齐藤,K。;Ishikita,H.,《光活性黄色蛋白中异常短氢键的形成》,生物能量学,1827,3,387-394(2013) [6] 山口,S。;Kamikubo,H。;Kurihara,K。;Kuroki,R。;Niimura,N。;清水,N。;Yamazaki,Y。;Kataoka,M.,《光活性黄色蛋白中的低载流子氢键》,Proc。国家。阿卡德。科学。,106, 2, 440-444 (2009) [7] Nadal-Ferret,M。;Gelabert,R。;莫雷诺,M。;Lluch,J.M.,蛋白质中真的存在低势垒氢键吗?光活性黄色蛋白案例,美国化学杂志。Soc.,136,9,3542-3552(2014年) [8] Bulgac,A。;福布斯,M.M.,《离散变量表示基础在核物理中的应用》,物理学。C版,87,5,第051301条pp.(2013) [9] Light,J.C。;Carrington,T.,离散变量表示及其应用,高级化学。物理。,114, 263-310 (2000) [10] Numerov,B.V.,《轨道终止与计算新方法》,Tr.Glavnoi Rossiik。阿斯托菲齐奇。奥巴马,2188(1923) [11] 努美洛夫,B.,《扰动外推的一种方法》,Mon。不是。R.阿斯顿。《社会学杂志》,84,592(1924) [12] Eckert,M.,使用numerov-coley方法求解多极小势的1、2和3维薛定谔方程。能量本征值的外推公式,J.Compute。物理。,82, 1, 147-160 (1989) ·Zbl 0676.65130号 [13] Z.卡拉戈拉图。;单血管杆菌,T。;Simos,T.,用numerov型方法求解二维时间无关的薛定谔方程,数学杂志。化学。,37, 3, 271-279 (2005) ·Zbl 1077.65110号 [14] 梅森,J.C。;Handscomb,D.C.,Chebyshev多项式(2010),CRC出版社·Zbl 1015.33001号 [15] 科尔伯特,D.T。;Miller,W.H.,通过s-矩阵kohn方法实现量子机械反应散射的新型离散变量表示,J.Chem。物理。,1982年至1991年(1992年) [16] Polizzi,E.,求解特征值问题的基于密度矩阵的算法,物理。B版,79、11,第115112页(2009年) [18] Cooley,J.,用于求解中心场薛定谔方程的改进特征值校正器公式,数学。公司。,15, 76, 363-374 (1961) ·Zbl 0122.35902 [19] Fornberg,B.,《伪谱方法实用指南》,第1卷(1998年),剑桥大学出版社·Zbl 0912.65091号 [20] 布朗,M。;Sofianos,S。;Papageorgiou,D。;Lagaris,I.,一种在网格上获得薛定谔方程本征解的有效切比雪夫-朗佐斯方法,J.Compute。物理。,126, 2, 315-327 (1996) ·Zbl 0856.65123号 [21] Belot,J.A。;克拉克·J。;Cowan,J.A。;Harbison,G.S。;科尔斯尼科夫,A.I。;Kye,Y.-S。;A.J.舒尔茨。;Silvernail,C。;Zhao,X.,最短的对称oh-o氢键具有低势垒双阱势,J.Phys。化学。B、 108、22、6922-6926(2004) [23] Chai,J.-D。;Head-Gordon,M.,《长程校正杂交密度泛函的系统优化》,J.Chem。物理。,第128、8条,第084106页(2008年) [24] Chai,J.-D。;Head-Gordon,M.,具有阻尼原子-原子色散修正的长程修正混合密度泛函,Phys。化学。化学。物理。,10, 44, 6615-6620 (2008) [26] 哈吉斯,J.C。;F.A.伊万格利斯塔。;Ingels,J.B。;Schaefer III,H.F.,《分子内短氢键:带有对称取代基的丙二醛衍生物》,《美国化学杂志》。Soc.,130、51、17471-17478(2008年) 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。