程永熙;林国辉 用整数线性规划解决非基因型创始人的单倍型推理问题。 （英语） Zbl 1245.90064号 J.库姆。最佳方案。 23，第1期，50-60（2012）. 摘要：在[Y.Cheng先生等，《数学学报》。申请。罪。，英语。序列号。25，第3期，477–488页（2009年；Zbl 1192.68457号)]作者提出了一种三次时间零重组合单倍型算法，该算法可以处理一些不完整的家系。更具体地说，该算法可以处理非基因型创始人的家谱，前提是每个核心家庭至少有一个父母是基因型的，每个非基因型的创始人最多出现在一个核心家庭中。这一点的重要性在于，这种情况经常发生在实际数据中，因为一些创始人可能已经去世，他们的基因型数据无法再收集。在本文中，我们通过删除第一个限制进一步推广了上述算法。我们提出了一种新的基于整数线性规划的算法，用于处理非基因型创始人的家谱。新算法允许家族拥有核心家族，其中父母双方都是非基因型创始人，前提是每个非基因型的创始人最多出现在一个核心家族中。 MSC公司： 90立方厘米 整数编程 90C05（二氧化碳） 线性规划 90 C90 数学规划的应用 关键词：单体型推断;血统;高效算法;整数线性规划 引文：Zbl 1192.68457号 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{Y.Cheng}和\textit{G.Lin}，J.Comb。优化。23，第1号，50-60（2012；Zbl 1245.90064） 全文： DOI程序 参考文献： [1] Altshuler D，Daly MJ，Lander ES（2008）人类疾病基因图谱。科学322:881–888·doi:10.1126/科学.1156409 [2] Chan MY，Chan W，Chin F，Fung S，Kao M（2006）无重组家系的线性时间单倍型推断。摘自：第六届生物信息学算法年度研讨会论文集（WABI'06），第56-67页·Zbl 1177.05113号 [3] Cheng Y，Sabaa H，Cai Z，Goebel R，Lin G（2009）非基因型创始人家系数据的一次全基因组扫描中的高效单倍型推断算法。数学应用学报（英语Ser）25:475–486·Zbl 1192.68457号 [4] Li J，Jiang T（2003）谱系数据的高效基于规则的单倍型算法。在：第七届计算分子生物学研究年会论文集（RECOMB'03），第197–206页 [5] Liu L，Jiang T（2010）在没有交配环的家系上重建零重组单倍型配置的线性时间算法。J Comb Optim杂志19:217–240·Zbl 1186.92033号 ·doi:10.1007/s10878-008-9180-y [6] Xiao J，Liu L，Xia L，Jiang T（2007）快速消除冗余线性方程和重建家系上的无重组孟德尔遗传。摘自：第18届ACM-SIAM离散算法年会（SODA'07）会议记录，第655-664页·Zbl 1302.92094号 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配，并且可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。