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劳伦特·布尔托;安娜·保拉·卡里里;里卡多·唐迪

脚手架填充的固定参数算法。 （英语） Zbl 1312.68237号

西奥。计算。科学。 568, 72-83 (2015).
摘要：新的测序技术，称为下一代测序，提供了大量可用于重建基因组的数据。然而，用于重建基因组的方法往往无法重建完整的基因组，并且只能提供不完整的信息。这里我们考虑两个组合问题，其目的是通过插入一组缺失的基因来重建完整的基因组。我们考虑的第一个问题叫做单面脚手架填筑给定一个不完整基因组（B）和一个完整基因组（a），要求将缺失的基因插入到不完整基因组中，目的是最大化基因组（B^prime）（由于在（B）中插入缺失的基因）和（a）之间的公共邻接。第二个问题叫做双面脚手架填筑给定两个不完整的基因组（A）和（B），要求将缺失的基因插入到两个基因组中，这样得到的基因组（A^prime）和（B^prime。这两个问题都被证明是NP-hard问题，而当参数是结果基因组的公共邻接数时，它们的参数化复杂度是一个开放的问题。在本文中，我们通过为单面脚手架填筑和双面脚手架填筑.

引用于6文件

MSC公司：

68瓦32 字符串上的算法
65年第68季度 算法和问题复杂性分析
92D10型 遗传学和表观遗传学

关键词：

脚手架填充;基因组比较;计算生物学;固定参数算法
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Bulteau}等人，Theor。计算。科学。568、72--83（2015年；Zbl 1312.68237）
全文： DOI程序 链接

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